More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_0190 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_0190  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 		 346 aa  703    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0274907  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1051  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 350 aa  112  7.000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0154093  normal  0.979636 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2240  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 388 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.81 
 
 		 594 aa  108  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.29 
 
 		 322 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.59 
 
 		 355 aa  106  5e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  41.56 
 
 		 377 aa  105  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  39.06 
 
 		 457 aa  105  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2725  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  28.35 
 
 		 322 aa  104  2e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.792666  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  38.46 
 
 		 457 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 351 aa  104  3e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4391  diguanylate cyclase  42.76 
 
 		 387 aa  103  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  35.18 
 
 		 638 aa  103  5e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.13 
 
 		 531 aa  103  5e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  36.84 
 
 		 455 aa  103  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  36.74 
 
 		 457 aa  102  9e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3994  GGDEF  38.73 
 
 		 297 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000430397  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0749  diguanylate cyclase  41.06 
 
 		 432 aa  102  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0940532  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  38.01 
 
 		 333 aa  101  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0928  GGDEF domain-containing protein  37.61 
 
 		 317 aa  101  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  38.46 
 
 		 565 aa  101  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0996  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.02 
 
 		 829 aa  101  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.846195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.29 
 
 		 848 aa  101  2e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.63 
 
 		 793 aa  101  2e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  28.38 
 
 		 312 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 323 aa  101  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 446 aa  101  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  37.72 
 
 		 457 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  35.79 
 
 		 457 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  38.69 
 
 		 457 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  37.87 
 
 		 273 aa  99.8  6e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 308 aa  99.8  6e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 340 aa  99.8  6e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  39.88 
 
 		 457 aa  99.8  6e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3663  GGDEF domain-containing protein  37.28 
 
 		 433 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.241866 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 472 aa  99.8  7e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2239  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 388 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.942581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2066  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 419 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.484782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3308  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 476 aa  98.6  1e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 493 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3488  diguanylate cyclase  33.19 
 
 		 302 aa  98.6  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.464189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2731  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 714 aa  99  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1813  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 542 aa  98.6  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 381 aa  98.6  2e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0716  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.07 
 
 		 801 aa  97.8  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.317239  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  41.29 
 
 		 609 aa  98.6  2e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  41.29 
 
 		 709 aa  98.2  2e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 375 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 454 aa  98.6  2e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2170  diguanylate cyclase  36.47 
 
 		 382 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 493 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  42.14 
 
 		 375 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  42.14 
 
 		 375 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 485 aa  98.2  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  37.93 
 
 		 493 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1148  diguanylate cyclase  34.74 
 
 		 634 aa  97.4  3e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0203006  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.01 
 
 		 668 aa  97.4  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.95 
 
 		 708 aa  97.4  3e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245048  normal  0.0798721 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  33.81 
 
 		 401 aa  97.8  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2010  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.03 
 
 		 574 aa  97.8  3e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 357 aa  97.4  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3110  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.18 
 
 		 347 aa  97.1  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00186939  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  39.29 
 
 		 533 aa  97.1  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 501 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5060  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.59 
 
 		 838 aa  97.1  4e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  38.79 
 
 		 319 aa  97.1  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3597  diguanylate cyclase  31.28 
 
 		 302 aa  97.1  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 506 aa  97.1  4e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0645  diguanylate cyclase  31.28 
 
 		 302 aa  97.1  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.67 
 
 		 710 aa  96.7  5e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  36.06 
 
 		 625 aa  96.7  5e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.01 
 
 		 668 aa  96.7  5e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.36 
 
 		 864 aa  96.7  6e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3663  diguanylate cyclase  31.28 
 
 		 302 aa  96.7  6e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  34.33 
 
 		 631 aa  96.7  6e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.13 
 
 		 722 aa  96.3  7e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0633  diguanylate cyclase  33.19 
 
 		 302 aa  96.3  7e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.4362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  36.99 
 
 		 634 aa  95.9  8e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2003  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.84 
 
 		 770 aa  95.9  8e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000215856  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3648  formamidopyrimidine-DNA glycolase  34.2 
 
 		 435 aa  95.9  8e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  34.5 
 
 		 342 aa  96.3  8e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  38.1 
 
 		 461 aa  95.9  9e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3786  diguanylate cyclase  31.28 
 
 		 302 aa  95.9  9e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0429  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.89 
 
 		 1487 aa  95.5  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.89086 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.8 
 
 		 512 aa  95.1  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  37.64 
 
 		 362 aa  95.5  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 305 aa  95.5  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1787  hypothetical protein  42.86 
 
 		 381 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  37.13 
 
 		 457 aa  95.9  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.69 
 
 		 469 aa  95.5  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2805  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 236 aa  95.5  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.726204  normal  0.387546 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  40.38 
 
 		 649 aa  95.5  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 610 aa  95.5  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  34.94 
 
 		 278 aa  95.9  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0431  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.89 
 
 		 1494 aa  95.9  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0710833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3320  diguanylate cyclase  33.19 
 
 		 302 aa  95.5  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.89 
 
 		 1466 aa  95.9  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.872186 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  32.21 
 
 		 319 aa  94.4  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 459 aa  94.7  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 362 aa  95.1  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>