More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_000814 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013457  VEA_000814  hypothetical protein  100 
 
 
402 aa  827    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  30.23 
 
 
405 aa  185  1.0000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  26.46 
 
 
385 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  27.37 
 
 
385 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  30 
 
 
391 aa  138  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  30 
 
 
391 aa  138  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  29.28 
 
 
409 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  28.68 
 
 
407 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  26.02 
 
 
403 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  36.95 
 
 
615 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  28.57 
 
 
436 aa  127  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  39.16 
 
 
425 aa  125  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3308  diguanylate cyclase  41.28 
 
 
603 aa  124  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000660005  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  35.93 
 
 
373 aa  124  4e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2736  diguanylate cyclase  25.56 
 
 
405 aa  123  6e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.428022 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  32.09 
 
 
339 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  27.55 
 
 
373 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  24.48 
 
 
395 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  25 
 
 
395 aa  122  1.9999999999999998e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  38.01 
 
 
640 aa  121  1.9999999999999998e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2441  diguanylate cyclase  26.55 
 
 
403 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.933088  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  36.99 
 
 
364 aa  121  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  35.38 
 
 
493 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  35.38 
 
 
493 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  36.84 
 
 
353 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  36.13 
 
 
357 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  37.42 
 
 
418 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1484  diguanylate cyclase  37.85 
 
 
615 aa  119  9e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  43.67 
 
 
457 aa  119  9.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  37.42 
 
 
487 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  39.51 
 
 
498 aa  118  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  35.96 
 
 
476 aa  118  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3780  diguanylate cyclase  34.74 
 
 
361 aa  118  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  28.79 
 
 
387 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  34.52 
 
 
570 aa  117  3e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2513  diguanylate cyclase  24.82 
 
 
405 aa  117  3e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0645209 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4684  GGDEF domain-containing protein  35.33 
 
 
266 aa  117  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  36.9 
 
 
513 aa  117  3.9999999999999997e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4425  GGDEF family protein  35.33 
 
 
435 aa  117  5e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0112  diguanylate cyclase  31.72 
 
 
361 aa  116  5e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0231042 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  36.32 
 
 
490 aa  116  5e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  35.91 
 
 
603 aa  117  5e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  40.72 
 
 
466 aa  116  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  41.77 
 
 
457 aa  116  6e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  26.12 
 
 
531 aa  116  6.9999999999999995e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1377  diguanylate cyclase  37.14 
 
 
411 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  34.57 
 
 
398 aa  116  6.9999999999999995e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0238873 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0266  diguanylate cyclase  35.76 
 
 
1195 aa  116  7.999999999999999e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  28.37 
 
 
384 aa  116  7.999999999999999e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0284  diguanylate cyclase  28.53 
 
 
391 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.879349  unclonable  0.0000000000722624 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  27.03 
 
 
385 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  38.74 
 
 
609 aa  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  38.38 
 
 
709 aa  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  31.75 
 
 
477 aa  115  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  37.31 
 
 
517 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3737  diguanylate cyclase  28.53 
 
 
391 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.319757  hitchhiker  0.00976865 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  37.06 
 
 
350 aa  115  1.0000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  35.26 
 
 
491 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  33.51 
 
 
485 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  35.63 
 
 
390 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  36.21 
 
 
398 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.8 
 
 
463 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  40 
 
 
457 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  26.72 
 
 
384 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  38.61 
 
 
492 aa  114  3e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1946  diguanylate cyclase  37.21 
 
 
368 aa  114  3e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0707577  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3152  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
653 aa  114  3e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000175722  hitchhiker  0.00223393 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  36.81 
 
 
1826 aa  114  4.0000000000000004e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  37.29 
 
 
620 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  34.02 
 
 
485 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  38.29 
 
 
461 aa  113  5e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  25.61 
 
 
389 aa  113  5e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  35.84 
 
 
494 aa  113  6e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  40.51 
 
 
457 aa  113  6e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  39.87 
 
 
457 aa  113  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  33.51 
 
 
485 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3474  diguanylate cyclase  26.04 
 
 
393 aa  113  7.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0624369  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  36.25 
 
 
578 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3537  GGDEF family protein  34.59 
 
 
393 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1817  GGDEF family protein  31.35 
 
 
512 aa  112  8.000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.22 
 
 
416 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  38.06 
 
 
306 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.58 
 
 
901 aa  112  8.000000000000001e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  33.85 
 
 
493 aa  112  9e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  36.42 
 
 
278 aa  112  9e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  36.53 
 
 
320 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.01 
 
 
531 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  38.06 
 
 
307 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.16 
 
 
675 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1646  GGDEF family protein  32.16 
 
 
296 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  35.5 
 
 
298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  35.84 
 
 
494 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  33.94 
 
 
443 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.04 
 
 
668 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  34.48 
 
 
368 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  35.43 
 
 
354 aa  111  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.76 
 
 
668 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  38.15 
 
 
712 aa  111  2.0000000000000002e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
359 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  38.96 
 
 
459 aa  111  2.0000000000000002e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>