More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2240 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2240  diguanylate cyclase  100 
 
 		 388 aa  759    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3663  GGDEF domain-containing protein  87.96 
 
 		 433 aa  648    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.241866 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2239  diguanylate cyclase  88.45 
 
 		 388 aa  650    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.942581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2066  diguanylate cyclase  88.48 
 
 		 419 aa  653    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.484782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2170  diguanylate cyclase  77.89 
 
 		 382 aa  543  1e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0749  diguanylate cyclase  62.83 
 
 		 432 aa  440  9.999999999999999e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0940532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4391  diguanylate cyclase  60.36 
 
 		 387 aa  422  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4392  diguanylate cyclase  47.42 
 
 		 414 aa  269  5e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.361325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3919  diguanylate cyclase  45.43 
 
 		 406 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.556135 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4287  diguanylate cyclase  45.69 
 
 		 409 aa  245  9e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0539284  normal  0.0529448 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0142  metal dependent phosphohydrolase  35.12 
 
 		 545 aa  123  5e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000694732  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.89 
 
 		 1021 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5658  putative diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 395 aa  119  7e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0922182 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  30.17 
 
 		 384 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2010  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 351 aa  118  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379687  normal  0.0370672 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  28.45 
 
 		 385 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  41.1 
 
 		 375 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  30.11 
 
 		 415 aa  117  3.9999999999999997e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  41.51 
 
 		 375 aa  116  6e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase domain 2  30.86 
 
 		 320 aa  116  6e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.175883  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 391 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 391 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0082  GGDEF domain-containing protein  39.69 
 
 		 817 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.586975 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 519 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.18 
 
 		 832 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2893  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.73 
 
 		 1114 aa  113  5e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 377 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2729  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.23 
 
 		 543 aa  110  3e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.544436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.37 
 
 		 505 aa  110  3e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  30.47 
 
 		 368 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5530  diguanylate cyclase  30.1 
 
 		 384 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0865314  normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  34.7 
 
 		 386 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0003  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.31 
 
 		 669 aa  110  5e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  37.21 
 
 		 1228 aa  110  6e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1484  diguanylate cyclase  34.94 
 
 		 615 aa  109  7.000000000000001e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0190  cyclic nucleotide-binding protein  39.64 
 
 		 346 aa  109  8.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0274907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1366  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.22 
 
 		 738 aa  109  8.000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0021  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.31 
 
 		 1225 aa  109  9.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363406  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2846  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  34.98 
 
 		 1043 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.698632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  37.14 
 
 		 1215 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4348  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  37.14 
 
 		 1215 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2229  GGDEF domain protein  36.63 
 
 		 398 aa  108  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.728282  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2550  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.42 
 
 		 412 aa  108  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.665651  normal  0.63887 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4216  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  37.14 
 
 		 1215 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1368  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.36 
 
 		 818 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.567434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  36.81 
 
 		 418 aa  107  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.65 
 
 		 698 aa  107  3e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.771152 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.65 
 
 		 979 aa  107  3e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5670  diguanylate cyclase  27.78 
 
 		 393 aa  107  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.598919 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 362 aa  107  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 		 493 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  28.06 
 
 		 385 aa  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  36.63 
 
 		 1209 aa  107  4e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  30.47 
 
 		 395 aa  107  4e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  39.29 
 
 		 385 aa  106  5e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  36.65 
 
 		 425 aa  107  5e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  30.52 
 
 		 323 aa  106  5e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0568  diguanylate cyclase  36.56 
 
 		 586 aa  107  5e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  36.63 
 
 		 1209 aa  107  5e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0235394 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 375 aa  107  5e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0674  sensory box protein  35.35 
 
 		 788 aa  106  6e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3655  PAS:GGDEF  36.19 
 
 		 820 aa  106  6e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.979803  normal  0.755172 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0758  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 340 aa  106  7e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1144  signal transduction protein  38.32 
 
 		 571 aa  106  7e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0542  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 285 aa  106  8e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  37.13 
 
 		 431 aa  106  8e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  30.47 
 
 		 395 aa  105  9e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1898  diguanylate cyclase  32.52 
 
 		 300 aa  106  9e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.693267 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3468  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.36 
 
 		 745 aa  106  9e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0436703 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1761  sensory box protein/GGDEF family protein  34.55 
 
 		 973 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.869454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.72 
 
 		 675 aa  105  1e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.96 
 
 		 416 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 582 aa  105  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 498 aa  105  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3225  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 599 aa  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.07 
 
 		 1050 aa  105  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251418  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.55 
 
 		 818 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.260128  decreased coverage  0.0078854 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0532  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.95 
 
 		 814 aa  105  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.202889  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1504  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.62 
 
 		 944 aa  104  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.628866  normal  0.0653987 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1042  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.69 
 
 		 1059 aa  105  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.192885 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4161  diguanylate cyclase  33.67 
 
 		 366 aa  104  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.61051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 569 aa  105  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05442  hypothetical protein  37.95 
 
 		 539 aa  104  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 340 aa  105  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1668  GGDEF domain-containing protein  32.6 
 
 		 356 aa  105  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0116  diguanylate cyclase  32.8 
 
 		 382 aa  105  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.378777  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3196  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.92 
 
 		 338 aa  105  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.71 
 
 		 531 aa  104  3e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.35 
 
 		 710 aa  104  3e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 569 aa  104  3e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 493 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1366  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.18 
 
 		 329 aa  104  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 794 aa  104  3e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6048  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 506 aa  104  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.423069 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  35.79 
 
 		 608 aa  104  3e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3191  diguanylate cyclase  30.62 
 
 		 646 aa  104  3e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000281048  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0773  diguanylate cyclase  30.62 
 
 		 646 aa  104  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000965334  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1246  diguanylate cyclase  28.27 
 
 		 440 aa  103  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>