More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_4392 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_4392  diguanylate cyclase  100 
 
 		 414 aa  791    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.361325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4287  diguanylate cyclase  73.8 
 
 		 409 aa  450  1e-125  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0539284  normal  0.0529448 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3919  diguanylate cyclase  73.49 
 
 		 406 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.556135 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3663  GGDEF domain-containing protein  47.03 
 
 		 433 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.241866 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2239  diguanylate cyclase  46.87 
 
 		 388 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.942581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2066  diguanylate cyclase  46.77 
 
 		 419 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.484782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2170  diguanylate cyclase  46.56 
 
 		 382 aa  280  3e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2240  diguanylate cyclase  45.87 
 
 		 388 aa  256  4e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0749  diguanylate cyclase  44.36 
 
 		 432 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0940532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4391  diguanylate cyclase  43.78 
 
 		 387 aa  250  4e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6750  diguanylate cyclase  30.53 
 
 		 370 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.795735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5469  GGDEF  30 
 
 		 419 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1267  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  31.16 
 
 		 476 aa  114  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.413897 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2233  diguanylate cyclase  31.18 
 
 		 390 aa  113  7.000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.878292 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 373 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5670  diguanylate cyclase  29.25 
 
 		 393 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.598919 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  33.86 
 
 		 415 aa  111  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  30.7 
 
 		 476 aa  110  3e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  30.7 
 
 		 476 aa  110  3e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  30.7 
 
 		 452 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  30.7 
 
 		 452 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  30.7 
 
 		 452 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  30.7 
 
 		 452 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  33.81 
 
 		 569 aa  110  5e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0593  diguanylate cyclase  34.6 
 
 		 316 aa  109  7.000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5530  diguanylate cyclase  34.7 
 
 		 384 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0865314  normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  29.41 
 
 		 540 aa  108  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0284  diguanylate cyclase  34.5 
 
 		 391 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.879349  unclonable  0.0000000000722624 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3737  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 391 aa  109  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.319757  hitchhiker  0.00976865 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  34.01 
 
 		 411 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05442  hypothetical protein  34.62 
 
 		 539 aa  107  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  32.45 
 
 		 384 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  37.5 
 
 		 1006 aa  108  3e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5646  diguanylate cyclase  30.17 
 
 		 399 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.515019  normal  0.418134 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.75 
 
 		 620 aa  107  4e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1165  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.85 
 
 		 580 aa  107  5e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.313123  normal  0.393198 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  29.08 
 
 		 385 aa  106  6e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 557 aa  105  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  28.99 
 
 		 385 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  33.66 
 
 		 490 aa  105  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  28.99 
 
 		 385 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  33.5 
 
 		 485 aa  104  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.18 
 
 		 463 aa  105  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.24 
 
 		 769 aa  104  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0757  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 489 aa  104  3e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.371772  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  39.68 
 
 		 398 aa  104  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0238873 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 409 aa  104  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  32.86 
 
 		 466 aa  103  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1514  diguanylate cyclase  36.71 
 
 		 385 aa  103  5e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 732 aa  103  5e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1480  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.68 
 
 		 1012 aa  103  6e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  37.38 
 
 		 608 aa  103  7e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0568  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 586 aa  103  7e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  32.28 
 
 		 384 aa  103  7e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4425  GGDEF family protein  29.41 
 
 		 435 aa  103  8e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4421  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  40.11 
 
 		 779 aa  103  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.920702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0273  GGDEF family protein  35.29 
 
 		 396 aa  102  9e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2075  GGDEF protein  40.43 
 
 		 334 aa  102  9e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4029  diguanylate cyclase  37.76 
 
 		 390 aa  102  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.36488  normal  0.88934 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1650  sensory box protein  38.22 
 
 		 819 aa  102  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00487383  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.19 
 
 		 416 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.19 
 
 		 416 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.74 
 
 		 628 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4068  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 390 aa  102  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.695681 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  36.71 
 
 		 411 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3774  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 395 aa  102  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.121242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  34.07 
 
 		 1209 aa  102  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0235394 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2365  diguanylate cyclase  31.82 
 
 		 467 aa  102  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0108211  normal  0.148457 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0142  metal dependent phosphohydrolase  30.84 
 
 		 545 aa  102  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000694732  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.84 
 
 		 407 aa  102  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  32.14 
 
 		 364 aa  101  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2441  diguanylate cyclase  31.34 
 
 		 403 aa  102  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.933088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.36 
 
 		 708 aa  102  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245048  normal  0.0798721 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1484  diguanylate cyclase  34.12 
 
 		 615 aa  102  2e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000814  hypothetical protein  31.58 
 
 		 402 aa  101  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1066  diguanylate cyclase  32.44 
 
 		 504 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  34.87 
 
 		 650 aa  101  2e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  34.07 
 
 		 1209 aa  102  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4101  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.44 
 
 		 794 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 460 aa  101  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.34 
 
 		 783 aa  100  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.218721 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2736  diguanylate cyclase  31.41 
 
 		 405 aa  101  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.428022 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  32.63 
 
 		 340 aa  101  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4221  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.37 
 
 		 543 aa  100  3e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.363581  normal  0.801256 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0476  diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 383 aa  100  3e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1027  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.12 
 
 		 842 aa  101  3e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0664928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  34.5 
 
 		 571 aa  100  4e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1523  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.21 
 
 		 472 aa  100  4e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2788  diguanylate cyclase  31.46 
 
 		 726 aa  100  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.282948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  34.74 
 
 		 298 aa  100  4e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0574  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.04 
 
 		 772 aa  100  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122166  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  38.34 
 
 		 243 aa  100  4e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  32.38 
 
 		 581 aa  100  4e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6160  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.61 
 
 		 1007 aa  100  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.25 
 
 		 457 aa  100  5e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1325  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.37 
 
 		 843 aa  100  5e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000657328  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.24 
 
 		 994 aa  100  5e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 565 aa  100  6e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1506  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.97 
 
 		 704 aa  100  6e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.66 
 
 		 710 aa  100  6e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>