More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2513 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_2736  diguanylate cyclase  97.78 
 
 		 405 aa  764    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.428022 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2513  diguanylate cyclase  100 
 
 		 405 aa  796    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0645209 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2441  diguanylate cyclase  82.63 
 
 		 403 aa  635    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.933088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  55.73 
 
 		 384 aa  385  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  55 
 
 		 384 aa  363  3e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5530  diguanylate cyclase  52.79 
 
 		 384 aa  363  4e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0865314  normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4428  diguanylate cyclase  50.4 
 
 		 383 aa  292  7e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.924554 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  39.33 
 
 		 415 aa  202  7e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1910  GGDEF family protein  31.82 
 
 		 413 aa  201  1.9999999999999998e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.382207  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  32.13 
 
 		 411 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  34.01 
 
 		 411 aa  178  2e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  34.72 
 
 		 409 aa  171  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  32.75 
 
 		 385 aa  169  9e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  33.76 
 
 		 385 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1246  diguanylate cyclase  33.7 
 
 		 440 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  33.92 
 
 		 531 aa  159  6e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  32 
 
 		 411 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1337  diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 427 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.387993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  33.07 
 
 		 395 aa  152  1e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  33.08 
 
 		 395 aa  152  1e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  32.82 
 
 		 403 aa  152  1e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  34.13 
 
 		 373 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  31.14 
 
 		 409 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  29.95 
 
 		 413 aa  147  3e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  33.52 
 
 		 410 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5670  diguanylate cyclase  31.76 
 
 		 393 aa  143  6e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.598919 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  30.23 
 
 		 391 aa  142  9e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  30.23 
 
 		 391 aa  142  9e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  32.87 
 
 		 397 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  28.12 
 
 		 385 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  28.76 
 
 		 385 aa  141  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  43.59 
 
 		 401 aa  139  8.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  27.86 
 
 		 385 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  25.81 
 
 		 407 aa  134  3e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5469  GGDEF  29.95 
 
 		 419 aa  133  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4391  diguanylate cyclase  32.91 
 
 		 387 aa  132  7.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1695  GGDEF family protein  30.85 
 
 		 420 aa  132  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.037923  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  32.22 
 
 		 384 aa  132  1.0000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5646  diguanylate cyclase  29.34 
 
 		 399 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.515019  normal  0.418134 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  29.34 
 
 		 405 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  45.41 
 
 		 295 aa  128  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1100  diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 576 aa  126  6e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  43.07 
 
 		 474 aa  126  7e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0689  diguanylate cyclase  36.01 
 
 		 413 aa  125  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.427043  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  41.05 
 
 		 516 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6750  diguanylate cyclase  30.08 
 
 		 370 aa  124  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.795735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2233  diguanylate cyclase  30.75 
 
 		 390 aa  123  5e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.878292 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  43.07 
 
 		 508 aa  123  5e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  41.53 
 
 		 485 aa  123  6e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 317 aa  123  6e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  45.78 
 
 		 1774 aa  123  6e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  41.41 
 
 		 360 aa  122  9e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3859  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  36.87 
 
 		 631 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 417 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 492 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2147  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.02 
 
 		 410 aa  121  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  35.92 
 
 		 525 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0968  diguanylate cyclase  37.12 
 
 		 363 aa  120  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.326915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  32.1 
 
 		 417 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0749  diguanylate cyclase  32.47 
 
 		 432 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0940532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0532  diguanylate cyclase  27.95 
 
 		 400 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.457975  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000814  hypothetical protein  24.82 
 
 		 402 aa  119  7e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  31.36 
 
 		 380 aa  119  7e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 486 aa  119  7e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  36.41 
 
 		 525 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01318  predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein  39.13 
 
 		 410 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.536328  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1809  diguanylate cyclase  30.29 
 
 		 391 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.271583  hitchhiker  0.00508351 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01328  hypothetical protein  39.13 
 
 		 410 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.465042  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.2 
 
 		 424 aa  119  9e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.58 
 
 		 469 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 559 aa  119  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 628 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3991  diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 505 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4104  diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 505 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.340706 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2303  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.28 
 
 		 410 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.136359  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 485 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1781  sensory box-containing diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 430 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.900668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1989  sensory box-containing diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 430 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.641954 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 466 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 1037 aa  118  1.9999999999999998e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 466 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.24 
 
 		 1000 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6176  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 466 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1751  diguanylate cyclase  27.64 
 
 		 389 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123921  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1458  sensory box-containing diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 430 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1555  sensory box-containing diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 430 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 466 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1903  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 466 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 501 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 490 aa  117  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5204  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 466 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0140022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  47.2 
 
 		 398 aa  117  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0238873 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 485 aa  117  5e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  37.81 
 
 		 491 aa  117  5e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 485 aa  116  6e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1163  diguanylate cyclase  32.98 
 
 		 363 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.562644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1274  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 593 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 555 aa  116  6.9999999999999995e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2284  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.7 
 
 		 410 aa  116  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.629539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1586  sensory box-containing diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 430 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>