More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2376 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2376  GGDEF family protein  100 
 
 		 581 aa  1193    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.603107  normal  0.125549 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3334  GGDEF family protein  42.78 
 
 		 574 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  42.81 
 
 		 578 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  42.98 
 
 		 578 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3022  diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 579 aa  432  1e-120  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.238574  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  41.74 
 
 		 578 aa  429  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1356  diguanylate cyclase  42.28 
 
 		 584 aa  430  1e-119  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.786537  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3007  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 579 aa  428  1e-118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3165  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 579 aa  428  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.624427  hitchhiker  0.00241131 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1419  diguanylate cyclase  40.28 
 
 		 581 aa  423  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.337287  normal  0.697858 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2671  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 578 aa  418  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00272144  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1532  diguanylate cyclase  39.3 
 
 		 581 aa  369  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.131912 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  44.74 
 
 		 340 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 340 aa  159  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 340 aa  158  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  43.16 
 
 		 340 aa  155  2e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 337 aa  155  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  40.09 
 
 		 344 aa  150  8e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  41.54 
 
 		 346 aa  147  7.0000000000000006e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.55 
 
 		 362 aa  147  8.000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  42.6 
 
 		 317 aa  145  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 516 aa  141  3e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  40 
 
 		 498 aa  139  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 322 aa  138  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.07 
 
 		 612 aa  138  4e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.9 
 
 		 463 aa  137  7.000000000000001e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  38.82 
 
 		 649 aa  136  9e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 338 aa  136  9.999999999999999e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.76 
 
 		 622 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  40.68 
 
 		 1262 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 304 aa  135  3e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.92 
 
 		 664 aa  134  3.9999999999999996e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  36.79 
 
 		 306 aa  133  7.999999999999999e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  37.89 
 
 		 328 aa  133  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 538 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 465 aa  133  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  35.85 
 
 		 591 aa  132  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0350  diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 605 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 341 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 372 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 547 aa  131  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 252 aa  131  4.0000000000000003e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  40 
 
 		 335 aa  131  4.0000000000000003e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05729  putative diguanylate cyclase  33.03 
 
 		 323 aa  130  6e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  40 
 
 		 528 aa  130  8.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.15 
 
 		 319 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0275  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 630 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0339591 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0052  response regulator protein  37.23 
 
 		 299 aa  128  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.189873  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  39.89 
 
 		 546 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  39.55 
 
 		 347 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4014  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 605 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 345 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.75 
 
 		 313 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0356  diguanylate cyclase  37.24 
 
 		 608 aa  127  5e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000121  response regulator  33.17 
 
 		 319 aa  127  6e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0601608  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 308 aa  127  6e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4133  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 605 aa  127  6e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2150  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 330 aa  127  8.000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 660 aa  127  8.000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  36.48 
 
 		 472 aa  126  8.000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3670  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 608 aa  127  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 660 aa  126  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  29.39 
 
 		 480 aa  126  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  39.44 
 
 		 555 aa  126  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.96 
 
 		 843 aa  126  1e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 620 aa  126  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 512 aa  126  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.48 
 
 		 352 aa  126  1e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.76 
 
 		 340 aa  125  2e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 333 aa  125  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3938  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.74 
 
 		 594 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 534 aa  125  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 453 aa  125  3e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 359 aa  124  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 353 aa  124  4e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 355 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 503 aa  124  5e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  40.88 
 
 		 327 aa  124  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1758  diguanylate cyclase with Chase2 sensor  34.57 
 
 		 583 aa  123  7e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.621597 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 533 aa  123  8e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 344 aa  123  8e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  38.89 
 
 		 512 aa  123  9e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 334 aa  123  9e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0807  diguanylate cyclase  34.88 
 
 		 340 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  34.31 
 
 		 518 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  39.87 
 
 		 335 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 316 aa  122  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 334 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  34.92 
 
 		 327 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 410 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 305 aa  122  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 354 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2785  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 519 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 354 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0279  diguanylate cyclase  31.9 
 
 		 554 aa  122  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171809  normal  0.0530924 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 357 aa  121  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  38.61 
 
 		 334 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  35.62 
 
 		 342 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0116  diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 398 aa  121  3.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.864855  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0432  response regulator receiver protein  38.55 
 
 		 303 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>