More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2195 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_2195  diguanylate cyclase  100 
 
 		 415 aa  827    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2158  diguanylate cyclase  84.84 
 
 		 417 aa  693    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.3144  normal  0.735889 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2473  diguanylate cyclase  99.04 
 
 		 415 aa  823    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.172353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  30.73 
 
 		 410 aa  160  4e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5323  diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 422 aa  152  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.666672  normal  0.745062 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  43.42 
 
 		 538 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4825  diguanylate cyclase  30.69 
 
 		 435 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.741722  normal  0.390136 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.29 
 
 		 648 aa  143  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.334588  normal  0.654105 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  42.49 
 
 		 565 aa  142  8e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1004  GGDEF domain protein  30.23 
 
 		 413 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.368177  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  42.42 
 
 		 546 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.89 
 
 		 355 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  46.35 
 
 		 516 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.39 
 
 		 463 aa  140  4.999999999999999e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.47 
 
 		 357 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  42.47 
 
 		 357 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  42.63 
 
 		 422 aa  139  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6542  diguanylate cyclase  35.81 
 
 		 438 aa  138  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.283936 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0870  GGDEF  30.02 
 
 		 397 aa  137  5e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.534122 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41 
 
 		 341 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3360  diguanylate cyclase  32.25 
 
 		 392 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441275  normal  0.662685 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  44.09 
 
 		 335 aa  136  8e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.3 
 
 		 665 aa  135  9e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.162589 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  42.33 
 
 		 536 aa  135  9e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 353 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  42.47 
 
 		 334 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.09 
 
 		 334 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  43.78 
 
 		 346 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 354 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 354 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  43.58 
 
 		 528 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 308 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2229  GGDEF domain protein  30.56 
 
 		 398 aa  134  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.728282  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  43.26 
 
 		 555 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 252 aa  133  5e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4680  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 405 aa  133  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  43.24 
 
 		 548 aa  133  6e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 		 843 aa  133  6e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 340 aa  133  6e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.04 
 
 		 374 aa  133  6e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  43.01 
 
 		 534 aa  133  6.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  43.01 
 
 		 334 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 660 aa  132  9e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  43.02 
 
 		 480 aa  132  9e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 660 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 434 aa  132  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.55 
 
 		 334 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0930  diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 390 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  43.65 
 
 		 492 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  43.65 
 
 		 492 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001266  GGDEF family protein  38.22 
 
 		 678 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.01 
 
 		 334 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.92 
 
 		 345 aa  131  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  42.62 
 
 		 347 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.22 
 
 		 665 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  43.41 
 
 		 492 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  43.41 
 
 		 492 aa  129  6e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 492 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  32.18 
 
 		 591 aa  129  9.000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.47 
 
 		 333 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 492 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 492 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  42.08 
 
 		 327 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  46.29 
 
 		 488 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 631 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  43.02 
 
 		 502 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2178  diguanylate cyclase  32.49 
 
 		 406 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.988519 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4360  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.89 
 
 		 338 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  43.89 
 
 		 518 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  42.86 
 
 		 344 aa  127  3e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4314  diguanylate cyclase  34.72 
 
 		 379 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  42.29 
 
 		 1079 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  41.01 
 
 		 1637 aa  127  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 547 aa  127  5e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4068  diguanylate cyclase  31.23 
 
 		 390 aa  126  6e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.695681 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5179  diguanylate cyclase  45 
 
 		 504 aa  126  7e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.466605 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2740  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 670 aa  126  8.000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  43.16 
 
 		 1636 aa  126  8.000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3774  diguanylate cyclase  31.23 
 
 		 395 aa  126  9e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.121242  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 542 aa  125  1e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0546  diguanylate cyclase  43.78 
 
 		 499 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.07 
 
 		 664 aa  125  1e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  45.71 
 
 		 508 aa  125  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.58 
 
 		 461 aa  125  1e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.67 
 
 		 960 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  42.55 
 
 		 520 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6048  diguanylate cyclase  46.89 
 
 		 506 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.423069 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  40.84 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2488  diguanylate cyclase  43.32 
 
 		 429 aa  125  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.792877 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 359 aa  125  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  42.02 
 
 		 520 aa  125  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0173  diguanylate cyclase  46.55 
 
 		 565 aa  125  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  42.78 
 
 		 335 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  42.02 
 
 		 521 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  42.02 
 
 		 521 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  42.02 
 
 		 521 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6345  diguanylate cyclase  46.33 
 
 		 506 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155718  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>