More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_2177 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014213  Mesil_3301  hypothetical protein  65.45 
 
 
751 aa  909    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.793369  normal  0.543821 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2177  diguanylate cyclase with GAF sensor  100 
 
 
755 aa  1513    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.469319  normal  0.818875 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1630  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.77 
 
 
739 aa  587  1e-166  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.654587 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2736  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.11 
 
 
748 aa  436  1e-121  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1557  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.17 
 
 
741 aa  430  1e-119  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00814898 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1324  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.49 
 
 
437 aa  186  1.0000000000000001e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.799769  normal  0.369504 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.53 
 
 
353 aa  139  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3412  hypothetical protein  43.1 
 
 
423 aa  138  4e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0269335  normal  0.473348 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  41.71 
 
 
718 aa  138  4e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3236  hypothetical protein  43.1 
 
 
423 aa  138  4e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0104131  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  34.27 
 
 
681 aa  136  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  32.95 
 
 
353 aa  135  3e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  31.3 
 
 
356 aa  134  9e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.2 
 
 
704 aa  133  1.0000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.2 
 
 
713 aa  133  1.0000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  31.8 
 
 
342 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  30.92 
 
 
356 aa  132  3e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.91 
 
 
840 aa  129  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0500157  hitchhiker  7.41843e-16 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  37.56 
 
 
525 aa  129  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  29.28 
 
 
1073 aa  129  3e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.38 
 
 
355 aa  127  5e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.86 
 
 
322 aa  127  6e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.86 
 
 
351 aa  127  7e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.86 
 
 
322 aa  127  7e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0185  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.11 
 
 
1125 aa  127  1e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  32.1 
 
 
1099 aa  126  2e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  39.38 
 
 
308 aa  125  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  34.42 
 
 
688 aa  124  5e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.88 
 
 
686 aa  124  5e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.53 
 
 
564 aa  124  7e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  36.02 
 
 
758 aa  124  8e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.1 
 
 
356 aa  123  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  38.62 
 
 
487 aa  123  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0054  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 
467 aa  121  6e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3659  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.33 
 
 
362 aa  121  6e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0744  diguanylate cyclase  30.18 
 
 
753 aa  120  9.999999999999999e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165088  normal  0.416995 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  43.31 
 
 
354 aa  120  9.999999999999999e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  35.77 
 
 
608 aa  119  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1449  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.81 
 
 
332 aa  118  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.53 
 
 
550 aa  118  3e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.14 
 
 
742 aa  118  3.9999999999999997e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.47145e-25 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  32.57 
 
 
615 aa  118  3.9999999999999997e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0921  diguanylate cyclase  42.07 
 
 
418 aa  118  5e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  43.59 
 
 
227 aa  118  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4405  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.81 
 
 
332 aa  117  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.382822 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.94 
 
 
742 aa  117  6.9999999999999995e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3966  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.1 
 
 
332 aa  117  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.756589  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6003  diguanylate cyclase  36.61 
 
 
371 aa  117  7.999999999999999e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.753958  normal  0.321238 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  34.58 
 
 
733 aa  116  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2656  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.81 
 
 
696 aa  116  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  37.37 
 
 
498 aa  116  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.1 
 
 
407 aa  116  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3448  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.81 
 
 
696 aa  116  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3373  diguanylate cyclase  38 
 
 
505 aa  116  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  41.45 
 
 
456 aa  116  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0691  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.91 
 
 
742 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  36.7 
 
 
554 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.74 
 
 
499 aa  116  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.49 
 
 
841 aa  115  3e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2172  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.25 
 
 
875 aa  115  3e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  37.1 
 
 
471 aa  115  3e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.82 
 
 
322 aa  115  4.0000000000000004e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.3 
 
 
916 aa  115  4.0000000000000004e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  34.57 
 
 
764 aa  115  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2470  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.11 
 
 
756 aa  115  4.0000000000000004e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.578353  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0563  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.81 
 
 
846 aa  114  5e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3143  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  40.88 
 
 
786 aa  114  5e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.661256  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.47 
 
 
710 aa  114  6e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  38.41 
 
 
685 aa  114  6e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.37 
 
 
563 aa  114  8.000000000000001e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.5 
 
 
669 aa  114  8.000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  41.1 
 
 
373 aa  114  9e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  33.01 
 
 
836 aa  114  9e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3328  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.63 
 
 
573 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1917  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.77 
 
 
1028 aa  114  1.0000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.94 
 
 
322 aa  113  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.63 
 
 
572 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4714  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  41.62 
 
 
684 aa  113  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.38 
 
 
866 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.378784  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  39.01 
 
 
474 aa  113  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  34.04 
 
 
764 aa  113  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0652  diguanylate cyclase  42.48 
 
 
280 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3568  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  31.52 
 
 
550 aa  113  2.0000000000000002e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.03 
 
 
675 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3764  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.63 
 
 
577 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  38.51 
 
 
775 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  39.1 
 
 
368 aa  112  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  34.04 
 
 
764 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
555 aa  113  2.0000000000000002e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3946  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.63 
 
 
577 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3820  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.63 
 
 
577 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0504  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.63 
 
 
577 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  42.17 
 
 
339 aa  112  3e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.62 
 
 
322 aa  112  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  32.44 
 
 
663 aa  112  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.24 
 
 
1078 aa  112  3e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  37.8 
 
 
685 aa  112  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.34 
 
 
1000 aa  112  3e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  32.54 
 
 
792 aa  111  4.0000000000000004e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  41.67 
 
 
753 aa  111  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>