More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1514 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_1514  diguanylate cyclase  100 
 
 		 385 aa  769    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0207  diguanylate cyclase  44.35 
 
 		 346 aa  196  6e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2208  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 311 aa  160  5e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.962254  normal  0.519349 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  39.83 
 
 		 591 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0719  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.78 
 
 		 307 aa  109  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.32 
 
 		 457 aa  108  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  38.85 
 
 		 234 aa  107  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3012  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.48 
 
 		 833 aa  107  5e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0593  diguanylate cyclase  36.71 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1868  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 301 aa  103  4e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0443  diguanylate cyclase  37.17 
 
 		 378 aa  103  4e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.56 
 
 		 353 aa  103  5e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4392  diguanylate cyclase  37.68 
 
 		 414 aa  103  6e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.361325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.26 
 
 		 958 aa  103  6e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  30.59 
 
 		 559 aa  102  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  34.74 
 
 		 321 aa  102  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3190  diguanylate cyclase  35.42 
 
 		 852 aa  102  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.43423  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 414 aa  101  2e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 638 aa  101  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1386  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 433 aa  100  3e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.904062  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  47.48 
 
 		 312 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  43.06 
 
 		 466 aa  99.8  6e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  35.6 
 
 		 457 aa  100  6e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5028  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.95 
 
 		 637 aa  99.4  9e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00518109  normal  0.939284 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4658  hypothetical protein  41.81 
 
 		 818 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142401  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 312 aa  99  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.06 
 
 		 457 aa  99  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53140  hypothetical protein  42.05 
 
 		 823 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  34.35 
 
 		 323 aa  98.2  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2538  GGDEF domain-containing protein  35 
 
 		 648 aa  98.2  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000110944  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36 
 
 		 675 aa  97.8  3e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  30.52 
 
 		 569 aa  97.8  3e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1410  diguanylate cyclase  29.92 
 
 		 497 aa  97.8  3e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0031  diguanylate cyclase  27.6 
 
 		 501 aa  97.4  4e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0530472  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  30.37 
 
 		 722 aa  97.1  5e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  37.32 
 
 		 453 aa  97.1  5e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  27.85 
 
 		 641 aa  96.7  5e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0416  hypothetical protein  37.1 
 
 		 356 aa  96.7  6e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  28.7 
 
 		 794 aa  96.7  6e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6208  diguanylate cyclase  36.18 
 
 		 467 aa  96.7  6e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.355403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  35.08 
 
 		 457 aa  96.7  6e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.6 
 
 		 1072 aa  96.7  6e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0440  hypothetical protein  37.1 
 
 		 356 aa  96.3  7e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3523  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 452 aa  96.7  7e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.65 
 
 		 698 aa  96.3  8e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1267  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  25.94 
 
 		 476 aa  96.3  8e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.413897 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3822  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.36 
 
 		 786 aa  96.3  8e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3353  GGDEF family protein  40.88 
 
 		 626 aa  96.3  8e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.374674  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 377 aa  96.3  9e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.48 
 
 		 968 aa  95.9  9e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  46.3 
 
 		 353 aa  95.9  9e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  34.55 
 
 		 457 aa  95.9  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  31.19 
 
 		 424 aa  95.5  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0142  metal dependent phosphohydrolase  36 
 
 		 545 aa  95.9  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000694732  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  34.92 
 
 		 732 aa  95.9  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.6 
 
 		 301 aa  95.9  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 621 aa  95.9  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  40.28 
 
 		 457 aa  95.9  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2451  putative diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 651 aa  95.5  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.20107  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.72 
 
 		 355 aa  95.9  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 452 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 452 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  36.36 
 
 		 342 aa  95.1  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  33.14 
 
 		 298 aa  95.1  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0168  GGDEF domain-containing protein  35.33 
 
 		 268 aa  95.5  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2307  mase1 domain family  35.94 
 
 		 998 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 452 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 476 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  32.81 
 
 		 452 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.73 
 
 		 628 aa  95.1  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 501 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1051  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 424 aa  95.5  2e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.81 
 
 		 312 aa  95.1  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  30.84 
 
 		 631 aa  94.7  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 476 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02671  predicted signal transduction protein containing a membrane domain, an EAL and a GGDEF domain  34.21 
 
 		 531 aa  95.1  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3373  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 505 aa  94.4  3e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 356 aa  94.7  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  29.95 
 
 		 172 aa  94.7  3e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  37.43 
 
 		 457 aa  94.4  3e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.91 
 
 		 312 aa  94.4  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  35.71 
 
 		 494 aa  94.7  3e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  43.15 
 
 		 758 aa  94.4  3e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  27.65 
 
 		 460 aa  94  4e-18  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  40 
 
 		 523 aa  94  4e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 487 aa  94  4e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  30.52 
 
 		 363 aa  94  4e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  40.28 
 
 		 457 aa  94  4e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3901  diguanylate cyclase  34.2 
 
 		 380 aa  94  4e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.288073  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 409 aa  94  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.54 
 
 		 519 aa  93.6  5e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1368  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.95 
 
 		 818 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.567434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  42.34 
 
 		 498 aa  93.6  6e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4280  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.73 
 
 		 796 aa  93.6  6e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 540 aa  93.6  6e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 610 aa  93.2  7e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  31.51 
 
 		 555 aa  93.2  7e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  29.1 
 
 		 456 aa  93.2  7e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  30.69 
 
 		 612 aa  93.2  7e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 525 aa  93.2  8e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>