More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_2736 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013946  Mrub_2736  diguanylate cyclase with GAF sensor  100 
 
 
748 aa  1504    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1630  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.82 
 
 
739 aa  526  1e-148  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.654587 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2177  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.87 
 
 
755 aa  433  1e-120  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.469319  normal  0.818875 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3301  hypothetical protein  38.01 
 
 
751 aa  419  1e-116  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.793369  normal  0.543821 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1557  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.4 
 
 
741 aa  327  5e-88  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00814898 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1324  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.96 
 
 
437 aa  195  3e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.799769  normal  0.369504 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  32.05 
 
 
356 aa  146  2e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  31.62 
 
 
356 aa  144  6e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  28.89 
 
 
353 aa  143  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  34.78 
 
 
1073 aa  140  6e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  39.41 
 
 
718 aa  139  1e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  30.91 
 
 
342 aa  137  7.000000000000001e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3412  hypothetical protein  37.21 
 
 
423 aa  135  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0269335  normal  0.473348 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3236  hypothetical protein  37.21 
 
 
423 aa  135  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0104131  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  28.7 
 
 
688 aa  135  3e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  29.32 
 
 
681 aa  133  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1779  diguanylate cyclase  38.65 
 
 
215 aa  133  1.0000000000000001e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000143574  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.49 
 
 
353 aa  130  8.000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.47 
 
 
355 aa  130  8.000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.37 
 
 
686 aa  130  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1977  membrane associated GGDEF protein  35.68 
 
 
583 aa  130  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.61 
 
 
710 aa  129  2.0000000000000002e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3659  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.25 
 
 
362 aa  129  3e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.06 
 
 
356 aa  126  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  44.87 
 
 
921 aa  126  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.86 
 
 
826 aa  126  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  34.26 
 
 
1099 aa  126  2e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.18 
 
 
792 aa  125  3e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  38.25 
 
 
555 aa  125  4e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0664  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.72 
 
 
307 aa  124  5e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00416303 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  43.4 
 
 
768 aa  124  8e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  43.4 
 
 
768 aa  124  9e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.56 
 
 
668 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.54 
 
 
499 aa  122  1.9999999999999998e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.68 
 
 
713 aa  122  3e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.83 
 
 
736 aa  122  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0185  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.33 
 
 
1125 aa  122  3e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0759  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.05 
 
 
718 aa  122  3e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1538  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.11 
 
 
789 aa  122  3.9999999999999996e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  31.76 
 
 
732 aa  121  4.9999999999999996e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1560  diguanylate cyclase  45.62 
 
 
288 aa  121  4.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.99 
 
 
848 aa  120  6e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3290  diguanylate cyclase  39.43 
 
 
473 aa  120  7e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000228847  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.1 
 
 
668 aa  120  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.85 
 
 
568 aa  120  7.999999999999999e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2151  diguanylate cyclase  45.95 
 
 
275 aa  120  7.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0517711 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  35.16 
 
 
374 aa  120  7.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3626  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.45 
 
 
840 aa  120  7.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.68 
 
 
704 aa  120  9e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3012  diguanylate cyclase  39.29 
 
 
428 aa  120  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000172152  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0265  diguanylate cyclase  40.12 
 
 
456 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.28 
 
 
841 aa  119  9.999999999999999e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4714  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36.1 
 
 
684 aa  119  9.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.33 
 
 
563 aa  120  9.999999999999999e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  43.12 
 
 
608 aa  120  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  41.21 
 
 
414 aa  119  1.9999999999999998e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.88 
 
 
322 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  41.32 
 
 
523 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  31.08 
 
 
510 aa  119  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.41 
 
 
675 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.29 
 
 
840 aa  119  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0500157  hitchhiker  7.41843e-16 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  38.61 
 
 
321 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1208  GGDEF domain-containing protein  40.46 
 
 
684 aa  119  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2203  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44 
 
 
554 aa  119  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0309516  normal  0.310474 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.99 
 
 
866 aa  119  3e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.378784  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2830  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.46 
 
 
682 aa  119  3e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0701966  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  41.77 
 
 
263 aa  118  3.9999999999999997e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5255  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.5 
 
 
707 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.864356  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  33.51 
 
 
554 aa  118  3.9999999999999997e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0744  diguanylate cyclase  36.98 
 
 
753 aa  118  3.9999999999999997e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165088  normal  0.416995 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  31.55 
 
 
836 aa  118  3.9999999999999997e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3235  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.04 
 
 
684 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.612111  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3413  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.04 
 
 
684 aa  118  5e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.341259  hitchhiker  0.0009308 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1132  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  41.04 
 
 
684 aa  118  5e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00732829  unclonable  0.0000000000153183 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3276  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.04 
 
 
684 aa  118  5e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0261711  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  32.52 
 
 
792 aa  117  6e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  36.88 
 
 
407 aa  117  6e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.64 
 
 
754 aa  117  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3486  diguanylate cyclase  47.06 
 
 
449 aa  117  6e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.121522  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.91 
 
 
1212 aa  117  6.9999999999999995e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2828  diguanylate cyclase  41.25 
 
 
400 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.238138  normal  0.24996 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  34.76 
 
 
359 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.88 
 
 
684 aa  117  8.999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0216958  hitchhiker  0.00000239027 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.88 
 
 
684 aa  117  8.999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.10926  normal  0.0282645 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  44.03 
 
 
1000 aa  117  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4673  hypothetical protein  43.37 
 
 
651 aa  117  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.42 
 
 
322 aa  116  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1034  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.88 
 
 
674 aa  117  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.20154  hitchhiker  0.000000435621 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1214  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.95 
 
 
496 aa  117  1.0000000000000001e-24  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.302028  hitchhiker  0.0000035245 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0529  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.32 
 
 
575 aa  117  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2465  diguanylate cyclase  43.53 
 
 
427 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  35.8 
 
 
339 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  45.24 
 
 
625 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  45.24 
 
 
625 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0994  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.88 
 
 
678 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.031573  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  39.51 
 
 
466 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2061  hypothetical protein  33.91 
 
 
512 aa  115  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.48 
 
 
864 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  39.51 
 
 
466 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.91 
 
 
557 aa  116  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>