More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_1112 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_05141  hypothetical protein  62.83 
 
 		 688 aa  897    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1112  GGDEF family protein  100 
 
 		 710 aa  1482    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.806835  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001266  GGDEF family protein  63.35 
 
 		 678 aa  892    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 422 aa  137  7.000000000000001e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  33.9 
 
 		 556 aa  128  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.49 
 
 		 843 aa  126  1e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  29.39 
 
 		 538 aa  126  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.81 
 
 		 352 aa  125  2e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 565 aa  123  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  34.58 
 
 		 339 aa  123  9.999999999999999e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  35.78 
 
 		 398 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 357 aa  123  9.999999999999999e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 308 aa  123  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 410 aa  122  3e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3441  hypothetical protein  40.48 
 
 		 401 aa  122  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4825  diguanylate cyclase  35.79 
 
 		 435 aa  121  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.741722  normal  0.390136 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 434 aa  120  7e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  36.45 
 
 		 546 aa  120  7e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 542 aa  120  9e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 340 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 340 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4680  diguanylate cyclase  31.75 
 
 		 405 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1221  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 519 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1813  diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 386 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.730077 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40570  putative two-component response regulator  39.88 
 
 		 401 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  37.08 
 
 		 548 aa  119  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 337 aa  118  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2195  diguanylate cyclase  36.17 
 
 		 415 aa  118  5e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2473  diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 415 aa  117  5e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.172353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2291  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.56 
 
 		 338 aa  117  6.9999999999999995e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 340 aa  117  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 346 aa  117  7.999999999999999e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 462 aa  117  8.999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  36.9 
 
 		 344 aa  117  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.39 
 
 		 341 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 591 aa  116  1.0000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 340 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2243  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 726 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0252509  normal  0.0700768 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2315  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 726 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000640659 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 462 aa  117  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  41.71 
 
 		 688 aa  116  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.34 
 
 		 686 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 298 aa  115  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0356  diguanylate cyclase  27.25 
 
 		 608 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.43 
 
 		 353 aa  115  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 319 aa  114  5e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4133  diguanylate cyclase  28.41 
 
 		 605 aa  114  5e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  32.09 
 
 		 334 aa  114  6e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0569  GGDEF domain-containing protein  34.65 
 
 		 678 aa  114  6e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000729555  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4588  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 613 aa  114  6e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0646445  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3676  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 371 aa  114  8.000000000000001e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000048428  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 305 aa  114  8.000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1986  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 307 aa  114  9e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  33.5 
 
 		 1034 aa  113  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  38.35 
 
 		 610 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.6 
 
 		 660 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2150  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 330 aa  112  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3938  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.12 
 
 		 594 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  35.05 
 
 		 1637 aa  112  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.6 
 
 		 660 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1647  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 307 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  31.61 
 
 		 453 aa  112  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  34.93 
 
 		 462 aa  112  3e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  31.36 
 
 		 335 aa  112  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0350  diguanylate cyclase  27.47 
 
 		 605 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4425  GGDEF family protein  33.63 
 
 		 435 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 510 aa  111  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.57 
 
 		 668 aa  111  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.57 
 
 		 668 aa  111  5e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 345 aa  111  5e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1787  hypothetical protein  38.6 
 
 		 381 aa  111  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.91 
 
 		 357 aa  111  6e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5323  diguanylate cyclase  33.69 
 
 		 422 aa  111  6e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.666672  normal  0.745062 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  31.91 
 
 		 357 aa  110  6e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  31.72 
 
 		 334 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.66 
 
 		 463 aa  110  7.000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.39 
 
 		 314 aa  110  7.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 308 aa  110  7.000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  35.55 
 
 		 625 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4014  diguanylate cyclase  28.33 
 
 		 605 aa  110  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  31.51 
 
 		 987 aa  110  1e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 534 aa  109  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  33.68 
 
 		 503 aa  110  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.2 
 
 		 340 aa  110  1e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3353  GGDEF family protein  36.07 
 
 		 626 aa  110  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.374674  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  35.07 
 
 		 625 aa  109  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.89 
 
 		 636 aa  110  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 359 aa  110  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  36.78 
 
 		 512 aa  109  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.54 
 
 		 313 aa  109  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 661 aa  109  2e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 344 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  35.07 
 
 		 625 aa  109  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 301 aa  109  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 314 aa  109  2e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  35.42 
 
 		 630 aa  109  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  34.07 
 
 		 323 aa  109  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  35.07 
 
 		 625 aa  109  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 510 aa  109  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0945  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 463 aa  108  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.36887  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>