More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_0028 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_0028  diguanylate cyclase  100 
 
 		 434 aa  881    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  38.8 
 
 		 424 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 620 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.37 
 
 		 742 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1557  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.75 
 
 		 741 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00814898 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  36.53 
 
 		 457 aa  114  3e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  32.75 
 
 		 486 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 457 aa  113  5e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  37.95 
 
 		 455 aa  113  5e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.38 
 
 		 843 aa  113  7.000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.68 
 
 		 742 aa  113  7.000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.47145e-25 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0417  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.89 
 
 		 853 aa  113  7.000000000000001e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  35 
 
 		 710 aa  113  8.000000000000001e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0098  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.55 
 
 		 642 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  39.06 
 
 		 353 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1078  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 283 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.239628  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0719  diguanylate cyclase  32.71 
 
 		 370 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.73 
 
 		 826 aa  111  3e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1523  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.68 
 
 		 472 aa  111  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  35.58 
 
 		 532 aa  111  3e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.22 
 
 		 1032 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1177  two component signal transduction response regulator  32.22 
 
 		 470 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 608 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0138  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.04 
 
 		 1338 aa  110  5e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 499 aa  110  6e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2483  putative PAS/PAC sensor protein  38.27 
 
 		 619 aa  110  6e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  36.02 
 
 		 466 aa  109  7.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0735  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.19 
 
 		 347 aa  110  7.000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.55 
 
 		 512 aa  109  8.000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4714  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  35.58 
 
 		 684 aa  109  8.000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0458  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.42 
 
 		 1037 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.160814  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0018  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 387 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000219286 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0018  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 387 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0128135 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0014  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 387 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3236  hypothetical protein  34.23 
 
 		 423 aa  109  1e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0104131  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6915  diguanylate cyclase  39.07 
 
 		 202 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.322303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0689  putative PAS/PAC sensor protein  37.04 
 
 		 836 aa  108  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000235898 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3012  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 428 aa  108  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000172152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.98 
 
 		 610 aa  108  1e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3412  hypothetical protein  34.23 
 
 		 423 aa  109  1e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0269335  normal  0.473348 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.92 
 
 		 301 aa  108  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3369  diguanylate cyclase  35.44 
 
 		 459 aa  108  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4922  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.87 
 
 		 617 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.051397 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  34.91 
 
 		 794 aa  107  3e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1034  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 283 aa  108  3e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 318 aa  107  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.8 
 
 		 568 aa  107  3e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.74 
 
 		 960 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 516 aa  107  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 492 aa  107  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3308  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 476 aa  107  4e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0327  diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 295 aa  107  4e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.4 
 
 		 947 aa  107  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.059115  hitchhiker  0.000153402 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  34.78 
 
 		 364 aa  107  5e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.2 
 
 		 355 aa  107  5e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.36 
 
 		 315 aa  107  5e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.84 
 
 		 353 aa  107  5e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.87 
 
 		 319 aa  107  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  36.31 
 
 		 457 aa  107  6e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 492 aa  107  6e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1227  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 554 aa  107  6e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.594022  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3301  hypothetical protein  35.57 
 
 		 751 aa  106  7e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.793369  normal  0.543821 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2332  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  35.76 
 
 		 960 aa  106  7e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  34.05 
 
 		 308 aa  106  7e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 882 aa  106  9e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  35.67 
 
 		 457 aa  106  9e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0629  GGDEF domain-containing protein  35.85 
 
 		 626 aa  106  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.328878  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.13 
 
 		 962 aa  105  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2187  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  34.38 
 
 		 593 aa  105  1e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.1316 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.42 
 
 		 772 aa  105  1e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  35.62 
 
 		 457 aa  106  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  35.62 
 
 		 457 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 432 aa  106  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2177  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.63 
 
 		 755 aa  105  1e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.469319  normal  0.818875 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1618  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.96 
 
 		 315 aa  105  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.465864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 492 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 492 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.25 
 
 		 324 aa  105  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.504833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.35 
 
 		 407 aa  104  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.87 
 
 		 736 aa  104  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  36.47 
 
 		 263 aa  104  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 432 aa  105  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 314 aa  105  2e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.71 
 
 		 792 aa  105  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 493 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0588  hypothetical protein  39.63 
 
 		 903 aa  104  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0530  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.6 
 
 		 784 aa  104  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.12 
 
 		 975 aa  104  3e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  29.18 
 
 		 294 aa  104  3e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1999  GGDEF domain-containing protein  41.32 
 
 		 292 aa  104  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.08 
 
 		 769 aa  104  3e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  32.54 
 
 		 517 aa  104  3e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 336 aa  103  4e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4359  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.53 
 
 		 804 aa  104  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.161246  hitchhiker  0.00406944 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  35.58 
 
 		 443 aa  104  4e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3459  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.59 
 
 		 503 aa  103  4e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0823  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.05 
 
 		 755 aa  104  4e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 493 aa  104  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 259 aa  104  4e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0330  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.6 
 
 		 679 aa  103  4e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>