More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3132 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A3132  diguanylate cyclase with GAF sensor  100 
 
 
493 aa  999    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.21 
 
 
1248 aa  156  7e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.43 
 
 
572 aa  141  3e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2203  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.36 
 
 
554 aa  133  9e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0309516  normal  0.310474 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3902  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.21 
 
 
990 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.67 
 
 
710 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.35 
 
 
342 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0418  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.92 
 
 
572 aa  131  3e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4349  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.34 
 
 
1514 aa  130  6e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  44.62 
 
 
1000 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4411  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.04 
 
 
1514 aa  129  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0203527 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  43.85 
 
 
413 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.72 
 
 
342 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.72 
 
 
328 aa  128  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  40.41 
 
 
329 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3414  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.29 
 
 
673 aa  127  6e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  38.54 
 
 
582 aa  126  8.000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  42.16 
 
 
571 aa  126  8.000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  41.24 
 
 
261 aa  125  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.41 
 
 
328 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1579  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.41 
 
 
324 aa  124  4e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4193  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.58 
 
 
703 aa  124  4e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950963  normal  0.519215 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  39.27 
 
 
1037 aa  124  5e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase domain 2  29.58 
 
 
320 aa  123  7e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.175883  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  42.94 
 
 
321 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2222  diguanylate cyclase  30.89 
 
 
847 aa  122  1.9999999999999998e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.162543  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1368  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.01 
 
 
818 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.567434  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.44 
 
 
301 aa  122  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.71 
 
 
994 aa  122  1.9999999999999998e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  39.56 
 
 
398 aa  121  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  44.68 
 
 
350 aa  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1382  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.03 
 
 
510 aa  121  3e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  43.17 
 
 
612 aa  120  3.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.54 
 
 
827 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.05 
 
 
625 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  40.31 
 
 
335 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.46 
 
 
954 aa  120  4.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.837397  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  41.36 
 
 
332 aa  120  7e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  45.26 
 
 
476 aa  120  7.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  37.11 
 
 
578 aa  119  9e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.27 
 
 
464 aa  119  9e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4314  diguanylate cyclase  43.53 
 
 
379 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.59 
 
 
482 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4658  hypothetical protein  40.31 
 
 
818 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142401  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4086  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.38 
 
 
820 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  38.92 
 
 
401 aa  119  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.65 
 
 
730 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53140  hypothetical protein  40.31 
 
 
823 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807959  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.45 
 
 
818 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.455203  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4307  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.01 
 
 
327 aa  117  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  42.08 
 
 
470 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.18 
 
 
769 aa  117  3.9999999999999997e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1907  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.94 
 
 
1013 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.527158  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1057  GGDEF domain-containing protein  42.86 
 
 
264 aa  117  5e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3404  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.27 
 
 
327 aa  117  5e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  42.56 
 
 
345 aa  117  5e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1761  sensory box protein/GGDEF family protein  40.93 
 
 
973 aa  117  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.869454  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.93 
 
 
818 aa  117  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.260128  decreased coverage  0.0078854 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0525  diguanylate cyclase  43.78 
 
 
585 aa  117  6e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.56 
 
 
860 aa  117  6e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.711633  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  45.29 
 
 
493 aa  117  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.97 
 
 
769 aa  117  6.9999999999999995e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.01 
 
 
862 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1022  GGDEF domain-containing protein  38.94 
 
 
264 aa  116  7.999999999999999e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.219718  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0631  diguanylate cyclase  33.22 
 
 
450 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  40.22 
 
 
410 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  40.33 
 
 
446 aa  116  7.999999999999999e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  45.09 
 
 
527 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  41.88 
 
 
411 aa  116  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0375  hypothetical protein  39.81 
 
 
972 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.74 
 
 
954 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.993227  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2144  diguanylate cyclase  42.08 
 
 
263 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  43.23 
 
 
436 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  36.74 
 
 
354 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2254  sensory box protein  39.79 
 
 
422 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0488  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.93 
 
 
685 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  46.2 
 
 
544 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  43.35 
 
 
402 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  32.46 
 
 
323 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2343  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.51 
 
 
921 aa  115  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.762005  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  40.54 
 
 
510 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  38.67 
 
 
422 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.77 
 
 
407 aa  115  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  40.54 
 
 
510 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1682  diguanylate cyclase  37.22 
 
 
560 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  42.02 
 
 
384 aa  115  2.0000000000000002e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  40.54 
 
 
510 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.2 
 
 
792 aa  114  3e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  44.38 
 
 
545 aa  114  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.99 
 
 
432 aa  114  3e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00630975  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2594  diguanylate cyclase  42.94 
 
 
582 aa  114  3e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1617  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.21 
 
 
860 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.76 
 
 
457 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  40.29 
 
 
411 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0492  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.67 
 
 
754 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1920  diguanylate cyclase  41.15 
 
 
346 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3670  diguanylate cyclase  42.61 
 
 
608 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0510  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.87 
 
 
765 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.226401  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.49 
 
 
531 aa  114  5e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1771  PAS:GGDEF  29.73 
 
 
449 aa  114  5e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>