More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0593 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_0593  diguanylate cyclase  100 
 
 		 316 aa  653    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0541  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 285 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.750858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.76 
 
 		 1212 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4153  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 305 aa  119  9e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53310  hypothetical protein  43.42 
 
 		 681 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.615657 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4011  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.156035  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4673  hypothetical protein  43.42 
 
 		 651 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0524  diguanylate cyclase  36.05 
 
 		 285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4127  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 305 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0339065  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 718 aa  116  5e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1622  sensory box protein  37.99 
 
 		 1075 aa  115  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0638  diguanylate cyclase  39.61 
 
 		 737 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.87 
 
 		 975 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1761  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 339 aa  113  3e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.31 
 
 		 1050 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251418  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3924  sensory box protein  36.87 
 
 		 1086 aa  113  4.0000000000000004e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.59 
 
 		 906 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2637  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.88 
 
 		 678 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.5465  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3237  diguanylate cyclase  36.71 
 
 		 286 aa  112  9e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  39.87 
 
 		 1346 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7031  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.24 
 
 		 1327 aa  111  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.153977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0542  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 285 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.35 
 
 		 757 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.29 
 
 		 709 aa  112  1.0000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.56 
 
 		 994 aa  110  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0884  diguanylate cyclase  34.64 
 
 		 285 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.576242  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.8 
 
 		 909 aa  110  3e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0652  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 280 aa  110  3e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4392  diguanylate cyclase  34.6 
 
 		 414 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.361325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2367  diguanylate cyclase  39.35 
 
 		 923 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.457753  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  38.99 
 
 		 1006 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.76 
 
 		 965 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.928447  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.75 
 
 		 1248 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4670  GGDEF domain-containing protein  37.14 
 
 		 423 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.406009 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3958  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 349 aa  109  7.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0131917  normal  0.325854 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0356  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.27 
 
 		 667 aa  108  8.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.589026  normal  0.448313 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2763  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.85 
 
 		 820 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  34.16 
 
 		 583 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 638 aa  108  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0508  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.82 
 
 		 917 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0729931 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4668  diguanylate cyclase  36.57 
 
 		 423 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.665798  normal  0.140275 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.44 
 
 		 648 aa  107  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.18 
 
 		 708 aa  108  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245048  normal  0.0798721 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.66 
 
 		 1466 aa  107  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  39.05 
 
 		 1245 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1382  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.96 
 
 		 889 aa  108  2e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.231857  normal  0.133175 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  36.77 
 
 		 1502 aa  107  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1682  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 560 aa  107  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4534  diguanylate cyclase  36.57 
 
 		 423 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0836312  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 354 aa  108  2e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.67 
 
 		 652 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.724915 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  37.18 
 
 		 921 aa  107  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  35.36 
 
 		 631 aa  107  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.67 
 
 		 652 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.864277  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  33.68 
 
 		 609 aa  107  3e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  33.68 
 
 		 709 aa  107  3e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  38.06 
 
 		 557 aa  107  3e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3603  GGDEF domain-containing protein  35.84 
 
 		 570 aa  107  3e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00808  hypothetical protein  36.31 
 
 		 578 aa  106  4e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0996  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.87 
 
 		 829 aa  106  4e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.846195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1715  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.88 
 
 		 749 aa  106  4e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1688  diguanylate cyclase  40.38 
 
 		 546 aa  107  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6173  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.61 
 
 		 837 aa  106  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1609  multisensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  37.25 
 
 		 944 aa  106  5e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.954205  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2220  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.55 
 
 		 499 aa  106  5e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.462189  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5001  sensory box/GGDEF family protein  36.14 
 
 		 909 aa  106  6e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.129859  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2293  GGDEF  36.18 
 
 		 269 aa  106  6e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00190961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1114  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.37 
 
 		 722 aa  106  6e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.307073 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0142  metal dependent phosphohydrolase  35.09 
 
 		 545 aa  106  7e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000694732  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0926  sensory box protein  37.97 
 
 		 1063 aa  106  7e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  32.18 
 
 		 452 aa  105  8e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  32.16 
 
 		 1073 aa  105  8e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5151  sensory box/GGDEF family protein  36.14 
 
 		 909 aa  105  8e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.954767  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4983  sensory box/GGDEF family protein  36.14 
 
 		 909 aa  105  8e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  32.18 
 
 		 476 aa  105  8e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5944  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.61 
 
 		 745 aa  105  8e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.120992 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0563  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.38 
 
 		 846 aa  105  8e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5392  sensory box/GGDEF family protein  36.14 
 
 		 909 aa  105  8e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.98335e-28 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0489  diguanylate cyclase  40 
 
 		 361 aa  105  8e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.534535  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5543  sensory box/GGDEF family protein  36.14 
 
 		 909 aa  105  8e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.129042  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.2 
 
 		 808 aa  105  8e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.0000289521  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  32.18 
 
 		 476 aa  105  8e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  38.46 
 
 		 1245 aa  105  8e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  32.18 
 
 		 452 aa  105  9e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.77 
 
 		 568 aa  105  9e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  32.18 
 
 		 452 aa  105  9e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0803  diguanylate cyclase  36.52 
 
 		 346 aa  105  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0587  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.14 
 
 		 1062 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.22 
 
 		 772 aa  105  1e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  32.18 
 
 		 452 aa  105  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2589  hypothetical protein  41.29 
 
 		 759 aa  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.394973  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.12 
 
 		 760 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5528  sensory box/GGDEF family protein  35.37 
 
 		 909 aa  105  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.024998  hitchhiker  0.000000585102 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 1428 aa  105  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 540 aa  105  1e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.39 
 
 		 1486 aa  105  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1514  diguanylate cyclase  36.62 
 
 		 385 aa  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0495  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.65 
 
 		 907 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.128556 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4956  diguanylate cyclase  36.09 
 
 		 422 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.888162 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2451  putative diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 651 aa  104  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.20107  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>