More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1986 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1986  diguanylate cyclase  100 
 
 		 307 aa  631  1e-180  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 298 aa  203  3e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01667  sensory box/GGDEF domain protein  40.24 
 
 		 304 aa  174  9.999999999999999e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.753306  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  39.71 
 
 		 538 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  31.23 
 
 		 540 aa  136  5e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  36.08 
 
 		 451 aa  134  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  44.69 
 
 		 532 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.37 
 
 		 622 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  36.89 
 
 		 263 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 570 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  32.64 
 
 		 503 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4028  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 447 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 516 aa  130  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  43.18 
 
 		 525 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 316 aa  129  5.0000000000000004e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 373 aa  129  7.000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 625 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 625 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 343 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 624 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  42.93 
 
 		 625 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 758 aa  129  9.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 569 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  41.85 
 
 		 625 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  41.98 
 
 		 1073 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 571 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 487 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.02 
 
 		 457 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 321 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  37.69 
 
 		 459 aa  127  2.0000000000000002e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  33.45 
 
 		 882 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  42.05 
 
 		 525 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1243  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 419 aa  127  3e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 631 aa  127  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 498 aa  127  3e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 459 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  41.8 
 
 		 738 aa  126  5e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0686  GGDEF/HAMP domain-containing protein  39.11 
 
 		 427 aa  125  6e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 354 aa  125  6e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 628 aa  125  6e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 565 aa  125  6e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 374 aa  125  7e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 309 aa  125  8.000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  38.1 
 
 		 422 aa  125  8.000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  39.59 
 
 		 351 aa  125  8.000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  43.56 
 
 		 485 aa  125  9e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 486 aa  125  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  40 
 
 		 546 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 336 aa  124  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0629  GGDEF domain-containing protein  41.32 
 
 		 626 aa  124  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.328878  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  33.86 
 
 		 542 aa  124  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 517 aa  124  2e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 227 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.06 
 
 		 367 aa  124  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 343 aa  124  2e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  42.05 
 
 		 688 aa  123  3e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  35.8 
 
 		 322 aa  123  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  40.64 
 
 		 464 aa  123  3e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.44 
 
 		 686 aa  124  3e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 628 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.23 
 
 		 505 aa  124  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 628 aa  123  4e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.96 
 
 		 469 aa  123  4e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.02 
 
 		 550 aa  123  4e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.11 
 
 		 353 aa  123  4e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 496 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 362 aa  123  5e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  37.87 
 
 		 496 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 628 aa  122  6e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 342 aa  122  6e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 324 aa  122  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  35.32 
 
 		 346 aa  122  6e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 764 aa  122  6e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 764 aa  122  6e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 342 aa  122  6e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 324 aa  122  6e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 342 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  39.55 
 
 		 319 aa  122  7e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 621 aa  122  7e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 582 aa  122  7e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  40 
 
 		 360 aa  122  7e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 764 aa  122  7e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 621 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  39.89 
 
 		 308 aa  122  8e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 320 aa  122  8e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 324 aa  122  8e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  37.71 
 
 		 324 aa  122  9e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 377 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  34.83 
 
 		 316 aa  122  9e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.98 
 
 		 1078 aa  122  9e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  36 
 
 		 335 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  41.76 
 
 		 609 aa  121  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  41.76 
 
 		 709 aa  121  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 517 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.77 
 
 		 705 aa  121  9.999999999999999e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.263072  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 471 aa  121  9.999999999999999e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4360  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.44 
 
 		 338 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>