More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2066 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3663  GGDEF domain-containing protein  97.58 
 
 		 433 aa  779    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.241866 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2239  diguanylate cyclase  93.81 
 
 		 388 aa  696    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.942581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2066  diguanylate cyclase  100 
 
 		 419 aa  838    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.484782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2240  diguanylate cyclase  88.48 
 
 		 388 aa  596  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2170  diguanylate cyclase  76.96 
 
 		 382 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0749  diguanylate cyclase  60 
 
 		 432 aa  445  1.0000000000000001e-124  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0940532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4391  diguanylate cyclase  60.58 
 
 		 387 aa  423  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4392  diguanylate cyclase  46.77 
 
 		 414 aa  267  2e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.361325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4287  diguanylate cyclase  45.79 
 
 		 409 aa  248  1e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0539284  normal  0.0529448 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3919  diguanylate cyclase  45 
 
 		 406 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.556135 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.78 
 
 		 1021 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0142  metal dependent phosphohydrolase  33.33 
 
 		 545 aa  121  3e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000694732  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  29.25 
 
 		 415 aa  120  3.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  36.61 
 
 		 321 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2550  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.27 
 
 		 412 aa  117  5e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.665651  normal  0.63887 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5658  putative diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 395 aa  117  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0922182 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  29.72 
 
 		 384 aa  116  6e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.19 
 
 		 832 aa  116  7.999999999999999e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase domain 2  33.86 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.175883  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 391 aa  113  5e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 391 aa  113  5e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  31.16 
 
 		 323 aa  112  9e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  29.87 
 
 		 386 aa  112  9e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2010  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 351 aa  112  1.0000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379687  normal  0.0370672 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1042  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.69 
 
 		 1059 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.192885 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1484  diguanylate cyclase  34.5 
 
 		 615 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 377 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  28.49 
 
 		 385 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2893  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.46 
 
 		 1114 aa  110  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1366  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.33 
 
 		 738 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0674  sensory box protein  35.86 
 
 		 788 aa  110  7.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3563  diguanylate cyclase  27.11 
 
 		 386 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178663  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.16 
 
 		 319 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  33.52 
 
 		 493 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5670  diguanylate cyclase  28.9 
 
 		 393 aa  108  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.598919 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5530  diguanylate cyclase  30.53 
 
 		 384 aa  108  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0865314  normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  38.85 
 
 		 375 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  36.56 
 
 		 1228 aa  108  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0003  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.71 
 
 		 669 aa  107  3e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3218  diguanylate cyclase  27.2 
 
 		 386 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.317388 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1898  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.693267 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0568  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 586 aa  107  4e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0542  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 285 aa  107  5e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  26.29 
 
 		 405 aa  107  5e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0082  GGDEF domain-containing protein  38.8 
 
 		 817 aa  107  6e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.586975 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.47 
 
 		 531 aa  106  6e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.59 
 
 		 416 aa  106  7e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  34.31 
 
 		 362 aa  106  7e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0021  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.11 
 
 		 1225 aa  106  7e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363406  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  34.74 
 
 		 608 aa  106  8e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  31.77 
 
 		 495 aa  106  9e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1021  diguanylate cyclase  31.22 
 
 		 300 aa  106  9e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000548579  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  36.52 
 
 		 498 aa  106  9e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.72 
 
 		 756 aa  105  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  29 
 
 		 569 aa  105  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.13 
 
 		 738 aa  105  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.73 
 
 		 668 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.02 
 
 		 722 aa  105  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1246  diguanylate cyclase  28.27 
 
 		 440 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1368  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.16 
 
 		 818 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.567434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0202  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.17 
 
 		 1054 aa  105  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  28.5 
 
 		 395 aa  105  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0207  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.04 
 
 		 536 aa  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.155784  normal  0.372054 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  36.02 
 
 		 1209 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  37.89 
 
 		 375 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1761  sensory box protein/GGDEF family protein  33.79 
 
 		 973 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.869454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.73 
 
 		 668 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 340 aa  105  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1366  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.95 
 
 		 329 aa  105  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  32.97 
 
 		 493 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0532  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.45 
 
 		 814 aa  105  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.202889  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.79 
 
 		 818 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.260128  decreased coverage  0.0078854 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.72 
 
 		 740 aa  105  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3468  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.16 
 
 		 745 aa  105  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0436703 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  27.86 
 
 		 385 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.67 
 
 		 587 aa  105  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0242812 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  36.02 
 
 		 1209 aa  105  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0235394 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  28.5 
 
 		 395 aa  104  3e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  34.2 
 
 		 418 aa  104  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.73 
 
 		 675 aa  104  3e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1668  GGDEF domain-containing protein  33.52 
 
 		 356 aa  104  3e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.79 
 
 		 1466 aa  104  3e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.42 
 
 		 458 aa  104  3e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0138  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.62 
 
 		 1338 aa  104  3e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4161  diguanylate cyclase  33.5 
 
 		 366 aa  104  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.61051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4348  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  35.83 
 
 		 1215 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2179  diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 477 aa  103  4e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000210421  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  35.33 
 
 		 431 aa  103  4e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0443  diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 378 aa  103  4e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  29.89 
 
 		 510 aa  103  5e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3306  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.2 
 
 		 883 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.660449  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  34.52 
 
 		 799 aa  103  5e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3295  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.46 
 
 		 810 aa  103  5e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2538  GGDEF domain-containing protein  32.08 
 
 		 648 aa  103  5e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000110944  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.1 
 
 		 689 aa  103  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  35.29 
 
 		 1215 aa  103  5e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4216  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  35.29 
 
 		 1215 aa  103  5e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3638  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 378 aa  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.882001  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 519 aa  103  7e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3509  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 384 aa  103  7e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.604082  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>