More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2170 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2170  diguanylate cyclase  100 
 
 		 382 aa  754    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3663  GGDEF domain-containing protein  77.37 
 
 		 433 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.241866 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2239  diguanylate cyclase  77.11 
 
 		 388 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.942581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2066  diguanylate cyclase  76.96 
 
 		 419 aa  557  1e-157  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.484782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2240  diguanylate cyclase  77.49 
 
 		 388 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4391  diguanylate cyclase  62.43 
 
 		 387 aa  453  1.0000000000000001e-126  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0749  diguanylate cyclase  62.89 
 
 		 432 aa  449  1e-125  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0940532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4392  diguanylate cyclase  47.42 
 
 		 414 aa  281  2e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.361325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3919  diguanylate cyclase  46.58 
 
 		 406 aa  250  3e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.556135 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4287  diguanylate cyclase  46.72 
 
 		 409 aa  248  1e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0539284  normal  0.0529448 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5469  GGDEF  29.74 
 
 		 419 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6750  diguanylate cyclase  29.64 
 
 		 370 aa  125  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.795735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5530  diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 384 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0865314  normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.05 
 
 		 1021 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3655  PAS:GGDEF  37.9 
 
 		 820 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.979803  normal  0.755172 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  29.94 
 
 		 385 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1366  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.34 
 
 		 738 aa  120  3e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3225  diguanylate cyclase  36.4 
 
 		 599 aa  119  7e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  37.82 
 
 		 425 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0532  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.1 
 
 		 814 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.202889  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5658  putative diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 395 aa  116  6e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0922182 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5670  diguanylate cyclase  28.21 
 
 		 393 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.598919 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  36.98 
 
 		 418 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  40 
 
 		 377 aa  115  8.999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1737  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  37.5 
 
 		 818 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  29.66 
 
 		 385 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0142  metal dependent phosphohydrolase  33.18 
 
 		 545 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000694732  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 391 aa  114  3e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 391 aa  114  3e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1484  diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 615 aa  113  5e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 498 aa  113  5e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  39.02 
 
 		 375 aa  113  6e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5063  diguanylate cyclase  32.61 
 
 		 367 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3082  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  34.55 
 
 		 550 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000925788 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.95 
 
 		 675 aa  112  9e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3132  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.43 
 
 		 493 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 375 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  38.41 
 
 		 375 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1368  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.1 
 
 		 818 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.567434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0082  GGDEF domain-containing protein  41.94 
 
 		 817 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.586975 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  35.71 
 
 		 493 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3626  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.98 
 
 		 840 aa  111  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  34.02 
 
 		 410 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.57 
 
 		 505 aa  110  3e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2010  diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 351 aa  110  4.0000000000000004e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379687  normal  0.0370672 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  36.72 
 
 		 1228 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase domain 2  32.14 
 
 		 320 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.175883  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  33.5 
 
 		 362 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  30.8 
 
 		 411 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1985  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.44 
 
 		 639 aa  110  5e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.267533  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36 
 
 		 531 aa  110  5e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2729  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.66 
 
 		 543 aa  109  6e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.544436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0568  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 586 aa  110  6e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 368 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1923  diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 356 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0213654 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.93 
 
 		 668 aa  109  9.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  35.16 
 
 		 493 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 386 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1761  sensory box protein/GGDEF family protein  36.67 
 
 		 973 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.869454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3856  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  36.16 
 
 		 1216 aa  108  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.93 
 
 		 668 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 314 aa  108  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3218  diguanylate cyclase  32.58 
 
 		 386 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.317388 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0767  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.07 
 
 		 1278 aa  109  1e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.74653 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 457 aa  108  1e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05442  hypothetical protein  38.18 
 
 		 539 aa  109  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.02 
 
 		 818 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.260128  decreased coverage  0.0078854 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6345  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 506 aa  109  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  31.86 
 
 		 323 aa  108  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  31.06 
 
 		 411 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 522 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 172 aa  108  2e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  28.42 
 
 		 384 aa  108  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4178  response regulator receiver protein  40.72 
 
 		 1477 aa  108  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.450705 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1246  diguanylate cyclase  27.68 
 
 		 440 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0884  diguanylate cyclase  37.24 
 
 		 285 aa  107  3e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.576242  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  33.66 
 
 		 1037 aa  107  3e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  40.72 
 
 		 457 aa  107  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4428  diguanylate cyclase  31.54 
 
 		 383 aa  107  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.924554 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3251  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.54 
 
 		 732 aa  107  3e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.310798  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  35.59 
 
 		 1209 aa  107  3e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  32.88 
 
 		 373 aa  107  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.83 
 
 		 832 aa  107  4e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  35.5 
 
 		 431 aa  107  4e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4348  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  37.85 
 
 		 1215 aa  107  4e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2893  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.47 
 
 		 1114 aa  107  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3563  diguanylate cyclase  32.72 
 
 		 386 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178663  normal  0.195496 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 452 aa  106  5e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6048  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 506 aa  106  5e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.423069 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 476 aa  106  5e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 452 aa  107  5e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  33.7 
 
 		 495 aa  107  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 476 aa  106  5e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0147  membrane associated GGDEF protein  30.11 
 
 		 487 aa  107  5e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.317347  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3016  GGDEF domain-containing protein  33.67 
 
 		 385 aa  107  5e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0864603  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  35.5 
 
 		 452 aa  106  5e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  35.16 
 
 		 493 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 452 aa  106  6e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4216  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  37.85 
 
 		 1215 aa  106  6e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>