More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0102 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0102  diguanylate cyclase  100 
 
 		 278 aa  567  1e-160  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1599  response regulator receiver protein  50.18 
 
 		 305 aa  270  2e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0650224  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0807  diguanylate cyclase  45.95 
 
 		 340 aa  229  4e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  52.69 
 
 		 505 aa  159  5e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 339 aa  159  5e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  47.51 
 
 		 1262 aa  159  7e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  49.4 
 
 		 503 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 422 aa  157  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  50.59 
 
 		 492 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  50.59 
 
 		 492 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  50.59 
 
 		 492 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  40.39 
 
 		 344 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.78 
 
 		 843 aa  153  2e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  50.61 
 
 		 367 aa  154  2e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 660 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  53.05 
 
 		 890 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  53.05 
 
 		 890 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.41 
 
 		 372 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 660 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  48.57 
 
 		 335 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  40.57 
 
 		 328 aa  152  5e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.64 
 
 		 622 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  51.23 
 
 		 512 aa  150  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 346 aa  150  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  46.47 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  47.18 
 
 		 488 aa  149  4e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  43.59 
 
 		 591 aa  149  4e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 465 aa  149  4e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 527 aa  149  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  49.41 
 
 		 492 aa  149  5e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  49.41 
 
 		 492 aa  149  6e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  50.92 
 
 		 498 aa  148  8e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  46.39 
 
 		 252 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 340 aa  148  1.0000000000000001e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  43.22 
 
 		 960 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  48.52 
 
 		 518 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  46.82 
 
 		 648 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  47.16 
 
 		 522 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.55 
 
 		 362 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.83 
 
 		 352 aa  147  2.0000000000000003e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.06 
 
 		 344 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 578 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  51.53 
 
 		 510 aa  146  3e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  45.51 
 
 		 317 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 520 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.8 
 
 		 338 aa  145  5e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  41.84 
 
 		 462 aa  145  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 315 aa  145  6e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  47.62 
 
 		 492 aa  145  6e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  40.87 
 
 		 480 aa  145  6e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  41.84 
 
 		 462 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  49.7 
 
 		 496 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 313 aa  145  8.000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 337 aa  145  9e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 542 aa  144  1e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  50.31 
 
 		 496 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.86 
 
 		 333 aa  144  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.19 
 
 		 341 aa  144  1e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 521 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 521 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 521 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  46.47 
 
 		 533 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  47.59 
 
 		 487 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 516 aa  143  3e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 340 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 553 aa  143  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  43.35 
 
 		 536 aa  143  3e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  47.9 
 
 		 534 aa  143  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  47.59 
 
 		 487 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  47.59 
 
 		 487 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.31 
 
 		 316 aa  143  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  47.59 
 
 		 487 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  47.59 
 
 		 487 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  47.59 
 
 		 487 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 340 aa  143  4e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 327 aa  142  4e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 520 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  46.29 
 
 		 498 aa  142  4e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.86 
 
 		 334 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  47.59 
 
 		 528 aa  142  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  48.81 
 
 		 501 aa  142  5e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  50.31 
 
 		 496 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  46.99 
 
 		 579 aa  142  6e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  46.11 
 
 		 507 aa  142  6e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  47.06 
 
 		 474 aa  142  6e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  47.06 
 
 		 508 aa  142  6e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.29 
 
 		 334 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  47.02 
 
 		 507 aa  142  7e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.59 
 
 		 359 aa  142  7e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.8 
 
 		 308 aa  142  7e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  45.83 
 
 		 522 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  44.97 
 
 		 334 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.52 
 
 		 341 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 340 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2671  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 578 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00272144  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  48.24 
 
 		 506 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 472 aa  140  1.9999999999999998e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1457  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  44.64 
 
 		 624 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.659998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 353 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1431  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  45.24 
 
 		 625 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>