More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0356 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009997  Sbal195_4133  diguanylate cyclase  71.03 
 
 		 605 aa  843    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3938  diguanylate cyclase with GAF sensor  71.33 
 
 		 594 aa  827    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4014  diguanylate cyclase  71.03 
 
 		 605 aa  838    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0350  diguanylate cyclase  83.99 
 
 		 605 aa  1021    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4036  diguanylate cyclase  70.91 
 
 		 610 aa  841    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0356  diguanylate cyclase  100 
 
 		 608 aa  1250    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3670  diguanylate cyclase  95.38 
 
 		 608 aa  1163    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3286  GGDEF domain-containing protein  43.99 
 
 		 595 aa  491  1e-137  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.16 
 
 		 333 aa  140  6e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 422 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 362 aa  133  9e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  41.62 
 
 		 335 aa  133  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  42.86 
 
 		 334 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  41.03 
 
 		 334 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 518 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 345 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  41.76 
 
 		 317 aa  130  7.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.02 
 
 		 463 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.7 
 
 		 357 aa  128  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 359 aa  128  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  36.79 
 
 		 510 aa  128  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  39.7 
 
 		 357 aa  128  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 355 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 338 aa  127  5e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 534 aa  127  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.82 
 
 		 372 aa  127  5e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2376  GGDEF family protein  37.24 
 
 		 581 aa  127  5e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.603107  normal  0.125549 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 510 aa  126  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.41 
 
 		 334 aa  126  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  39.3 
 
 		 354 aa  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 553 aa  125  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.3 
 
 		 353 aa  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  41.88 
 
 		 347 aa  125  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  39.3 
 
 		 354 aa  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.9 
 
 		 310 aa  125  3e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.9 
 
 		 310 aa  125  3e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 481 aa  124  4e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  41.36 
 
 		 327 aa  124  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 339 aa  124  5e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.28 
 
 		 960 aa  124  6e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 481 aa  124  6e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0414  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 559 aa  124  6e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.761548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  33.59 
 
 		 338 aa  123  8e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  37.24 
 
 		 340 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  37.76 
 
 		 340 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  37.24 
 
 		 340 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  37.26 
 
 		 510 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  37.76 
 
 		 340 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.12 
 
 		 334 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 334 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  36.79 
 
 		 510 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  36.79 
 
 		 510 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  36.68 
 
 		 327 aa  121  3e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  42.53 
 
 		 312 aa  121  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 337 aa  121  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 533 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.81 
 
 		 353 aa  121  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 353 aa  121  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0766  ammonium transporter  39.29 
 
 		 644 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3353  GGDEF family protein  41.81 
 
 		 626 aa  121  4.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.374674  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  37.5 
 
 		 355 aa  120  6e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.05 
 
 		 330 aa  120  7e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2534  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.47 
 
 		 421 aa  120  7.999999999999999e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.657544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3598  diguanylate cyclase  36.49 
 
 		 510 aa  120  9e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  39.49 
 
 		 335 aa  120  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3840  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 556 aa  120  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108967  hitchhiker  0.000986648 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0251  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 660 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.696506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1066  diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 504 aa  120  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5581  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  41.18 
 
 		 548 aa  119  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 510 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  27.5 
 
 		 483 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1662  GGDEF domain-containing protein  41.05 
 
 		 533 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 507 aa  118  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2158  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 417 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.3144  normal  0.735889 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  39.49 
 
 		 346 aa  118  3.9999999999999997e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  39.13 
 
 		 1034 aa  117  5e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6542  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 438 aa  117  6e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.283936 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  37.11 
 
 		 344 aa  117  6e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4864  GGDEF  41.15 
 
 		 532 aa  117  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 305 aa  117  6.9999999999999995e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  40.66 
 
 		 452 aa  117  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0275  diguanylate cyclase  38.39 
 
 		 630 aa  117  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0339591 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 298 aa  117  7.999999999999999e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.964426  normal  0.0629546 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 503 aa  116  8.999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 585 aa  117  8.999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  37.69 
 
 		 555 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1665  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 313 aa  116  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 354 aa  116  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  36.45 
 
 		 516 aa  116  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  40.59 
 
 		 494 aa  116  1.0000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  34.55 
 
 		 1636 aa  116  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.68 
 
 		 664 aa  116  1.0000000000000001e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4491  diguanylate cyclase  36.06 
 
 		 531 aa  116  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0525  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 585 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.04 
 
 		 352 aa  116  1.0000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  34.45 
 
 		 415 aa  115  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1112  GGDEF family protein  27.25 
 
 		 710 aa  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.806835  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1193  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 650 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.142429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2661  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 644 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.646845  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.98 
 
 		 612 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>