More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4588 on replicon NC_007961
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007961  Nham_4588  diguanylate cyclase  100 
 
 		 613 aa  1244    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0646445  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0825  diguanylate cyclase  47.63 
 
 		 594 aa  534  1e-150  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1169  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.47 
 
 		 596 aa  409  1e-113  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0126253 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1155  diguanylate cyclase  40.26 
 
 		 605 aa  397  1e-109  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.290971  normal  0.125636 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  32.73 
 
 		 646 aa  243  5e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.88 
 
 		 663 aa  239  1e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  38.94 
 
 		 609 aa  226  8e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  38.94 
 
 		 709 aa  225  2e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.75 
 
 		 1079 aa  216  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0402  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 866 aa  214  4.9999999999999996e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.362695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  32.97 
 
 		 563 aa  207  4e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  35.26 
 
 		 565 aa  199  1.0000000000000001e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  36.8 
 
 		 1099 aa  199  2.0000000000000003e-49  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 555 aa  197  7e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1977  membrane associated GGDEF protein  35.33 
 
 		 583 aa  193  8e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  32.94 
 
 		 494 aa  190  7e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.85 
 
 		 668 aa  189  1e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.85 
 
 		 668 aa  188  3e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  32.65 
 
 		 494 aa  185  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.6 
 
 		 728 aa  179  1e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  34.71 
 
 		 574 aa  178  3e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  34.71 
 
 		 574 aa  177  4e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  36.94 
 
 		 273 aa  168  2.9999999999999998e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1298  diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 576 aa  151  3e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.135306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.12 
 
 		 550 aa  148  3e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  42.08 
 
 		 342 aa  145  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.64 
 
 		 353 aa  145  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  43.96 
 
 		 523 aa  144  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  47.93 
 
 		 638 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.03 
 
 		 558 aa  141  3.9999999999999997e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.45 
 
 		 772 aa  140  7.999999999999999e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  45.6 
 
 		 533 aa  139  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 398 aa  139  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 608 aa  138  3.0000000000000003e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2731  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 714 aa  137  6.0000000000000005e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  36.44 
 
 		 356 aa  137  8e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  36.86 
 
 		 356 aa  137  8e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  45.5 
 
 		 507 aa  136  9e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  47.37 
 
 		 510 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  34.18 
 
 		 1073 aa  136  9.999999999999999e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  47.37 
 
 		 510 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  47.37 
 
 		 510 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.6 
 
 		 415 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  46.33 
 
 		 721 aa  135  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  44.87 
 
 		 472 aa  134  3.9999999999999996e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  46.75 
 
 		 510 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  46.33 
 
 		 612 aa  133  7.999999999999999e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0881  diguanylate cyclase  37.07 
 
 		 376 aa  133  9e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000228326  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  39.38 
 
 		 1644 aa  133  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  35.62 
 
 		 353 aa  131  4.0000000000000003e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 516 aa  131  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  43.6 
 
 		 487 aa  130  6e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  41.95 
 
 		 987 aa  130  7.000000000000001e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  43.6 
 
 		 487 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 487 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  43.6 
 
 		 528 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 487 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  43.27 
 
 		 507 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 487 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 487 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.19 
 
 		 531 aa  130  8.000000000000001e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 530 aa  129  1.0000000000000001e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 529 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 570 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.02 
 
 		 309 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 357 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  46.47 
 
 		 510 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 355 aa  128  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  35.86 
 
 		 411 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  48.32 
 
 		 524 aa  127  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 357 aa  127  5e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  42.49 
 
 		 498 aa  127  8.000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  39.13 
 
 		 355 aa  127  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.1 
 
 		 356 aa  126  9e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 659 aa  127  9e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  41.53 
 
 		 517 aa  126  1e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  40.24 
 
 		 431 aa  126  1e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 314 aa  126  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 352 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.86 
 
 		 646 aa  126  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 340 aa  125  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  36.4 
 
 		 681 aa  125  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14870  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 462 aa  125  2e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.024895  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  30.3 
 
 		 513 aa  125  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4216  diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 717 aa  125  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 1826 aa  125  3e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1484  diguanylate cyclase  33.19 
 
 		 615 aa  124  3e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 355 aa  125  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 485 aa  125  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.88 
 
 		 1078 aa  125  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  39.22 
 
 		 405 aa  125  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4234  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 539 aa  125  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.256126 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  40 
 
 		 344 aa  124  4e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  44.26 
 
 		 492 aa  124  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 346 aa  124  4e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.46 
 
 		 407 aa  124  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 485 aa  124  4e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 339 aa  124  5e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 340 aa  124  5e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 359 aa  124  5e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>