More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1682 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1682  diguanylate cyclase  100 
 
 		 560 aa  1157    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  28.93 
 
 		 566 aa  141  3e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  28.88 
 
 		 557 aa  136  8e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  25.17 
 
 		 611 aa  128  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  35.84 
 
 		 756 aa  123  7e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 388 aa  123  8e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  34.5 
 
 		 763 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 436 aa  120  6e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  31.89 
 
 		 578 aa  120  7e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.92 
 
 		 726 aa  120  7.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 425 aa  120  9e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4172  GGDEF domain-containing protein  36.77 
 
 		 431 aa  119  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  34.85 
 
 		 411 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.53 
 
 		 754 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  34.72 
 
 		 411 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0835  diguanylate cyclase  28.32 
 
 		 443 aa  118  3e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.153525  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.26 
 
 		 531 aa  116  7.999999999999999e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7359  putative diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 432 aa  116  8.999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1161  diguanylate cyclase  33.67 
 
 		 440 aa  116  8.999999999999998e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0876222  normal  0.647833 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1144  GGDEF domain-containing protein  32.37 
 
 		 754 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  26.38 
 
 		 571 aa  116  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3132  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.22 
 
 		 493 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  32.27 
 
 		 411 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4831  diguanylate cyclase  32.12 
 
 		 392 aa  114  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5901  diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 386 aa  114  5e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.81 
 
 		 754 aa  113  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268415  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  32.82 
 
 		 410 aa  113  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 390 aa  113  8.000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  28.12 
 
 		 627 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8066  hypothetical protein  36.36 
 
 		 314 aa  112  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0556463  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.79 
 
 		 754 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.578414 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  32.78 
 
 		 349 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  26.9 
 
 		 603 aa  112  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.66 
 
 		 594 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0241  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 450 aa  111  3e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1509  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.08 
 
 		 571 aa  112  3e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.44121  normal  0.0349148 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 525 aa  111  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  31.14 
 
 		 498 aa  111  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 259 aa  111  4.0000000000000004e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1301  diguanylate cyclase  26 
 
 		 561 aa  110  5e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 323 aa  110  6e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  35.2 
 
 		 768 aa  110  7.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3037  7TM domain sensor diguanylate cyclase  32.55 
 
 		 506 aa  110  7.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  35.2 
 
 		 768 aa  110  8.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 323 aa  110  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  29.44 
 
 		 493 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0356  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.59 
 
 		 667 aa  109  1e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.589026  normal  0.448313 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.69 
 
 		 319 aa  109  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  30.94 
 
 		 476 aa  109  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4534  diguanylate cyclase  38.85 
 
 		 423 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0836312  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  25.18 
 
 		 612 aa  109  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 411 aa  109  1e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3756  diguanylate cyclase  32.55 
 
 		 577 aa  109  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40748  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1075  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.58 
 
 		 758 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.469487  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1227  diguanylate cyclase  29.35 
 
 		 554 aa  108  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.594022  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.74 
 
 		 760 aa  108  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0410  sensor diguanylate cyclase (GGDEF)  34.25 
 
 		 335 aa  108  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.294866  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 323 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 298 aa  108  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.27 
 
 		 323 aa  109  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02658  GGDEF domain protein  29.8 
 
 		 366 aa  108  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5646  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 399 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.515019  normal  0.418134 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28880  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  36.53 
 
 		 409 aa  108  3e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.46801 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2064  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 335 aa  108  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.325381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  32.79 
 
 		 495 aa  108  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0406  periplasmic sensor diguanylate cyclase (GGDEF)  33.15 
 
 		 347 aa  108  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  32.54 
 
 		 530 aa  108  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 532 aa  107  4e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  32.28 
 
 		 409 aa  107  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.24 
 
 		 317 aa  107  4e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1751  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 389 aa  107  4e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123921  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 323 aa  107  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.15 
 
 		 345 aa  108  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1189  diguanylate cyclase  30.4 
 
 		 357 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0106637  normal  0.54324 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  25.12 
 
 		 577 aa  108  4e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  33.95 
 
 		 532 aa  107  5e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2553  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 484 aa  107  5e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.928097  normal  0.61 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0593  diguanylate cyclase  33.68 
 
 		 316 aa  107  6e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2293  diguanylate cyclase  29.78 
 
 		 467 aa  107  6e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000112238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  26.34 
 
 		 623 aa  107  7e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.71 
 
 		 689 aa  107  7e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 507 aa  107  7e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.31 
 
 		 1072 aa  107  7e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  25.12 
 
 		 571 aa  107  7e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4554  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.34 
 
 		 331 aa  107  8e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2262  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 430 aa  107  8e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0392628  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2060  diguanylate cyclase  32.58 
 
 		 359 aa  107  8e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  21.69 
 
 		 569 aa  107  8e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 507 aa  107  8e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  29.29 
 
 		 396 aa  106  9e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1155  diguanylate cyclase  32.18 
 
 		 357 aa  106  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149088  normal  0.131446 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4670  GGDEF domain-containing protein  37.58 
 
 		 423 aa  106  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.406009 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  32.52 
 
 		 388 aa  106  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 536 aa  105  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 516 aa  106  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0693  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 389 aa  106  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2989  response regulator receiver protein  31.88 
 
 		 577 aa  106  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  31.46 
 
 		 391 aa  106  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  31.46 
 
 		 391 aa  106  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0413  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 328 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.679867 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>