More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001266 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_001266  GGDEF family protein  100 
 
 		 678 aa  1422    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1112  GGDEF family protein  63.35 
 
 		 710 aa  892    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.806835  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05141  hypothetical protein  88.71 
 
 		 688 aa  1258    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  41.05 
 
 		 346 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  41.58 
 
 		 344 aa  141  4.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  42.63 
 
 		 340 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 340 aa  139  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 340 aa  140  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 340 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 422 aa  135  3e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2195  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 415 aa  131  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.96 
 
 		 843 aa  131  4.0000000000000003e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2473  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 415 aa  131  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.172353  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 339 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1813  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 386 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.730077 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  39.06 
 
 		 538 aa  128  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  39.57 
 
 		 1637 aa  127  6e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3441  hypothetical protein  39.11 
 
 		 401 aa  126  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 608 aa  125  3e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  32.77 
 
 		 556 aa  124  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  36.57 
 
 		 555 aa  124  6e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  38.66 
 
 		 546 aa  124  7e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  34.62 
 
 		 1643 aa  124  7e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 357 aa  123  9.999999999999999e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 341 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40570  putative two-component response regulator  38.55 
 
 		 401 aa  122  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5323  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 422 aa  121  4.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.666672  normal  0.745062 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  32.21 
 
 		 398 aa  121  4.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4680  diguanylate cyclase  34.41 
 
 		 405 aa  120  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3566  diguanylate cyclase  34.64 
 
 		 561 aa  120  7e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0665818  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  36.56 
 
 		 591 aa  120  9e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2291  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.62 
 
 		 338 aa  120  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4825  diguanylate cyclase  32.99 
 
 		 435 aa  120  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.741722  normal  0.390136 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 523 aa  119  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.36 
 
 		 434 aa  118  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  31.91 
 
 		 335 aa  119  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  36.57 
 
 		 528 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  35.61 
 
 		 565 aa  118  5e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2158  diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 417 aa  117  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.3144  normal  0.735889 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4642  serine/threonine protein kinase  33.33 
 
 		 1629 aa  117  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  39.22 
 
 		 636 aa  116  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  35.27 
 
 		 628 aa  116  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 1099 aa  115  3e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  33.65 
 
 		 462 aa  115  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.98 
 
 		 353 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  33.65 
 
 		 462 aa  114  6e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  31.49 
 
 		 347 aa  114  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.71 
 
 		 337 aa  114  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2912  diguanylate cyclase  34.05 
 
 		 540 aa  114  8.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01583  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  34.05 
 
 		 477 aa  114  9e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 303 aa  113  9e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  34.74 
 
 		 625 aa  113  9e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 494 aa  113  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  39.75 
 
 		 709 aa  113  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  35.26 
 
 		 317 aa  113  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 591 aa  113  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0569  GGDEF domain-containing protein  27.16 
 
 		 678 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000729555  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.52 
 
 		 341 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  34.05 
 
 		 579 aa  113  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.76 
 
 		 1079 aa  113  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.7 
 
 		 314 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  31.53 
 
 		 471 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  39.75 
 
 		 609 aa  112  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.76 
 
 		 686 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2534  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.33 
 
 		 421 aa  112  2.0000000000000002e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.657544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  35.83 
 
 		 338 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1647  diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 307 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20820  putative two-component response regulator  35.63 
 
 		 389 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1847  diguanylate cyclase  31.53 
 
 		 470 aa  112  3e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  33.7 
 
 		 503 aa  112  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 623 aa  112  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1348  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 515 aa  112  3e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 625 aa  112  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 625 aa  112  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.06 
 
 		 359 aa  111  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 342 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4360  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.99 
 
 		 338 aa  111  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 342 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.57 
 
 		 665 aa  111  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.162589 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  34.27 
 
 		 625 aa  111  5e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 298 aa  111  5e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 306 aa  111  5e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  31.42 
 
 		 574 aa  111  5e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 342 aa  111  5e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05729  putative diguanylate cyclase  27.96 
 
 		 323 aa  111  6e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 306 aa  110  6e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  38.04 
 
 		 536 aa  110  6e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0102  diguanylate cyclase  32.99 
 
 		 278 aa  110  6e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2376  GGDEF family protein  36.7 
 
 		 581 aa  110  6e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.603107  normal  0.125549 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.76 
 
 		 531 aa  110  6e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1532  diguanylate cyclase  31.13 
 
 		 581 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.131912 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  32.48 
 
 		 1636 aa  110  7.000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.06 
 
 		 357 aa  110  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000121  response regulator  35.71 
 
 		 319 aa  110  7.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0601608  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 342 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  36.46 
 
 		 1034 aa  110  8.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1787  hypothetical protein  32.97 
 
 		 381 aa  110  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  31.06 
 
 		 327 aa  110  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 354 aa  110  9.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 360 aa  110  9.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>