More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2229 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2229  GGDEF domain protein  100 
 
 		 398 aa  813    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.728282  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4068  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 390 aa  249  6e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.695681 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3774  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 395 aa  249  8e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.121242  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4029  diguanylate cyclase  37.53 
 
 		 390 aa  241  2e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.36488  normal  0.88934 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1004  GGDEF domain protein  34.47 
 
 		 413 aa  211  2e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.368177  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0870  GGDEF  34.21 
 
 		 397 aa  206  7e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.534122 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 410 aa  162  1e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40570  putative two-component response regulator  30.02 
 
 		 401 aa  135  9e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  38.81 
 
 		 553 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2473  diguanylate cyclase  30.81 
 
 		 415 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.172353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2195  diguanylate cyclase  30.56 
 
 		 415 aa  134  3e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 534 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  43.39 
 
 		 422 aa  130  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3441  hypothetical protein  28.88 
 
 		 401 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 455 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 339 aa  130  6e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  44.64 
 
 		 1637 aa  129  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 498 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.35 
 
 		 843 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 512 aa  128  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.59 
 
 		 312 aa  128  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  39.71 
 
 		 488 aa  127  3e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3991  diguanylate cyclase  44.26 
 
 		 505 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  41.71 
 
 		 512 aa  125  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4104  diguanylate cyclase  44.26 
 
 		 505 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4177  diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 347 aa  124  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 		 628 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  43.27 
 
 		 987 aa  124  4e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4825  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 435 aa  123  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.741722  normal  0.390136 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  41.52 
 
 		 546 aa  123  6e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 308 aa  123  7e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 385 aa  123  7e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  41.14 
 
 		 649 aa  123  7e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 385 aa  122  8e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4314  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 379 aa  122  8e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.68 
 
 		 352 aa  122  8e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2147  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.83 
 
 		 410 aa  122  9.999999999999999e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 395 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 385 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.39 
 
 		 841 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5323  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 422 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.666672  normal  0.745062 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 395 aa  120  3e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5143  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.99 
 
 		 643 aa  121  3e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.248831  normal  0.87155 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.38 
 
 		 890 aa  120  3e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1051  diguanylate cyclase  36.17 
 
 		 424 aa  120  3e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  40.4 
 
 		 414 aa  120  3e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 646 aa  120  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.38 
 
 		 890 aa  120  3e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 510 aa  120  3.9999999999999996e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6264  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 502 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.291677  normal  0.150603 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6431  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 502 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6666  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 502 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  38.79 
 
 		 836 aa  120  6e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2178  diguanylate cyclase  30.81 
 
 		 406 aa  120  6e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.988519 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 638 aa  119  7e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 353 aa  119  7e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 516 aa  119  7e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4680  diguanylate cyclase  39.71 
 
 		 405 aa  119  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  37.86 
 
 		 516 aa  119  9e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 372 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 634 aa  119  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.8 
 
 		 357 aa  119  9.999999999999999e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  37.58 
 
 		 792 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1471  diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 439 aa  118  1.9999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1169  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.37 
 
 		 596 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0126253 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6345  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 506 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 503 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 471 aa  118  1.9999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 380 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 303 aa  117  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2158  diguanylate cyclase  30.02 
 
 		 417 aa  117  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.3144  normal  0.735889 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3824  diguanylate cyclase  37.39 
 
 		 659 aa  117  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6048  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 506 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.423069 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  44.38 
 
 		 528 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3354  diguanylate cyclase  30.15 
 
 		 667 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  39.18 
 
 		 1034 aa  116  5e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.66 
 
 		 667 aa  117  5e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 492 aa  117  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 492 aa  116  5e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 540 aa  117  5e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 571 aa  116  5e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 363 aa  116  6e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.7 
 
 		 636 aa  116  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2101  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  38.01 
 
 		 849 aa  116  6e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3991  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 396 aa  116  6e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0225  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.68 
 
 		 325 aa  116  6e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 508 aa  116  6e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  40.37 
 
 		 334 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 316 aa  116  6.9999999999999995e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 357 aa  116  6.9999999999999995e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 313 aa  116  7.999999999999999e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 492 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 469 aa  116  7.999999999999999e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 492 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 492 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 337 aa  116  8.999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 359 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 510 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3310  diguanylate cyclase  29.08 
 
 		 396 aa  115  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4642  serine/threonine protein kinase  31.87 
 
 		 1629 aa  115  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>