More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02658 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02658  GGDEF domain protein  100 
 
 		 366 aa  756    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 370 aa  259  6e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  39.58 
 
 		 357 aa  250  3e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1863  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 368 aa  240  2e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.150647 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4684  GGDEF domain-containing protein  45.56 
 
 		 266 aa  223  3e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  33.52 
 
 		 381 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3762  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 368 aa  193  4e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.742847  normal  0.824996 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  35.08 
 
 		 403 aa  192  9e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 372 aa  186  6e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3587  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 364 aa  172  9e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.684884  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2407  diguanylate cyclase  34.04 
 
 		 364 aa  156  6e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1356  diguanylate cyclase  30.97 
 
 		 380 aa  146  5e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.299965 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  35.21 
 
 		 360 aa  146  6e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  31.75 
 
 		 368 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 516 aa  140  3e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 599 aa  139  6e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  34.13 
 
 		 362 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2120  signaling protein  34.39 
 
 		 351 aa  137  4e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 320 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 917 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  35.82 
 
 		 353 aa  134  3e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 395 aa  134  3e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 507 aa  133  6e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 507 aa  133  6e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 569 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 395 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 459 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 342 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 388 aa  130  3e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 324 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 642 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 436 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 324 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 324 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4043  diguanylate cyclase  26.21 
 
 		 366 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.902956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 396 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3868  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 517 aa  127  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 642 aa  127  3e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  42.6 
 
 		 476 aa  126  5e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  40.74 
 
 		 334 aa  125  8.000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 764 aa  125  9e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 764 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 764 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  34.63 
 
 		 382 aa  125  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  40.72 
 
 		 690 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 753 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 401 aa  125  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 495 aa  124  3e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 362 aa  123  4e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  38.99 
 
 		 237 aa  123  5e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  41.42 
 
 		 609 aa  123  5e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 405 aa  123  5e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 477 aa  123  6e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0265  diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 456 aa  123  6e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2370  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 554 aa  122  7e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0332  DNA polymerase III delta prime subunit HolB  40.61 
 
 		 349 aa  122  7e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 294 aa  122  7e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 632 aa  122  9e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  41.28 
 
 		 443 aa  122  9e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.1 
 
 		 586 aa  122  9.999999999999999e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 686 aa  122  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 736 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.7 
 
 		 698 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  39.02 
 
 		 565 aa  121  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 319 aa  121  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  39.02 
 
 		 322 aa  121  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 735 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.15 
 
 		 304 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 614 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 583 aa  121  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 631 aa  120  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  37.68 
 
 		 738 aa  120  3e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 615 aa  120  3e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.74 
 
 		 800 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1554  GGDEF domain-containing protein  35.68 
 
 		 389 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.84144  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 464 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  34 
 
 		 373 aa  120  3.9999999999999996e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  40 
 
 		 518 aa  120  3.9999999999999996e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0766  ammonium transporter  39.66 
 
 		 644 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 357 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  37.8 
 
 		 319 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 492 aa  119  6e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  41.95 
 
 		 324 aa  119  6e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  42.24 
 
 		 418 aa  119  6e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 696 aa  119  7e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 636 aa  119  7e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 492 aa  119  7e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.12 
 
 		 302 aa  119  7.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  28.17 
 
 		 366 aa  119  9e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 369 aa  119  9e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0787  GGDEF  39.13 
 
 		 585 aa  119  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109099  hitchhiker  0.00379197 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 385 aa  118  9.999999999999999e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 645 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 507 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1225  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  40.24 
 
 		 985 aa  119  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.90661  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 411 aa  118  9.999999999999999e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  42.41 
 
 		 425 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 320 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0005  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 520 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.379493  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 485 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>