More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2608 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2608  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 524 aa  1077    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0201696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3724  diguanylate cyclase  49.04 
 
 		 526 aa  523  1e-147  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.892379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3501  diguanylate cyclase  48.05 
 
 		 526 aa  501  1e-141  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.493056  normal  0.115232 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2953  diguanylate cyclase  46.54 
 
 		 526 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.216564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3981  diguanylate cyclase  34.53 
 
 		 520 aa  316  6e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1874  GGDEF family protein  29.06 
 
 		 505 aa  203  8e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1662  GGDEF domain-containing protein  30.21 
 
 		 533 aa  196  6e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2912  diguanylate cyclase  27.97 
 
 		 540 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  24.66 
 
 		 542 aa  141  3e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  43.33 
 
 		 312 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.01 
 
 		 843 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  39.08 
 
 		 555 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  37.31 
 
 		 528 aa  127  5e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 512 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3566  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 561 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0665818  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 362 aa  121  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  36.6 
 
 		 252 aa  120  7.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.22 
 
 		 636 aa  119  9e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  34.45 
 
 		 498 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  36.04 
 
 		 512 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 520 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 521 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 527 aa  118  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 521 aa  118  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 521 aa  118  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.52 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0052  response regulator protein  38.83 
 
 		 299 aa  117  3.9999999999999997e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.189873  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  31.17 
 
 		 480 aa  117  5e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  39.89 
 
 		 494 aa  117  5e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 308 aa  117  6.9999999999999995e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  35.71 
 
 		 355 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0414  diguanylate cyclase  36.97 
 
 		 559 aa  116  7.999999999999999e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.761548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 520 aa  116  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 534 aa  116  8.999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3840  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 556 aa  116  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108967  hitchhiker  0.000986648 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 345 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  35.42 
 
 		 339 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  39.23 
 
 		 507 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  37.43 
 
 		 987 aa  114  3e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2158  diguanylate cyclase  41.08 
 
 		 417 aa  115  3e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.3144  normal  0.735889 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 542 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  33.6 
 
 		 410 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 502 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6345  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 506 aa  114  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2178  diguanylate cyclase  36.56 
 
 		 406 aa  113  9e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.988519 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0757  diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 489 aa  113  9e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.371772  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  39.15 
 
 		 488 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  38.14 
 
 		 320 aa  113  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 460 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 251 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 466 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4314  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 379 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 555 aa  112  1.0000000000000001e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1716  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 349 aa  113  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839353 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  35 
 
 		 340 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 310 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  39.08 
 
 		 487 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 487 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 487 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2930  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 515 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.827018  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  39.08 
 
 		 528 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1348  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 515 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 487 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  39.08 
 
 		 487 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 487 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2661  diguanylate cyclase  30.41 
 
 		 644 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.646845  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 340 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 340 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 547 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4680  diguanylate cyclase  35.65 
 
 		 405 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4177  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 347 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  39.53 
 
 		 489 aa  111  3e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 310 aa  111  3e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.76 
 
 		 960 aa  111  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  39.77 
 
 		 506 aa  111  3e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  39.53 
 
 		 489 aa  111  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  38.94 
 
 		 422 aa  111  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 501 aa  111  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 340 aa  111  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4041  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 282 aa  111  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649407 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3286  GGDEF domain-containing protein  39.5 
 
 		 595 aa  111  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5323  diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 422 aa  111  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.666672  normal  0.745062 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 499 aa  111  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  39.53 
 
 		 484 aa  111  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  39.53 
 
 		 506 aa  111  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  39.53 
 
 		 499 aa  111  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  39.53 
 
 		 499 aa  111  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 340 aa  110  5e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 502 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 338 aa  110  6e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  39.33 
 
 		 323 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004464  sensory box/GGDEF family protein  37.84 
 
 		 582 aa  110  7.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.845527  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  36.96 
 
 		 548 aa  110  8.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 310 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 503 aa  110  8.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 529 aa  110  8.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 492 aa  109  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  42.39 
 
 		 310 aa  109  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.5 
 
 		 434 aa  109  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3048  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38 
 
 		 683 aa  109  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>