More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0432 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0432  response regulator receiver protein  100 
 
 		 303 aa  615  1e-175  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1695  sensory box/GGDEF family protein  43.75 
 
 		 318 aa  246  2e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2757  diguanylate cyclase  43.52 
 
 		 339 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.26 
 
 		 374 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2649  diguanylate cyclase  43.52 
 
 		 339 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.437238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1412  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.57 
 
 		 339 aa  242  5e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2582  diguanylate cyclase  43.19 
 
 		 339 aa  239  4e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.929496 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2841  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.81 
 
 		 342 aa  239  5e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0625712 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1513  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.81 
 
 		 342 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.374714  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1540  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.81 
 
 		 342 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.918796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1504  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.81 
 
 		 342 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0942  GGDEF domain-containing protein  42.86 
 
 		 335 aa  235  7e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0398  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.72 
 
 		 327 aa  227  1e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.137946  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01090  sensory box/GGDEF family protein  31.13 
 
 		 333 aa  168  9e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0160657  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.65 
 
 		 890 aa  166  6.9999999999999995e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.3 
 
 		 890 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.55 
 
 		 463 aa  148  8e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  41.92 
 
 		 323 aa  147  3e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3840  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 556 aa  144  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108967  hitchhiker  0.000986648 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.55 
 
 		 843 aa  144  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 315 aa  143  4e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  35.42 
 
 		 305 aa  142  5e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.46 
 
 		 352 aa  142  5e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.9 
 
 		 308 aa  142  8e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3572  diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 902 aa  142  9e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  42.11 
 
 		 536 aa  141  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  37.31 
 
 		 648 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3353  GGDEF family protein  34.78 
 
 		 626 aa  140  3e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.374674  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.97 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 319 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  40.12 
 
 		 334 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 313 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 660 aa  139  7.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 422 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.09 
 
 		 312 aa  139  8.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 372 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.04 
 
 		 481 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.5 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 660 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 516 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.04 
 
 		 481 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 578 aa  137  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  40.72 
 
 		 334 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 359 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 357 aa  136  4e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2600  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  38.65 
 
 		 977 aa  136  5e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  39.34 
 
 		 641 aa  135  6.0000000000000005e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  40.66 
 
 		 578 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  42.2 
 
 		 347 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  43.79 
 
 		 1726 aa  134  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.93 
 
 		 341 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 341 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 578 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  42.62 
 
 		 488 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.95 
 
 		 664 aa  133  3.9999999999999996e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 344 aa  133  5e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2671  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 578 aa  133  5e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00272144  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 338 aa  132  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 472 aa  132  6e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 498 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2488  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 429 aa  132  6.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.792877 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 316 aa  132  6.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0116  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 398 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.864855  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 453 aa  132  7.999999999999999e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  41.62 
 
 		 327 aa  132  9e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2222  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 732 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.513474  normal  0.0596169 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3334  GGDEF family protein  40 
 
 		 574 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 345 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  36.11 
 
 		 317 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 334 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2740  diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 670 aa  131  2.0000000000000002e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 434 aa  130  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 362 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 732 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4360  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.22 
 
 		 338 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  40.12 
 
 		 335 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 534 aa  130  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.21 
 
 		 622 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  39.08 
 
 		 335 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  39.41 
 
 		 480 aa  130  3e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 353 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 334 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 522 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0294  diguanylate cyclase  30.74 
 
 		 432 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 510 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  41.53 
 
 		 512 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.5 
 
 		 465 aa  129  5.0000000000000004e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.56 
 
 		 636 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 306 aa  129  6e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 308 aa  129  6e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.98 
 
 		 314 aa  129  7.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 334 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  45.14 
 
 		 506 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  43.79 
 
 		 310 aa  129  9.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.35 
 
 		 642 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3022  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 579 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.238574  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  43.27 
 
 		 1637 aa  128  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>