More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_3290 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011830  Dhaf_3290  diguanylate cyclase  100 
 
 
473 aa  963    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000228847  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  46.58 
 
 
1428 aa  137  4e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  30.91 
 
 
681 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.72 
 
 
1423 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  27.14 
 
 
688 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1829  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.56 
 
 
754 aa  131  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000110456  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.03 
 
 
550 aa  130  7.000000000000001e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.05 
 
 
704 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.33 
 
 
713 aa  128  3e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  26.49 
 
 
609 aa  127  4.0000000000000003e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.38 
 
 
574 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.221149 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  33.8 
 
 
1515 aa  127  5e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2203  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.7 
 
 
554 aa  127  6e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0309516  normal  0.310474 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  41.32 
 
 
381 aa  126  7e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.32 
 
 
781 aa  126  8.000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.39 
 
 
1508 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4654  sensory box protein  32.73 
 
 
762 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.787491  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  26.19 
 
 
709 aa  125  1e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.39 
 
 
1508 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0574  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.37 
 
 
772 aa  125  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122166  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.39 
 
 
1508 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4985  sensory box protein  43.29 
 
 
1534 aa  125  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.39 
 
 
1508 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.36 
 
 
568 aa  125  2e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0983  GGDEF family protein  39.64 
 
 
443 aa  125  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.26 
 
 
905 aa  125  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0664  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.94 
 
 
307 aa  125  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00416303 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2239  diguanylate cyclase  34.19 
 
 
387 aa  125  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.95 
 
 
449 aa  124  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.32 
 
 
686 aa  124  3e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2937  signal transduction protein  39.66 
 
 
1141 aa  124  4e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  31.56 
 
 
1073 aa  124  4e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.26 
 
 
1504 aa  123  6e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.26 
 
 
1504 aa  123  8e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1344  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  35.02 
 
 
701 aa  123  9e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.562433 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2016  sensory box/GGDEF family protein  42.07 
 
 
799 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334987  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.94 
 
 
1511 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3959  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.14 
 
 
855 aa  122  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.26 
 
 
1505 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.35 
 
 
633 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  39.89 
 
 
1093 aa  122  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1630  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.48 
 
 
739 aa  122  9.999999999999999e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.654587 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  34.23 
 
 
565 aa  122  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0739  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.92 
 
 
735 aa  121  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3958  diguanylate cyclase  36.36 
 
 
349 aa  122  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0131917  normal  0.325854 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.88 
 
 
1264 aa  121  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.354443 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.51 
 
 
980 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.249898  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1139  GGDEF/GAF/EAL domain-containing protein  33.48 
 
 
781 aa  121  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0850133  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1542  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.61 
 
 
1006 aa  121  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.101137 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  36.97 
 
 
523 aa  121  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.44 
 
 
1466 aa  121  3e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2736  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.43 
 
 
748 aa  120  3.9999999999999996e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1618  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.07 
 
 
315 aa  120  3.9999999999999996e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.465864  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6793  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.94 
 
 
935 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.400617  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0509  PAS:GGDEF  39.51 
 
 
719 aa  120  6e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.41 
 
 
898 aa  120  6e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  38.55 
 
 
768 aa  120  7e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0987  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40 
 
 
739 aa  120  7e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000757549  decreased coverage  0.00276789 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.56 
 
 
754 aa  120  7e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.578414 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4402  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.18 
 
 
563 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.377329 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  38.55 
 
 
768 aa  120  7.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4032  diguanylate cyclase  36.18 
 
 
561 aa  120  7.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.211058 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1175  diguanylate cyclase  39.64 
 
 
269 aa  119  9e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  33.93 
 
 
461 aa  119  9e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0845  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.41 
 
 
879 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3610  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 
583 aa  119  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6003  diguanylate cyclase  35.77 
 
 
371 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.753958  normal  0.321238 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3314  hypothetical protein  34.53 
 
 
659 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.164525  normal  0.326737 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  38.41 
 
 
1006 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  37.36 
 
 
466 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.52 
 
 
648 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.48 
 
 
768 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  37.36 
 
 
466 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  37.36 
 
 
466 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2797  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.67 
 
 
1020 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3055  sensory box-containing protein  36.02 
 
 
847 aa  119  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.56 
 
 
754 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.27 
 
 
826 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  37.36 
 
 
466 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  37.36 
 
 
466 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2185  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.34 
 
 
777 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.290622  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5014  response regulator/sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  38.27 
 
 
719 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  37.36 
 
 
454 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.5 
 
 
876 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3902  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.13 
 
 
990 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  30.38 
 
 
563 aa  118  1.9999999999999998e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  39.53 
 
 
467 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  37.36 
 
 
454 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36 
 
 
715 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  26.5 
 
 
494 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  26.5 
 
 
494 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2577  GGDEF domain-containing protein  40.48 
 
 
1047 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1055  sensory box protein  33.48 
 
 
462 aa  117  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  38.1 
 
 
557 aa  118  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.25 
 
 
693 aa  117  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.166514  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5750  hypothetical protein  38.04 
 
 
581 aa  117  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3626  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.14 
 
 
840 aa  117  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1144  GGDEF domain-containing protein  37.06 
 
 
754 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1054  hypothetical protein  35.82 
 
 
506 aa  117  3.9999999999999997e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1609  multisensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  35.41 
 
 
944 aa  117  3.9999999999999997e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.954205  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>