More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_4428 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_4428  diguanylate cyclase  100 
 
 		 383 aa  733    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.924554 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  60.48 
 
 		 384 aa  422  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  65.22 
 
 		 384 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2441  diguanylate cyclase  50.67 
 
 		 403 aa  315  7e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.933088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2736  diguanylate cyclase  50.13 
 
 		 405 aa  312  7.999999999999999e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.428022 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2513  diguanylate cyclase  50.4 
 
 		 405 aa  311  1e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0645209 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5530  diguanylate cyclase  49.33 
 
 		 384 aa  303  4.0000000000000003e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0865314  normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 411 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  38.84 
 
 		 415 aa  177  3e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  37.04 
 
 		 411 aa  177  4e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 409 aa  172  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  35.58 
 
 		 411 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  34.54 
 
 		 385 aa  160  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1910  GGDEF family protein  31.15 
 
 		 413 aa  160  5e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.382207  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  34.79 
 
 		 385 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  30.68 
 
 		 385 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  33.87 
 
 		 403 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  30.59 
 
 		 385 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  30.38 
 
 		 385 aa  146  6e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 395 aa  144  2e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1246  diguanylate cyclase  33.86 
 
 		 440 aa  144  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 410 aa  143  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  33.61 
 
 		 395 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5670  diguanylate cyclase  33.25 
 
 		 393 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.598919 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  28.09 
 
 		 407 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  32.5 
 
 		 409 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  44.38 
 
 		 722 aa  132  7.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1337  diguanylate cyclase  33.07 
 
 		 427 aa  132  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.387993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  29.9 
 
 		 405 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  29.41 
 
 		 413 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.85 
 
 		 482 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6750  diguanylate cyclase  32.68 
 
 		 370 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.795735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  35.65 
 
 		 392 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  32.66 
 
 		 373 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  31.68 
 
 		 391 aa  126  6e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  31.68 
 
 		 391 aa  126  6e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  42.63 
 
 		 486 aa  126  7e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 623 aa  125  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5469  GGDEF  31.14 
 
 		 419 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  48.78 
 
 		 510 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 486 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 486 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 486 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 409 aa  124  4e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1938  diguanylate cyclase  47.22 
 
 		 391 aa  123  4e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  31.86 
 
 		 531 aa  123  4e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 486 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  32.24 
 
 		 380 aa  123  6e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  45.66 
 
 		 492 aa  122  7e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3509  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 384 aa  122  8e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.604082  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 753 aa  122  9e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0843  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 384 aa  122  9.999999999999999e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  46.54 
 
 		 464 aa  122  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3638  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 378 aa  122  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.882001  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 381 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 464 aa  121  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5646  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 399 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.515019  normal  0.418134 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 377 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  35.9 
 
 		 400 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2233  diguanylate cyclase  32.32 
 
 		 390 aa  120  3e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.878292 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  37.86 
 
 		 495 aa  120  3e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 357 aa  120  3e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  43.59 
 
 		 532 aa  120  3e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 354 aa  120  3e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  47.85 
 
 		 628 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.5 
 
 		 505 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  35.78 
 
 		 227 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 401 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 510 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  44.39 
 
 		 510 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  38.66 
 
 		 626 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1695  GGDEF family protein  30 
 
 		 420 aa  120  6e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.037923  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 510 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  44 
 
 		 417 aa  119  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 510 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  38.81 
 
 		 259 aa  119  6e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  44.58 
 
 		 301 aa  119  7e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2262  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 237 aa  119  7e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0475991  normal  0.424115 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  43.93 
 
 		 381 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 495 aa  119  9e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0532  diguanylate cyclase  32.32 
 
 		 400 aa  119  9e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.457975  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.27 
 
 		 438 aa  119  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 736 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 317 aa  118  9.999999999999999e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  43.15 
 
 		 510 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 220 aa  117  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 532 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1809  diguanylate cyclase  33.07 
 
 		 391 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.271583  hitchhiker  0.00508351 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  44.1 
 
 		 351 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0131  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 392 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0985  GGDEF family protein  31.06 
 
 		 392 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 359 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0265  diguanylate cyclase  32.66 
 
 		 456 aa  117  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1305  diguanylate cyclase  44.2 
 
 		 256 aa  117  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.67 
 
 		 345 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  46.34 
 
 		 493 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1491  diguanylate cyclase  52.11 
 
 		 562 aa  117  3.9999999999999997e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.430715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.2 
 
 		 792 aa  117  3.9999999999999997e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0968  diguanylate cyclase  44.02 
 
 		 363 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.326915  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2725  diguanylate cyclase  31.6 
 
 		 368 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.211672 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>