More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_2293 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_2293  GGDEF  100 
 
 		 269 aa  544  1e-154  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00190961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1761  diguanylate cyclase  36.05 
 
 		 339 aa  165  6.9999999999999995e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4809  diguanylate cyclase  35.25 
 
 		 279 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.780327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3237  diguanylate cyclase  32.96 
 
 		 286 aa  159  7e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4011  diguanylate cyclase  38.72 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.156035  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4153  diguanylate cyclase  39.47 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4127  diguanylate cyclase  39.47 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0339065  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0413  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 328 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.679867 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0542  diguanylate cyclase  36.18 
 
 		 285 aa  152  8e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0884  diguanylate cyclase  35.34 
 
 		 285 aa  150  2e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.576242  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3234  diguanylate cyclase  32.07 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0541  diguanylate cyclase  31.2 
 
 		 285 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.750858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0524  diguanylate cyclase  30.8 
 
 		 285 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1844  extracellular solute-binding protein  43.6 
 
 		 932 aa  126  5e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.38 
 
 		 820 aa  123  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 374 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  43.87 
 
 		 517 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3185  diguanylate cyclase  32.64 
 
 		 347 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.106755  normal  0.0939676 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1635  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.76 
 
 		 643 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1569  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.76 
 
 		 643 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 764 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 764 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.64 
 
 		 757 aa  117  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.21 
 
 		 322 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.21 
 
 		 322 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  34 
 
 		 381 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4554  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.7 
 
 		 331 aa  116  5e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2273  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 563 aa  115  6e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 464 aa  115  6e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  38.6 
 
 		 443 aa  115  6e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  32.64 
 
 		 360 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  35.45 
 
 		 764 aa  115  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.33 
 
 		 351 aa  115  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  43.04 
 
 		 955 aa  114  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.59 
 
 		 826 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 405 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 373 aa  113  3e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3959  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.6 
 
 		 855 aa  113  3e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  31.83 
 
 		 464 aa  113  3e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2778  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.03 
 
 		 1010 aa  113  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1709  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.55 
 
 		 1109 aa  113  3e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0904197  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2151  ammonium transporter  40.24 
 
 		 611 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.83 
 
 		 642 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  35.88 
 
 		 1006 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  42.04 
 
 		 343 aa  113  4.0000000000000004e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  33.6 
 
 		 591 aa  112  5e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  39.08 
 
 		 624 aa  112  6e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.78 
 
 		 736 aa  112  6e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.78 
 
 		 306 aa  112  6e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  33.87 
 
 		 1346 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3373  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 505 aa  112  7.000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3483  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 409 aa  112  7.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0776435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.13 
 
 		 496 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  42.04 
 
 		 559 aa  112  8.000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 459 aa  112  9e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3588  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.55 
 
 		 827 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0360121 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 553 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1382  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.11 
 
 		 889 aa  111  1.0000000000000001e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.231857  normal  0.133175 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  35.64 
 
 		 559 aa  111  1.0000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 414 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  39.79 
 
 		 312 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 736 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0128  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 636 aa  110  2.0000000000000002e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.308364  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.72 
 
 		 730 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0881  diguanylate cyclase  31.05 
 
 		 376 aa  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000228326  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2017  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.78 
 
 		 1299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0450581  normal  0.783142 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1116  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.11 
 
 		 494 aa  110  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464201 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3337  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.29 
 
 		 1020 aa  110  3e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.71 
 
 		 1466 aa  110  3e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7031  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.24 
 
 		 1327 aa  110  3e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.153977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.32 
 
 		 1248 aa  110  3e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 310 aa  110  3e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 426 aa  110  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.9 
 
 		 564 aa  109  4.0000000000000004e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2367  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 923 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.457753  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1227  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.94 
 
 		 434 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.81 
 
 		 1050 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251418  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.66 
 
 		 778 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.479414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  31.7 
 
 		 565 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  36.5 
 
 		 385 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  33.82 
 
 		 220 aa  109  5e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 621 aa  109  5e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.76 
 
 		 461 aa  109  5e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.78 
 
 		 1294 aa  109  5e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0408  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.25 
 
 		 862 aa  109  5e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.78 
 
 		 652 aa  109  5e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.864277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3654  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.41 
 
 		 652 aa  109  5e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.78 
 
 		 652 aa  109  5e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.724915 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 252 aa  108  6e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2111  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 392 aa  109  6e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1630  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.74 
 
 		 739 aa  109  6e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.654587 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 492 aa  109  6e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 492 aa  109  6e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00808  hypothetical protein  37.71 
 
 		 578 aa  108  7.000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 380 aa  108  7.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.79 
 
 		 301 aa  108  7.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0304  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.3 
 
 		 806 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.318704  normal  0.0663849 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4349  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.24 
 
 		 695 aa  108  7.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.967572  normal  0.71364 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4239  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.24 
 
 		 695 aa  108  7.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1134  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.56 
 
 		 819 aa  108  8.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0216119  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>