More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_1337 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_1337  diguanylate cyclase  100 
 
 		 427 aa  859    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.387993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1246  diguanylate cyclase  94.6 
 
 		 440 aa  768    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1695  GGDEF family protein  34.13 
 
 		 420 aa  231  2e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.037923  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2513  diguanylate cyclase  35.43 
 
 		 405 aa  166  8e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0645209 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1910  GGDEF family protein  32.25 
 
 		 413 aa  163  6e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.382207  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2736  diguanylate cyclase  34.29 
 
 		 405 aa  163  7e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.428022 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  34.53 
 
 		 384 aa  158  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2441  diguanylate cyclase  31.88 
 
 		 403 aa  151  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.933088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  30.99 
 
 		 391 aa  143  7e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  30.99 
 
 		 391 aa  143  7e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  32.15 
 
 		 385 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5530  diguanylate cyclase  31.15 
 
 		 384 aa  136  9e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0865314  normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  30.75 
 
 		 436 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  34.23 
 
 		 397 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3648  formamidopyrimidine-DNA glycolase  41.67 
 
 		 435 aa  130  7.000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  40 
 
 		 565 aa  129  8.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.68 
 
 		 578 aa  126  8.000000000000001e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  32.67 
 
 		 415 aa  126  8.000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1809  diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 391 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.271583  hitchhiker  0.00508351 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  32.39 
 
 		 395 aa  124  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  29.48 
 
 		 385 aa  124  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  32.11 
 
 		 395 aa  124  4e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 384 aa  124  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  41.42 
 
 		 462 aa  123  7e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  38.14 
 
 		 345 aa  123  8e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  43.92 
 
 		 409 aa  123  8e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  37.04 
 
 		 485 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  43.78 
 
 		 392 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4428  diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 383 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.924554 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  28.65 
 
 		 531 aa  122  9.999999999999999e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2390  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  43.59 
 
 		 600 aa  122  9.999999999999999e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 485 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 386 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.97 
 
 		 648 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.334588  normal  0.654105 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.97 
 
 		 665 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.162589 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  31.05 
 
 		 384 aa  121  1.9999999999999998e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0757  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 489 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.371772  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  29.02 
 
 		 387 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40.45 
 
 		 1000 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  26.14 
 
 		 405 aa  119  7e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.22 
 
 		 407 aa  119  7e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.21 
 
 		 326 aa  119  7e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3563  diguanylate cyclase  28.46 
 
 		 386 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178663  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1751  diguanylate cyclase  27.81 
 
 		 389 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123921  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  32.72 
 
 		 422 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  28.65 
 
 		 385 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 486 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  39.46 
 
 		 361 aa  117  3e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 317 aa  117  3e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 582 aa  117  3e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  27.49 
 
 		 403 aa  117  3e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 314 aa  117  3.9999999999999997e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.64 
 
 		 415 aa  117  3.9999999999999997e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 325 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  38.97 
 
 		 350 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  27.89 
 
 		 389 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 464 aa  117  5e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  40 
 
 		 261 aa  117  5e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 501 aa  117  5e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  28.65 
 
 		 385 aa  116  6e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.66 
 
 		 531 aa  116  6e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.1 
 
 		 550 aa  116  7.999999999999999e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  28.42 
 
 		 413 aa  116  8.999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4234  diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 539 aa  116  8.999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.256126 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  28.65 
 
 		 385 aa  116  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0131  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 392 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1419  diguanylate cyclase  36.05 
 
 		 581 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.337287  normal  0.697858 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  31.54 
 
 		 409 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0688  diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 363 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106369  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 281 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.39 
 
 		 345 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  40.59 
 
 		 555 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 408 aa  115  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4391  diguanylate cyclase  27.11 
 
 		 387 aa  115  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3910  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 537 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283041  normal  0.244259 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6750  diguanylate cyclase  31.23 
 
 		 370 aa  114  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.795735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1260  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.38 
 
 		 423 aa  114  3e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.11 
 
 		 827 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0968  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 363 aa  114  3e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.326915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3218  diguanylate cyclase  29.18 
 
 		 386 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.317388 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  40.85 
 
 		 461 aa  114  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 485 aa  114  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 295 aa  114  3e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0525  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 585 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 414 aa  114  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  39.05 
 
 		 565 aa  113  5e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3016  GGDEF domain-containing protein  38.33 
 
 		 385 aa  114  5e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0864603  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  40 
 
 		 1099 aa  113  5e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  40.11 
 
 		 411 aa  114  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 360 aa  113  6e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 357 aa  113  6e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20820  putative two-component response regulator  38.86 
 
 		 389 aa  113  6e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  41.07 
 
 		 528 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  39.52 
 
 		 273 aa  113  7.000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  29.13 
 
 		 388 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 574 aa  113  8.000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  43.12 
 
 		 311 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  38.2 
 
 		 320 aa  113  8.000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 532 aa  112  9e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0754  diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 350 aa  112  9e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>