More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1100 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1100  diguanylate cyclase  100 
 
 		 576 aa  1187    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1244  GGDEF domain-containing protein  44.62 
 
 		 578 aa  482  1e-134  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.118436  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1274  diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 593 aa  403  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1413  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 587 aa  397  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.502195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1235  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 577 aa  383  1e-105  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  37.52 
 
 		 596 aa  381  1e-104  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2946  diguanylate cyclase  37.86 
 
 		 575 aa  376  1e-103  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1304  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 581 aa  379  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00414858  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2848  diguanylate cyclase  37.68 
 
 		 575 aa  372  1e-102  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2770  diguanylate cyclase  37.68 
 
 		 575 aa  372  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.207836  normal  0.331023 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1313  diguanylate cyclase  38.68 
 
 		 581 aa  366  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.386041  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1340  diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 581 aa  366  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3046  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 581 aa  368  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.860652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1289  diguanylate cyclase  35.95 
 
 		 595 aa  362  1e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2382  GGDEF family protein  36.55 
 
 		 649 aa  330  4e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0512687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1527  diguanylate cyclase  33.2 
 
 		 642 aa  243  6e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.086696  normal  0.0345548 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1526  diguanylate cyclase  31.67 
 
 		 622 aa  234  4.0000000000000004e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.480144  normal  0.0382354 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0809  GGDEF domain-containing protein  28.76 
 
 		 585 aa  171  4e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3000  diguanylate cyclase  27.2 
 
 		 585 aa  170  6e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0783  GGDEF domain-containing protein  27.61 
 
 		 592 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3571  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 610 aa  162  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0546  GGDEF domain-containing protein  31.01 
 
 		 589 aa  153  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0541  GGDEF domain-containing protein  26.04 
 
 		 613 aa  145  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 1099 aa  139  1e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0951  GGDEF domain-containing protein  27.23 
 
 		 694 aa  138  2e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.75473  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  37.44 
 
 		 485 aa  135  3e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.62 
 
 		 317 aa  135  3e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  42.33 
 
 		 311 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 321 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  37.38 
 
 		 495 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.83 
 
 		 313 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 612 aa  130  6e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  36.49 
 
 		 485 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.24 
 
 		 313 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.24 
 
 		 313 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 307 aa  130  8.000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 486 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 311 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 311 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 308 aa  128  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  41.72 
 
 		 311 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 311 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 635 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  41.72 
 
 		 311 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 308 aa  128  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 311 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 311 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  36.97 
 
 		 485 aa  127  5e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  36.49 
 
 		 485 aa  127  7e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  35.89 
 
 		 422 aa  126  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 324 aa  126  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.59 
 
 		 312 aa  126  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.37 
 
 		 827 aa  126  1e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 312 aa  126  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  38.79 
 
 		 949 aa  126  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  39.06 
 
 		 396 aa  126  1e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 574 aa  126  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 324 aa  126  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3191  diguanylate cyclase  26.73 
 
 		 646 aa  126  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000281048  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0773  diguanylate cyclase  26.73 
 
 		 646 aa  126  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000965334  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 459 aa  125  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.12 
 
 		 772 aa  125  2e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  42.07 
 
 		 1000 aa  125  2e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3192  diguanylate cyclase  27.7 
 
 		 627 aa  125  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 324 aa  125  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002693  putative GGDEF family protein  42.5 
 
 		 306 aa  125  3e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  41.21 
 
 		 721 aa  125  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 322 aa  125  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 492 aa  125  3e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 680 aa  124  4e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2736  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 405 aa  124  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.428022 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  42.59 
 
 		 467 aa  124  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  34.08 
 
 		 522 aa  124  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.52 
 
 		 326 aa  124  5e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.29 
 
 		 324 aa  124  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.29 
 
 		 312 aa  124  5e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001391  GGDEF domain protein  40.44 
 
 		 327 aa  124  7e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00410317  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 464 aa  123  7e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 574 aa  123  8e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.12 
 
 		 312 aa  123  8e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 494 aa  123  9e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 764 aa  123  9e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.79 
 
 		 464 aa  122  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 336 aa  123  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 764 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 764 aa  123  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  40.99 
 
 		 454 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 320 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  40.99 
 
 		 466 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 486 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 466 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  40.99 
 
 		 466 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  40.99 
 
 		 454 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 559 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 486 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 426 aa  122  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 466 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 632 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  40.99 
 
 		 466 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 486 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>