More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4405 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4405  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 
332 aa  687    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.382822 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1449  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  98.19 
 
 
332 aa  677    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3966  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  93.07 
 
 
332 aa  647    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.756589  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  44.62 
 
 
340 aa  300  2e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48220  cyclic di-GMP signal transduction protein  44.62 
 
 
344 aa  260  2e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.590583  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04420  hypothetical protein  46.23 
 
 
376 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0431  hypothetical protein  45.6 
 
 
345 aa  248  9e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139342  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0380  diguanylate cyclase  46.91 
 
 
249 aa  233  3e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1382  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.99 
 
 
510 aa  178  9e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1771  PAS:GGDEF  32.42 
 
 
449 aa  159  7e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.04 
 
 
710 aa  159  7e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.94 
 
 
432 aa  158  2e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00630975  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  31.38 
 
 
497 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  35.24 
 
 
470 aa  145  6e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4193  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.19 
 
 
703 aa  143  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950963  normal  0.519215 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  35.1 
 
 
487 aa  142  6e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.36 
 
 
314 aa  142  7e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  42.27 
 
 
332 aa  142  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.89 
 
 
308 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.89 
 
 
308 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  32.51 
 
 
317 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  45.66 
 
 
378 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.68 
 
 
407 aa  139  6e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  45.24 
 
 
354 aa  139  6e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1093  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.06 
 
 
731 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  27.22 
 
 
659 aa  138  1e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  38.78 
 
 
361 aa  137  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1392  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.15 
 
 
483 aa  138  2e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.103234  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  36.49 
 
 
373 aa  137  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0082  GGDEF domain-containing protein  29.91 
 
 
817 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.586975 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0488  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.34 
 
 
685 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.29 
 
 
424 aa  136  5e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  39.22 
 
 
555 aa  135  8e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3831  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.25 
 
 
327 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.85 
 
 
820 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.99 
 
 
1294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  38.69 
 
 
521 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0050  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.15 
 
 
810 aa  134  3e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.237311 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  39.83 
 
 
339 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1199  diguanylate cyclase  41.51 
 
 
258 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000341711  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  48.47 
 
 
525 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.71 
 
 
830 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.153099 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  40.54 
 
 
336 aa  133  5e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.12 
 
 
438 aa  133  5e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1579  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.67 
 
 
324 aa  132  6e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1257  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  41.14 
 
 
1203 aa  132  6e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  42.7 
 
 
362 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0492  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.92 
 
 
754 aa  132  7.999999999999999e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  41.52 
 
 
474 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.62 
 
 
469 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1917  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.64 
 
 
1028 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1085  putative sensory box/GGDEF family protein  38.51 
 
 
430 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  30.55 
 
 
338 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3136  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.68 
 
 
919 aa  131  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4153  putative sensory box/GGDEF family protein  38.51 
 
 
430 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.36181  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2017  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.37 
 
 
1299 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0450581  normal  0.783142 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  45.16 
 
 
227 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  38.12 
 
 
428 aa  130  3e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4291  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.15 
 
 
446 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4179  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.15 
 
 
446 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.206948  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2743  diguanylate cyclase  42.5 
 
 
431 aa  130  3e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.241398  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  41.94 
 
 
492 aa  130  3e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3390  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.6 
 
 
324 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3670  GGDEF domain-containing protein  28.53 
 
 
800 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.11 
 
 
448 aa  130  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  47.24 
 
 
525 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  42.35 
 
 
532 aa  129  6e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  41.14 
 
 
620 aa  129  6e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0046  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.11 
 
 
836 aa  129  6e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4111  sensory box/GGDEF family protein, putative  39.75 
 
 
430 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3954  sensory box/GGDEF family protein  39.75 
 
 
431 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3800  sensory box/GGDEF family protein  39.75 
 
 
431 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0221299  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4064  putative sensory box/GGDEF family protein  39.75 
 
 
431 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4263  sensory box/GGDEF family protein  39.75 
 
 
430 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0490  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.39 
 
 
681 aa  129  8.000000000000001e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.853397  normal  0.203863 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  44.5 
 
 
1637 aa  129  8.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4175  putative sensory box/GGDEF family protein  39.75 
 
 
430 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00125122  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  45.81 
 
 
454 aa  129  9.000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3785  sensory box/GGDEF family protein  39.75 
 
 
431 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.91 
 
 
352 aa  128  1.0000000000000001e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1222  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.96 
 
 
815 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  42.53 
 
 
753 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  40 
 
 
599 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  40.3 
 
 
464 aa  128  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  41.9 
 
 
362 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  41.28 
 
 
395 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  39.05 
 
 
459 aa  128  2.0000000000000002e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  36.26 
 
 
775 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0652  diguanylate cyclase  45.22 
 
 
280 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  40.66 
 
 
499 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3373  diguanylate cyclase  40.31 
 
 
505 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  41.86 
 
 
736 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  38.6 
 
 
369 aa  127  3e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  42.86 
 
 
456 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  36.87 
 
 
368 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  43.27 
 
 
370 aa  126  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4450  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.8 
 
 
765 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.24 
 
 
505 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1510  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  45.62 
 
 
581 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.865852  normal  0.193576 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.55 
 
 
797 aa  127  4.0000000000000003e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>