More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3286 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_3286  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 595 aa  1204    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0356  diguanylate cyclase  43.99 
 
 		 608 aa  479  1e-134  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0350  diguanylate cyclase  44.48 
 
 		 605 aa  479  1e-134  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3670  diguanylate cyclase  43.99 
 
 		 608 aa  477  1e-133  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4133  diguanylate cyclase  45.66 
 
 		 605 aa  475  1e-132  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3938  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.66 
 
 		 594 aa  474  1e-132  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4014  diguanylate cyclase  45.66 
 
 		 605 aa  474  1e-132  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4036  diguanylate cyclase  45.32 
 
 		 610 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 362 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4314  diguanylate cyclase  36.4 
 
 		 379 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0251  diguanylate cyclase  39.19 
 
 		 660 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.696506  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2785  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 519 aa  121  4.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 359 aa  120  9e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  38.17 
 
 		 555 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1221  diguanylate cyclase  39.71 
 
 		 519 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  41.14 
 
 		 480 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 301 aa  118  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 357 aa  118  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 357 aa  118  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  36.54 
 
 		 528 aa  117  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  42.46 
 
 		 335 aa  116  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.68 
 
 		 372 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.92 
 
 		 345 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 353 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 300 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3762  diguanylate cyclase  35.34 
 
 		 368 aa  115  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.742847  normal  0.824996 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 333 aa  115  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1301  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 331 aa  115  3e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.298458  normal  0.144882 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 555 aa  115  3e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  39.11 
 
 		 347 aa  114  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1920  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 893 aa  114  8.000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 354 aa  114  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 354 aa  114  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 353 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4491  diguanylate cyclase  36.95 
 
 		 531 aa  113  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  40.57 
 
 		 335 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 334 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4864  GGDEF  35.23 
 
 		 532 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.97 
 
 		 784 aa  112  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 355 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 527 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  38.83 
 
 		 327 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2953  diguanylate cyclase  34.82 
 
 		 526 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.216564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1457  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.15 
 
 		 624 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.659998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5581  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  37.43 
 
 		 548 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1431  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  33.8 
 
 		 625 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 334 aa  112  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3132  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.35 
 
 		 493 aa  111  3e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  37.3 
 
 		 516 aa  112  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 334 aa  112  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2608  GGDEF domain-containing protein  39.5 
 
 		 524 aa  111  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0201696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  35.78 
 
 		 355 aa  111  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2661  diguanylate cyclase  34.54 
 
 		 644 aa  111  4.0000000000000004e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.646845  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0414  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 559 aa  110  6e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.761548  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  35.5 
 
 		 987 aa  110  8.000000000000001e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  39.36 
 
 		 522 aa  110  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 422 aa  109  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.35 
 
 		 772 aa  110  1e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2121  diguanylate cyclase  41.77 
 
 		 343 aa  109  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.631655 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 534 aa  109  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  31.88 
 
 		 1637 aa  108  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.43 
 
 		 578 aa  109  2e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2534  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.62 
 
 		 421 aa  108  2e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.657544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 351 aa  108  2e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.17 
 
 		 367 aa  108  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  34.19 
 
 		 1262 aa  108  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  28.65 
 
 		 483 aa  108  3e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 346 aa  108  3e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.08 
 
 		 783 aa  108  4e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.218721 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 481 aa  108  4e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3840  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 556 aa  108  4e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108967  hitchhiker  0.000986648 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 481 aa  108  4e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  36.32 
 
 		 355 aa  108  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 369 aa  108  4e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 522 aa  107  5e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3676  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 371 aa  107  5e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000048428  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 303 aa  107  5e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 369 aa  107  6e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 340 aa  107  6e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  40.23 
 
 		 457 aa  107  7e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  35.2 
 
 		 949 aa  107  8e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 312 aa  107  8e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 432 aa  107  8e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2174  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 467 aa  107  9e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0868971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  35 
 
 		 424 aa  107  9e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0275  diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 630 aa  106  1e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0339591 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  38.78 
 
 		 466 aa  106  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 492 aa  106  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2139  diguanylate cyclase  41.77 
 
 		 343 aa  106  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.93 
 
 		 664 aa  106  1e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 764 aa  106  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  39.5 
 
 		 753 aa  106  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  34.74 
 
 		 353 aa  106  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 338 aa  106  1e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  36.7 
 
 		 312 aa  105  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  38.34 
 
 		 308 aa  105  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  36.17 
 
 		 320 aa  105  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1665  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 313 aa  105  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  40 
 
 		 492 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 492 aa  105  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>