More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2208 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_2208  diguanylate cyclase  100 
 
 		 311 aa  620  1e-177  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.962254  normal  0.519349 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1514  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 385 aa  190  2e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0207  diguanylate cyclase  37.26 
 
 		 346 aa  147  3e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.15 
 
 		 441 aa  115  6.9999999999999995e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1410  diguanylate cyclase  33.9 
 
 		 497 aa  111  1.0000000000000001e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  36.61 
 
 		 443 aa  108  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 532 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0593  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 316 aa  106  4e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3635  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.57 
 
 		 656 aa  106  5e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  35.86 
 
 		 298 aa  105  8e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 485 aa  105  8e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 485 aa  105  8e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 486 aa  105  9e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0939  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.66 
 
 		 438 aa  104  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 486 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 632 aa  103  3e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 486 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1898  diguanylate cyclase  34.85 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.693267 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 486 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0071  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.95 
 
 		 697 aa  103  4e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  30.23 
 
 		 363 aa  103  5e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0096  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 555 aa  102  6e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0267  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.94 
 
 		 500 aa  102  7e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0141639 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 485 aa  102  9e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  36.49 
 
 		 811 aa  101  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.64 
 
 		 1248 aa  102  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  39.64 
 
 		 485 aa  101  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  32.98 
 
 		 452 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  32.98 
 
 		 452 aa  100  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.49 
 
 		 564 aa  100  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  32.98 
 
 		 452 aa  100  3e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  32.98 
 
 		 476 aa  100  3e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  32.98 
 
 		 476 aa  100  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.48 
 
 		 800 aa  100  3e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  40.99 
 
 		 466 aa  100  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  32.98 
 
 		 452 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  29.74 
 
 		 415 aa  99.8  5e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 263 aa  100  5e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.31 
 
 		 328 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 366 aa  99.8  6e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3042  response regulator receiver protein  35.6 
 
 		 388 aa  99.8  6e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0351  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 374 aa  99.4  7e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2120  signaling protein  34.08 
 
 		 351 aa  99.4  8e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2884  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 316 aa  99  9e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000365079 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0581  GGDEF domain-containing protein  32.21 
 
 		 625 aa  98.6  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.916714  normal  0.0449396 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1136  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.87 
 
 		 799 aa  98.2  1e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.415908  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  35.76 
 
 		 526 aa  98.2  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  39.69 
 
 		 689 aa  98.2  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000161  GGDEF family protein  39.64 
 
 		 652 aa  97.8  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.46573  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0881  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 376 aa  97.8  2e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000228326  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5913  diguanylate cyclase  43.94 
 
 		 364 aa  97.8  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.44 
 
 		 818 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.455203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 321 aa  98.2  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0143  membrane associated GGDEF protein  36.69 
 
 		 482 aa  97.4  3e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.02 
 
 		 663 aa  97.4  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1267  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  32.45 
 
 		 476 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.413897 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3402  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.51 
 
 		 881 aa  97.4  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.144033  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.57 
 
 		 772 aa  97.1  4e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  38.86 
 
 		 563 aa  96.7  4e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  40 
 
 		 673 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2269  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.05 
 
 		 659 aa  96.7  4e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 237 aa  96.7  4e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0658  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 547 aa  96.3  5e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.89 
 
 		 818 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.260128  decreased coverage  0.0078854 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1761  sensory box protein/GGDEF family protein  39.89 
 
 		 973 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.869454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 486 aa  96.3  6e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05794  hypothetical protein  35.96 
 
 		 652 aa  96.3  6e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3867  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 700 aa  95.9  7e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.200227 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1982  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.3 
 
 		 676 aa  95.9  7e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0102834  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  36.05 
 
 		 355 aa  95.9  7e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  32.09 
 
 		 582 aa  95.9  8e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.89 
 
 		 878 aa  95.9  8e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0864607  normal  0.185142 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 527 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 661 aa  95.5  9e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  34.83 
 
 		 540 aa  95.5  9e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 409 aa  95.9  9e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4279  diguanylate phosphodiesterase  36.14 
 
 		 936 aa  95.5  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2580  GGDEF domain-containing protein  33.88 
 
 		 1774 aa  95.5  1e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.386865  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3988  two component response regulator  32.65 
 
 		 296 aa  95.5  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0028  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 434 aa  95.5  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 381 aa  95.5  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3486  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 449 aa  95.1  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.121522  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0831  diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 627 aa  95.1  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.36 
 
 		 355 aa  94.7  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 457 aa  94.4  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 457 aa  94.4  2e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4205  sensor diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 642 aa  94.4  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.952942 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.67 
 
 		 634 aa  94.7  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0715  diguanylate cyclase  32.92 
 
 		 516 aa  94.7  2e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  28.19 
 
 		 569 aa  94.7  2e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  37.36 
 
 		 457 aa  94.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 352 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  32.75 
 
 		 552 aa  94.4  2e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.21 
 
 		 738 aa  94.4  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 732 aa  94.7  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 530 aa  94.4  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4391  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 387 aa  94.4  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.37 
 
 		 342 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1528  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 321 aa  94.7  2e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3791  diguanylate cyclase  33.62 
 
 		 572 aa  94  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>