More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0380 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007520  Tcr_0380  diguanylate cyclase  100 
 
 
249 aa  519  1e-146  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  51.61 
 
 
340 aa  261  4.999999999999999e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1449  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.5 
 
 
332 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4405  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.91 
 
 
332 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.382822 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3966  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.68 
 
 
332 aa  226  4e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.756589  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0431  hypothetical protein  44.76 
 
 
345 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139342  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04420  hypothetical protein  43.55 
 
 
376 aa  215  5e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48220  cyclic di-GMP signal transduction protein  44.26 
 
 
344 aa  207  1e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.590583  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.19 
 
 
710 aa  145  4.0000000000000006e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1382  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.15 
 
 
510 aa  138  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2112  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.73 
 
 
836 aa  130  3e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2203  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.22 
 
 
554 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0309516  normal  0.310474 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  29.96 
 
 
497 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.74 
 
 
432 aa  124  1e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00630975  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3902  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.06 
 
 
990 aa  122  7e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.51 
 
 
1126 aa  120  9.999999999999999e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0082  GGDEF domain-containing protein  31.08 
 
 
817 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.586975 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0046  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.45 
 
 
836 aa  118  7e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1093  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.39 
 
 
731 aa  116  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0038  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.36 
 
 
827 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.104511  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1771  PAS:GGDEF  30.83 
 
 
449 aa  115  5e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2332  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  26.92 
 
 
960 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4193  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.4 
 
 
703 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950963  normal  0.519215 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1392  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.87 
 
 
483 aa  114  2.0000000000000002e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.103234  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0050  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.27 
 
 
810 aa  113  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.237311 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.47 
 
 
830 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.153099 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.17 
 
 
820 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3464  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.06 
 
 
704 aa  111  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.140727 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3390  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.9 
 
 
324 aa  108  6e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1222  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.46 
 
 
815 aa  108  7.000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3670  GGDEF domain-containing protein  27.27 
 
 
800 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1896  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.01 
 
 
865 aa  107  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase domain 2  28.31 
 
 
320 aa  106  3e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.175883  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0492  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.54 
 
 
754 aa  106  4e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  25.79 
 
 
1494 aa  105  5e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1475  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.67 
 
 
471 aa  105  5e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2003  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.65 
 
 
1109 aa  105  8e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1353  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.74 
 
 
1078 aa  104  1e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  35.48 
 
 
3706 aa  104  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2815  sensory box histidine kinase  36.29 
 
 
749 aa  102  4e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3627  signal transduction protein  30.51 
 
 
709 aa  103  4e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1152  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.53 
 
 
758 aa  103  4e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2324  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.82 
 
 
1162 aa  102  4e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4027  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.99 
 
 
327 aa  102  6e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.99 
 
 
327 aa  102  6e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3831  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.43 
 
 
327 aa  102  7e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2674  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.32 
 
 
1305 aa  102  8e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06145  Putative signal protein with PAS(PAC), GGDEF and EAL domains  34.65 
 
 
920 aa  102  8e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0228154  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0488  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.15 
 
 
685 aa  102  8e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01021  Putative signal protein with PAS(PAC), GGDEF and EAL domains  34.65 
 
 
920 aa  102  8e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.311552  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0430  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.99 
 
 
327 aa  102  8e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1349  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.96 
 
 
1578 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4974  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.66 
 
 
877 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1526  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.32 
 
 
504 aa  101  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1379  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.96 
 
 
1611 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0454  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.78 
 
 
328 aa  101  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.592921  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4179  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.75 
 
 
446 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.206948  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4291  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.75 
 
 
446 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.91 
 
 
1965 aa  100  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0458  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.78 
 
 
328 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3571  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.83 
 
 
328 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.33 
 
 
900 aa  100  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.269875  normal  0.342346 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.56 
 
 
1785 aa  100  2e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2051  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.93 
 
 
703 aa  100  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.149643  normal  0.0751648 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.39 
 
 
842 aa  100  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.223359  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3163  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.4 
 
 
355 aa  99.8  4e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.108328  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  25.47 
 
 
1502 aa  99.4  4e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2494  signal transduction histidine kinase-like protein  36.44 
 
 
1317 aa  99  7e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.206751 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1422  transcriptional regulator, XRE family  33.08 
 
 
652 aa  98.6  9e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0529  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.33 
 
 
575 aa  98.6  9e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.29 
 
 
1193 aa  98.2  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.29 
 
 
1193 aa  98.2  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0386  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.37 
 
 
1342 aa  97.8  1e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2295  putative PAS/PAC sensor protein  34.59 
 
 
259 aa  97.1  2e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2343  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.29 
 
 
921 aa  97.1  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.762005  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3404  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.71 
 
 
327 aa  97.1  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3878  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.09 
 
 
892 aa  97.1  3e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1217  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 
803 aa  97.1  3e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.503931  normal  0.0882093 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1795  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.56 
 
 
1330 aa  96.3  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.173382  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1372  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.79 
 
 
1362 aa  96.3  4e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4120  diguanylate phosphodiesterase  31.41 
 
 
816 aa  96.3  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.66 
 
 
666 aa  96.7  4e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3196  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.34 
 
 
338 aa  95.9  5e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3917  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.62 
 
 
816 aa  96.3  5e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2248  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.52 
 
 
936 aa  95.9  6e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.945372 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.64 
 
 
954 aa  95.9  6e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.837397  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1642  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.07 
 
 
1131 aa  95.5  7e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0330659  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3258  sensory box protein  35.65 
 
 
1206 aa  94.7  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2313  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.05 
 
 
981 aa  94.4  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.762814  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1359  putative PAS/PAC sensor protein  34.59 
 
 
259 aa  94.7  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03147  hypothetical protein  25.1 
 
 
450 aa  94.4  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.601264  normal  0.330645 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.81 
 
 
1014 aa  94  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.553063 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  31.56 
 
 
638 aa  94.4  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.8 
 
 
1143 aa  93.6  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.27 
 
 
1143 aa  93.6  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  28.94 
 
 
470 aa  93.6  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3915  diguanylate phosphodiesterase  28.05 
 
 
816 aa  93.6  3e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.178171 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4631  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.91 
 
 
1672 aa  92.8  4e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.659803  normal  0.0232391 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0320  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.78 
 
 
838 aa  93.2  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.88782 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0538  ATP-binding region, ATPase-like protein  33.06 
 
 
1233 aa  92.8  4e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>