More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_0870 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1004  GGDEF domain protein  79.7 
 
 		 413 aa  645    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.368177  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0870  GGDEF  100 
 
 		 397 aa  810    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.534122 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4068  diguanylate cyclase  34.56 
 
 		 390 aa  206  5e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.695681 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3774  diguanylate cyclase  34.56 
 
 		 395 aa  206  5e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.121242  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2229  GGDEF domain protein  34.21 
 
 		 398 aa  206  7e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.728282  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4029  diguanylate cyclase  33.85 
 
 		 390 aa  204  2e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.36488  normal  0.88934 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  33.42 
 
 		 410 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.32 
 
 		 665 aa  146  6e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2158  diguanylate cyclase  30.65 
 
 		 417 aa  138  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.3144  normal  0.735889 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2195  diguanylate cyclase  30.02 
 
 		 415 aa  137  5e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 422 aa  136  5e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2473  diguanylate cyclase  29.53 
 
 		 415 aa  134  3e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.172353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  35 
 
 		 346 aa  133  6e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.79 
 
 		 843 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2842  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.77 
 
 		 661 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.947946 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 308 aa  129  7.000000000000001e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 339 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1419  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 581 aa  127  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.337287  normal  0.697858 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  40 
 
 		 546 aa  127  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  39.29 
 
 		 344 aa  127  5e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 465 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  42.86 
 
 		 1637 aa  125  1e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0225  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.79 
 
 		 325 aa  125  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3384  diguanylate cyclase  43.78 
 
 		 481 aa  125  2e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32659  normal  0.816188 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 622 aa  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0546  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 499 aa  123  7e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0533  diguanylate cyclase  39.46 
 
 		 480 aa  122  9e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3354  diguanylate cyclase  31.07 
 
 		 667 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 304 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.52 
 
 		 664 aa  122  9.999999999999999e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.07 
 
 		 667 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6048  diguanylate cyclase  44.15 
 
 		 506 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.423069 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  40.86 
 
 		 488 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6345  diguanylate cyclase  44.15 
 
 		 506 aa  121  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1716  diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 349 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839353 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4314  diguanylate cyclase  39.79 
 
 		 379 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5323  diguanylate cyclase  32.58 
 
 		 422 aa  119  7e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.666672  normal  0.745062 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5143  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.21 
 
 		 643 aa  119  7.999999999999999e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.248831  normal  0.87155 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3624  diguanylate cyclase  33.86 
 
 		 341 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.112804  normal  0.505096 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2178  diguanylate cyclase  27.78 
 
 		 406 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.988519 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  40.87 
 
 		 474 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 344 aa  119  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 469 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 522 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 340 aa  118  1.9999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  41.26 
 
 		 1636 aa  118  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 340 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  32.44 
 
 		 538 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 534 aa  118  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4680  diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 405 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0116  diguanylate cyclase  36.68 
 
 		 398 aa  117  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.864855  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 340 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 340 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5514  diguanylate cyclase  40.66 
 
 		 493 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333875  normal  0.197216 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5179  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 504 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.466605 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3360  diguanylate cyclase  28.01 
 
 		 392 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441275  normal  0.662685 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 591 aa  117  5e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 405 aa  116  5e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  40 
 
 		 649 aa  116  6e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 319 aa  116  7.999999999999999e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  40.38 
 
 		 508 aa  116  7.999999999999999e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 372 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 455 aa  116  7.999999999999999e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 578 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4825  diguanylate cyclase  27.64 
 
 		 435 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.741722  normal  0.390136 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3334  GGDEF family protein  37.1 
 
 		 574 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  42.2 
 
 		 528 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  41.18 
 
 		 734 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 578 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2123  diguanylate cyclase  40 
 
 		 635 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00833547 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 578 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  39.31 
 
 		 317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1161  diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 440 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0876222  normal  0.647833 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.32 
 
 		 960 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 498 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.65 
 
 		 434 aa  115  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 462 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 462 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.15 
 
 		 612 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  37.5 
 
 		 320 aa  114  3e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  41.71 
 
 		 555 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 457 aa  114  3e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  41.58 
 
 		 1643 aa  114  3e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 312 aa  114  3e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1758  diguanylate cyclase with Chase2 sensor  38.6 
 
 		 583 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.621597 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 460 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1597  GGDEF family protein  29.5 
 
 		 674 aa  114  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0570489  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 345 aa  114  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.43 
 
 		 558 aa  114  4.0000000000000004e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  33.19 
 
 		 536 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.34 
 
 		 564 aa  114  4.0000000000000004e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0715  diguanylate cyclase  32.78 
 
 		 516 aa  114  4.0000000000000004e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 466 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1813  diguanylate cyclase  33.94 
 
 		 386 aa  113  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.730077 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0754  diguanylate cyclase  34.73 
 
 		 350 aa  113  5e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1532  diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 581 aa  113  6e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.131912 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  37.36 
 
 		 335 aa  113  6e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>