More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4391 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_4391  diguanylate cyclase  100 
 
 		 387 aa  764    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0749  diguanylate cyclase  78.21 
 
 		 432 aa  582  1.0000000000000001e-165  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0940532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2170  diguanylate cyclase  62.43 
 
 		 382 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2239  diguanylate cyclase  60.42 
 
 		 388 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.942581  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3663  GGDEF domain-containing protein  60.32 
 
 		 433 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.241866 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2066  diguanylate cyclase  60.58 
 
 		 419 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.484782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2240  diguanylate cyclase  60.36 
 
 		 388 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4392  diguanylate cyclase  43.85 
 
 		 414 aa  241  2e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.361325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4287  diguanylate cyclase  43.41 
 
 		 409 aa  204  2e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0539284  normal  0.0529448 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3919  diguanylate cyclase  43.15 
 
 		 406 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.556135 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5469  GGDEF  30.36 
 
 		 419 aa  136  5e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6750  diguanylate cyclase  31.93 
 
 		 370 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.795735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  32.74 
 
 		 385 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2233  diguanylate cyclase  30 
 
 		 390 aa  128  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.878292 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  31.9 
 
 		 415 aa  125  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2441  diguanylate cyclase  31.52 
 
 		 403 aa  124  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.933088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5670  diguanylate cyclase  30.3 
 
 		 393 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.598919 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2736  diguanylate cyclase  32.65 
 
 		 405 aa  122  9e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.428022 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2513  diguanylate cyclase  32.91 
 
 		 405 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0645209 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 385 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0532  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.69 
 
 		 814 aa  121  3e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.202889  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.51 
 
 		 531 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.31 
 
 		 728 aa  117  3e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 373 aa  116  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 539 aa  116  6e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5530  diguanylate cyclase  31.31 
 
 		 384 aa  116  7.999999999999999e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0865314  normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 237 aa  116  8.999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.95 
 
 		 505 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.21 
 
 		 708 aa  115  1.0000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245048  normal  0.0798721 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4161  diguanylate cyclase  32.12 
 
 		 366 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.61051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.63 
 
 		 832 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  37.95 
 
 		 422 aa  115  2.0000000000000002e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 386 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  35.85 
 
 		 345 aa  114  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 357 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  28.07 
 
 		 413 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.04 
 
 		 710 aa  113  5e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 417 aa  113  6e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  34.91 
 
 		 368 aa  113  6e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1998  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 391 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0959773 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 532 aa  112  8.000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 340 aa  112  9e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 375 aa  112  9e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1366  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.11 
 
 		 738 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 582 aa  112  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  30.47 
 
 		 391 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  30.47 
 
 		 391 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  29.64 
 
 		 409 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 417 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  39.08 
 
 		 756 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1246  diguanylate cyclase  27.27 
 
 		 440 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.92 
 
 		 355 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  41.46 
 
 		 375 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 339 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 519 aa  111  3e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  36.52 
 
 		 1209 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0235394 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0547  sensory box protein  38.59 
 
 		 1214 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.428302  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  36.52 
 
 		 1228 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  39.6 
 
 		 501 aa  110  5e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  27.95 
 
 		 384 aa  110  5e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  37.19 
 
 		 470 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  36.52 
 
 		 1209 aa  110  5e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0542  diguanylate cyclase  32.29 
 
 		 285 aa  110  6e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3225  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 599 aa  110  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  41.21 
 
 		 763 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  28.96 
 
 		 569 aa  109  7.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1021  diguanylate cyclase  33.86 
 
 		 300 aa  109  7.000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000548579  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1410  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 497 aa  109  7.000000000000001e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  41.21 
 
 		 375 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4114  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.01 
 
 		 692 aa  109  9.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.352586 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 452 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  29.64 
 
 		 384 aa  108  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  31.47 
 
 		 508 aa  108  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 452 aa  108  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1985  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.85 
 
 		 639 aa  108  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.267533  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  34.15 
 
 		 452 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3856  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  36.26 
 
 		 1216 aa  108  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1898  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.693267 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  35.76 
 
 		 424 aa  108  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0023  diguanylate cyclase  36.16 
 
 		 584 aa  109  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0108472 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 452 aa  108  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  37.04 
 
 		 477 aa  108  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 476 aa  108  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  35.94 
 
 		 425 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 377 aa  108  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  31.43 
 
 		 403 aa  108  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 476 aa  108  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 517 aa  108  2e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0406  periplasmic sensor diguanylate cyclase (GGDEF)  35.05 
 
 		 347 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  34.29 
 
 		 385 aa  107  3e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2060  diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 359 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.26 
 
 		 752 aa  107  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.245361  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2448  sensory box protein  38.37 
 
 		 1036 aa  107  3e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  40.3 
 
 		 496 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2729  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40 
 
 		 543 aa  107  3e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.544436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  32.45 
 
 		 577 aa  107  3e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8066  hypothetical protein  39.55 
 
 		 314 aa  107  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0556463  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0289  diguanylate cyclase  34.41 
 
 		 389 aa  107  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  40.34 
 
 		 509 aa  107  4e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 532 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>