More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_3670 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_0350  diguanylate cyclase  84.98 
 
 		 605 aa  1028    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4036  diguanylate cyclase  71.07 
 
 		 610 aa  844    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4133  diguanylate cyclase  71.36 
 
 		 605 aa  847    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3938  diguanylate cyclase with GAF sensor  71.5 
 
 		 594 aa  828    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4014  diguanylate cyclase  71.36 
 
 		 605 aa  847    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0356  diguanylate cyclase  95.38 
 
 		 608 aa  1163    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3670  diguanylate cyclase  100 
 
 		 608 aa  1244    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3286  GGDEF domain-containing protein  43.99 
 
 		 595 aa  489  1e-137  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.5 
 
 		 333 aa  143  8e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  41.92 
 
 		 334 aa  139  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  42.13 
 
 		 335 aa  138  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  42.93 
 
 		 334 aa  137  8e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  43.48 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.22 
 
 		 334 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 362 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 345 aa  133  7.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 334 aa  133  9e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.22 
 
 		 334 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.15 
 
 		 338 aa  132  2.0000000000000002e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 422 aa  131  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 339 aa  132  3e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 372 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 359 aa  130  7.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  42.71 
 
 		 335 aa  130  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.34 
 
 		 310 aa  130  9.000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.79 
 
 		 353 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.34 
 
 		 310 aa  130  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 357 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2534  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.47 
 
 		 421 aa  129  1.0000000000000001e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.657544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 357 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  44.83 
 
 		 312 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  41.8 
 
 		 518 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 355 aa  128  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 510 aa  128  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  39.91 
 
 		 510 aa  128  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 337 aa  128  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 534 aa  128  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  28.85 
 
 		 483 aa  126  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2376  GGDEF family protein  39.13 
 
 		 581 aa  126  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.603107  normal  0.125549 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.09 
 
 		 481 aa  126  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.04 
 
 		 960 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.09 
 
 		 481 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  41.36 
 
 		 347 aa  125  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  33.98 
 
 		 338 aa  125  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0414  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 559 aa  125  3e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.761548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.36 
 
 		 341 aa  124  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 354 aa  124  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  39.18 
 
 		 555 aa  124  5e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  40.84 
 
 		 327 aa  124  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 353 aa  124  5e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 354 aa  124  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2661  diguanylate cyclase  39.82 
 
 		 644 aa  124  6e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.646845  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  41.09 
 
 		 546 aa  124  6e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0525  diguanylate cyclase  41.27 
 
 		 585 aa  123  8e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  37.31 
 
 		 987 aa  123  9.999999999999999e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  41.27 
 
 		 585 aa  123  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 340 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 340 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.8 
 
 		 628 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.81 
 
 		 612 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.62 
 
 		 463 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3598  diguanylate cyclase  40.38 
 
 		 510 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.5 
 
 		 1262 aa  121  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0432  response regulator receiver protein  40.22 
 
 		 303 aa  122  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6542  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 438 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.283936 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 503 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  40.19 
 
 		 510 aa  121  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 533 aa  121  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 522 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 340 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  35.71 
 
 		 1636 aa  120  4.9999999999999996e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.34 
 
 		 352 aa  120  6e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 340 aa  120  6e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  39.72 
 
 		 510 aa  120  6e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  39.72 
 
 		 510 aa  120  6e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 538 aa  120  7e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.9 
 
 		 330 aa  120  7.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  37.62 
 
 		 516 aa  120  7.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 553 aa  120  7.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.51 
 
 		 664 aa  120  9e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5581  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  41.18 
 
 		 548 aa  120  9e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 313 aa  119  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 327 aa  120  9.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1927  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 253 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.949533 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 355 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1662  GGDEF domain-containing protein  40.62 
 
 		 533 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 300 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3840  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 556 aa  118  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108967  hitchhiker  0.000986648 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  36.45 
 
 		 1034 aa  118  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 353 aa  118  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  40.45 
 
 		 536 aa  118  3e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2158  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 417 aa  118  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.3144  normal  0.735889 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 510 aa  118  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0766  ammonium transporter  39.58 
 
 		 644 aa  118  3e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.24 
 
 		 642 aa  118  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4864  GGDEF  40.93 
 
 		 532 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  41.62 
 
 		 323 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 446 aa  117  5e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3353  GGDEF family protein  40.11 
 
 		 626 aa  117  5e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.374674  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.2 
 
 		 660 aa  117  6e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>