More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_1557 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013946  Mrub_1557  diguanylate cyclase with GAF sensor  100 
 
 
741 aa  1496    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00814898 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3301  hypothetical protein  40.11 
 
 
751 aa  440  9.999999999999999e-123  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.793369  normal  0.543821 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2177  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.57 
 
 
755 aa  415  1e-114  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.469319  normal  0.818875 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1630  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.32 
 
 
739 aa  385  1e-105  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.654587 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2736  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.65 
 
 
748 aa  324  4e-87  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1324  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  35.08 
 
 
437 aa  148  4.0000000000000006e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.799769  normal  0.369504 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  34.69 
 
 
681 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  26.2 
 
 
1073 aa  135  3e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.82 
 
 
713 aa  135  3.9999999999999996e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.78 
 
 
686 aa  133  1.0000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  28.31 
 
 
688 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.87 
 
 
704 aa  131  4.0000000000000003e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  40.88 
 
 
718 aa  131  5.0000000000000004e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  31.96 
 
 
356 aa  130  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.9 
 
 
499 aa  129  2.0000000000000002e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3412  hypothetical protein  46.1 
 
 
423 aa  129  3e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0269335  normal  0.473348 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3236  hypothetical protein  46.1 
 
 
423 aa  129  3e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0104131  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  29.61 
 
 
342 aa  128  4.0000000000000003e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  31.51 
 
 
356 aa  128  5e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0185  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.96 
 
 
1125 aa  127  8.000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.83 
 
 
586 aa  127  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2239  diguanylate cyclase  38.18 
 
 
387 aa  127  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6003  diguanylate cyclase  37.27 
 
 
371 aa  125  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.753958  normal  0.321238 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.15 
 
 
710 aa  125  2e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3659  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.18 
 
 
362 aa  126  2e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3678  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.74 
 
 
418 aa  125  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.313961 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  29.74 
 
 
554 aa  125  3e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0403  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.4 
 
 
863 aa  125  4e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.18 
 
 
353 aa  124  7e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  44.38 
 
 
323 aa  123  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  40.12 
 
 
565 aa  122  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.7 
 
 
550 aa  122  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.17 
 
 
916 aa  122  3e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  35.09 
 
 
278 aa  122  3e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  33.47 
 
 
563 aa  121  4.9999999999999996e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  36.11 
 
 
608 aa  120  9e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  31.67 
 
 
353 aa  120  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.84 
 
 
367 aa  119  1.9999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.18 
 
 
355 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  31.28 
 
 
1099 aa  119  1.9999999999999998e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  37.3 
 
 
453 aa  119  1.9999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0443  diguanylate cyclase  38.18 
 
 
378 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1640  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.69 
 
 
879 aa  118  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.7 
 
 
675 aa  119  3e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0563  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.14 
 
 
846 aa  118  3.9999999999999997e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5028  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.3 
 
 
637 aa  117  5e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00518109  normal  0.939284 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1139  GGDEF/GAF/EAL domain-containing protein  28.06 
 
 
781 aa  117  6e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0850133  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0759  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.04 
 
 
718 aa  117  6e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  42.48 
 
 
373 aa  117  6.9999999999999995e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  38.86 
 
 
308 aa  117  8.999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  40.25 
 
 
721 aa  117  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  41.04 
 
 
516 aa  116  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  43.62 
 
 
306 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  36.61 
 
 
451 aa  116  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1635  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.17 
 
 
643 aa  116  2.0000000000000002e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  34.15 
 
 
532 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0148  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  50.89 
 
 
560 aa  115  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.189493 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1569  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.17 
 
 
643 aa  116  2.0000000000000002e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  38.37 
 
 
234 aa  115  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  39.41 
 
 
522 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.26 
 
 
335 aa  116  2.0000000000000002e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  41.56 
 
 
354 aa  116  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.68 
 
 
322 aa  115  3e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  33.51 
 
 
764 aa  115  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1156  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.14 
 
 
859 aa  115  3e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0136706  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  33.51 
 
 
764 aa  115  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  33.51 
 
 
764 aa  115  3e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3290  diguanylate cyclase  38.33 
 
 
473 aa  115  4.0000000000000004e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000228847  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0028  diguanylate cyclase  39.75 
 
 
434 aa  115  4.0000000000000004e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.66 
 
 
864 aa  115  4.0000000000000004e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  35.85 
 
 
172 aa  115  4.0000000000000004e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  42.69 
 
 
565 aa  115  4.0000000000000004e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.73 
 
 
322 aa  115  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  29.66 
 
 
758 aa  115  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.73 
 
 
322 aa  114  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  35.56 
 
 
374 aa  114  5e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  36.42 
 
 
428 aa  114  5e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0744  diguanylate cyclase  34.6 
 
 
753 aa  114  5e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165088  normal  0.416995 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1042  two component signal transduction response regulator  42.11 
 
 
465 aa  114  5e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.472622  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.73 
 
 
351 aa  114  5e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  40.24 
 
 
414 aa  114  5e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3448  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.67 
 
 
696 aa  114  6e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2656  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.67 
 
 
696 aa  114  6e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.51 
 
 
848 aa  114  6e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.24 
 
 
322 aa  114  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
308 aa  114  8.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  30.41 
 
 
298 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.02 
 
 
469 aa  113  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3234  diguanylate cyclase  38.71 
 
 
295 aa  113  1.0000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3966  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.18 
 
 
332 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.756589  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.45 
 
 
1050 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251418  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  37.29 
 
 
461 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1694  diguanylate cyclase  39.38 
 
 
431 aa  113  1.0000000000000001e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.57 
 
 
803 aa  114  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0691  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.91 
 
 
742 aa  113  1.0000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5950  diguanylate cyclase  44.16 
 
 
604 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407449  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.9 
 
 
356 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1556  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.07 
 
 
300 aa  113  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.16 
 
 
772 aa  112  2.0000000000000002e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  33.7 
 
 
339 aa  113  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>