More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_0350 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_3938  diguanylate cyclase with GAF sensor  72.18 
 
 		 594 aa  843    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0350  diguanylate cyclase  100 
 
 		 605 aa  1237    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4036  diguanylate cyclase  72.23 
 
 		 610 aa  865    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4133  diguanylate cyclase  72.52 
 
 		 605 aa  870    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0356  diguanylate cyclase  83.99 
 
 		 608 aa  1022    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4014  diguanylate cyclase  72.35 
 
 		 605 aa  864    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3670  diguanylate cyclase  84.98 
 
 		 608 aa  1028    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3286  GGDEF domain-containing protein  44.48 
 
 		 595 aa  492  1e-137  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  41.27 
 
 		 518 aa  139  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.22 
 
 		 333 aa  138  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  41.84 
 
 		 334 aa  134  5e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 334 aa  133  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40.18 
 
 		 960 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2376  GGDEF family protein  40.54 
 
 		 581 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.603107  normal  0.125549 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  42.86 
 
 		 334 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  41.53 
 
 		 317 aa  130  5.0000000000000004e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 334 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.76 
 
 		 362 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.64 
 
 		 334 aa  130  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  41.41 
 
 		 335 aa  130  9.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.35 
 
 		 337 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  27.14 
 
 		 483 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  42.42 
 
 		 335 aa  128  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.58 
 
 		 345 aa  128  4.0000000000000003e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  42.27 
 
 		 534 aa  127  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.33 
 
 		 372 aa  127  5e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.64 
 
 		 338 aa  127  5e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 422 aa  127  7e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 353 aa  127  8.000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.86 
 
 		 463 aa  125  3e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.11 
 
 		 310 aa  124  3e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  36.09 
 
 		 347 aa  125  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 355 aa  125  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.11 
 
 		 310 aa  125  3e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 359 aa  124  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  39.32 
 
 		 339 aa  124  4e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 510 aa  124  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  38.97 
 
 		 353 aa  124  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 533 aa  124  5e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  39.06 
 
 		 355 aa  124  5e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  39.81 
 
 		 355 aa  124  6e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.14 
 
 		 664 aa  124  6e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  39.36 
 
 		 354 aa  124  7e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  35.76 
 
 		 327 aa  123  8e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  39.68 
 
 		 354 aa  123  8e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  39.72 
 
 		 510 aa  123  8e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.27 
 
 		 330 aa  122  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  40.2 
 
 		 327 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38 
 
 		 355 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4491  diguanylate cyclase  37.86 
 
 		 531 aa  122  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 357 aa  122  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 503 aa  121  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1066  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 504 aa  121  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 516 aa  121  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 357 aa  121  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  31.78 
 
 		 555 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 434 aa  121  4.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3353  GGDEF family protein  41.04 
 
 		 626 aa  120  7e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.374674  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2534  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.4 
 
 		 421 aa  120  7e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.657544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 553 aa  120  9e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  41.95 
 
 		 312 aa  120  9e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  40.58 
 
 		 510 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 305 aa  119  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 313 aa  120  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  39.72 
 
 		 510 aa  120  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  40.58 
 
 		 510 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  41.28 
 
 		 494 aa  120  9.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0432  response regulator receiver protein  40 
 
 		 303 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 354 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 353 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1532  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 581 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.131912 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  37.57 
 
 		 424 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1665  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 313 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.04 
 
 		 352 aa  119  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  36.18 
 
 		 522 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  36.73 
 
 		 352 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6542  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 438 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.283936 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3598  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 510 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 354 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 452 aa  118  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 481 aa  118  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.57 
 
 		 628 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  37.06 
 
 		 355 aa  118  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3441  hypothetical protein  43.93 
 
 		 401 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2158  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 417 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.3144  normal  0.735889 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  30.83 
 
 		 1262 aa  117  5e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0251  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 660 aa  117  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.696506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 481 aa  117  6e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0525  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 585 aa  117  6e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0414  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 559 aa  117  6e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.761548  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  36.76 
 
 		 987 aa  117  6.9999999999999995e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  39.5 
 
 		 546 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  36.5 
 
 		 369 aa  117  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 585 aa  117  7.999999999999999e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  36.5 
 
 		 369 aa  117  7.999999999999999e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 308 aa  117  7.999999999999999e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 498 aa  117  8.999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  44.89 
 
 		 525 aa  116  8.999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1356  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 584 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.786537  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2661  diguanylate cyclase  40.95 
 
 		 644 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.646845  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>