More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_2451 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011901  Tgr7_2451  putative diguanylate cyclase  100 
 
 
651 aa  1334    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.20107  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0356  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.14 
 
 
667 aa  427  1e-118  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.589026  normal  0.448313 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.63 
 
 
932 aa  276  8e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  42.72 
 
 
811 aa  253  6e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0226  PAS sensor diguanylate cyclase and phophodiesterase  42.16 
 
 
591 aa  250  6e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.76 
 
 
808 aa  247  4.9999999999999997e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.0000289521  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2682  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  45.58 
 
 
596 aa  243  1e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4086  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.21 
 
 
820 aa  237  6e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.38 
 
 
818 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.455203  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4658  hypothetical protein  43.09 
 
 
818 aa  233  8.000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142401  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1380  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.76 
 
 
715 aa  233  8.000000000000001e-60  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.923401  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1350  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.76 
 
 
715 aa  232  1e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53140  hypothetical protein  43.09 
 
 
823 aa  232  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807959  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.75 
 
 
958 aa  231  4e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1368  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.64 
 
 
818 aa  230  8e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.567434  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1761  sensory box protein/GGDEF family protein  41.74 
 
 
973 aa  229  1e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.869454  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.74 
 
 
818 aa  229  1e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.260128  decreased coverage  0.0078854 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2451  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.66 
 
 
802 aa  229  1e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.312082 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0034  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  42.66 
 
 
806 aa  227  5.0000000000000005e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.98 
 
 
792 aa  227  6e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0299536  normal  0.27507 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.81 
 
 
968 aa  226  9e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.41 
 
 
951 aa  226  1e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.94 
 
 
1082 aa  226  1e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3655  PAS:GGDEF  43.1 
 
 
820 aa  224  4e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.979803  normal  0.755172 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1737  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  44.14 
 
 
818 aa  224  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3522  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.94 
 
 
1287 aa  222  1.9999999999999999e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4198  putative sensor protein  39.27 
 
 
1105 aa  219  8.999999999999998e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.350673  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.82 
 
 
805 aa  219  8.999999999999998e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.880185  normal  0.800822 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49160  putative sensor protein  39.27 
 
 
1120 aa  219  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000588584 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1744  histidine kinase  43.4 
 
 
630 aa  212  2e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.267344 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2681  putative sensor protein  37.83 
 
 
1117 aa  209  2e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.968854 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3002  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.81 
 
 
763 aa  207  3e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0337162  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.84 
 
 
1038 aa  207  4e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.754272  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.22 
 
 
1105 aa  205  2e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.131154  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2360  putative sensor protein  39.22 
 
 
1105 aa  206  2e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0993  putative sensor protein  39.22 
 
 
1105 aa  205  2e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.7374 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  39.41 
 
 
1006 aa  205  2e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1574  putative sensor protein  39.22 
 
 
1105 aa  205  2e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115387  normal  0.924629 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1165  putative sensor protein  38.16 
 
 
1105 aa  204  3e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.807956  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01973  predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein  38.89 
 
 
1105 aa  203  8e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01962  hypothetical protein  38.89 
 
 
1105 aa  203  8e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.66 
 
 
817 aa  203  8e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4004  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.72 
 
 
820 aa  202  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00611465  normal  0.165942 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2666  putative sensor protein  36.81 
 
 
1129 aa  201  5e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2307  mase1 domain family  37.5 
 
 
998 aa  199  9e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0591  putative sensor protein  37.91 
 
 
1121 aa  199  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.66 
 
 
799 aa  199  2.0000000000000003e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.816618  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2251  PAS domain protein  36.84 
 
 
998 aa  197  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2351  mase1 domain family protein  36.84 
 
 
998 aa  197  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.659224  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2358  mase1 domain family  36.84 
 
 
998 aa  197  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.922212 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3714  PAS  33.81 
 
 
1028 aa  191  5e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.101634 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3251  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.69 
 
 
732 aa  190  8e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.310798  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2048  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.25 
 
 
827 aa  185  2.0000000000000003e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589876  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2470  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.49 
 
 
693 aa  183  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000343207  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1658  putative sensory box-containing diguanylate cyclase  36.49 
 
 
693 aa  183  1e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000881395  normal  0.485091 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2374  putative sensory box-containing diguanylate cyclase  36.49 
 
 
693 aa  183  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000185954  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1640  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.62 
 
 
294 aa  176  9.999999999999999e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000528528  normal  0.017184 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1352  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.05 
 
 
732 aa  176  9.999999999999999e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.161755  normal  0.747327 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2490  sensor histidine kinase  35.76 
 
 
600 aa  176  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000159667  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.12 
 
 
1045 aa  174  3.9999999999999995e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3040  histidine kinase  34.38 
 
 
594 aa  172  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1942  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.98 
 
 
805 aa  172  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0061026 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0439  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.05 
 
 
455 aa  171  4e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.444664 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  34.92 
 
 
821 aa  171  6e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1725  sensory box-containing diguanylate cyclase, putative  40.62 
 
 
709 aa  169  1e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.671328  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3384  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
829 aa  169  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0428  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.79 
 
 
455 aa  169  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1116  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.5 
 
 
494 aa  169  1e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.464201 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1641  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.68 
 
 
755 aa  164  3e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.130236 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  46.95 
 
 
820 aa  164  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.67 
 
 
698 aa  163  1e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.771152 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4155  sensor histidine kinase  29.44 
 
 
601 aa  162  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1785  sensor-kinase  39.1 
 
 
582 aa  162  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0408  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.2 
 
 
809 aa  161  3e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1520  sensor-kinase  38.72 
 
 
582 aa  161  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000320378 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1499  sensor-kinase  38.72 
 
 
582 aa  161  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000587634 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1483  sensor-kinase  38.72 
 
 
582 aa  161  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.868472  normal  0.317682 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1956  sensor-kinase  38.35 
 
 
582 aa  159  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000433243 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0437  histidine kinase  25.85 
 
 
607 aa  159  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3104  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.67 
 
 
700 aa  158  3e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1114  putative diguanylate phosphodiesterase  45.14 
 
 
568 aa  158  3e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3250  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.99 
 
 
768 aa  158  3e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0636  ATPase domain-containing protein  34.78 
 
 
662 aa  157  7e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000455288 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3516  histidine kinase  25.85 
 
 
607 aa  157  7e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.295368  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0610  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.73 
 
 
626 aa  157  8e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2511  sensory box/GGDEF family protein  32.38 
 
 
873 aa  156  9e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.064044  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3696  histidine kinase  28.87 
 
 
592 aa  156  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1715  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.12 
 
 
749 aa  155  2e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2450  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.22 
 
 
700 aa  155  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3676  histidine kinase  34.17 
 
 
682 aa  155  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0133  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.44 
 
 
694 aa  155  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0479  histidine kinase  25.78 
 
 
603 aa  155  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0468  histidine kinase  25.78 
 
 
603 aa  154  4e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3861  histidine kinase  25.78 
 
 
603 aa  154  5e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2763  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.48 
 
 
751 aa  154  5e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.256566 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1144  signal transduction protein  40.57 
 
 
571 aa  154  5e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3725  oligo_U binding protein TBRGG1  29.1 
 
 
296 aa  154  5e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2151  Hpt sensor hybrid histidine kinase  28.98 
 
 
963 aa  154  5.9999999999999996e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.614764  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0452  histidine kinase  29.03 
 
 
603 aa  153  8e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4066  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.87 
 
 
613 aa  153  8e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>