More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1177 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_0634  response regulator  75.48 
 
 
470 aa  724    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00145352  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1177  two component signal transduction response regulator  100 
 
 
470 aa  958    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1496  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.92 
 
 
679 aa  199  7e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.381542  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.16 
 
 
454 aa  176  9e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  32.48 
 
 
499 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.9 
 
 
457 aa  163  6e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  39.3 
 
 
342 aa  162  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  28.74 
 
 
460 aa  161  3e-38  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  37.45 
 
 
353 aa  159  1e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1760  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.95 
 
 
473 aa  156  1e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.554911  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  35.45 
 
 
1073 aa  153  8e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.94 
 
 
550 aa  152  8.999999999999999e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.96 
 
 
353 aa  152  1e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14870  diguanylate cyclase  37.72 
 
 
462 aa  152  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.024895  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.87 
 
 
481 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.35 
 
 
356 aa  152  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.97 
 
 
457 aa  150  4e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.05 
 
 
481 aa  150  5e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.93 
 
 
309 aa  150  5e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  34.46 
 
 
356 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1658  response regulator/GGDEF domain-containing protein  27.53 
 
 
458 aa  147  3e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.939598  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1886  diguanylate cyclase  27.46 
 
 
462 aa  147  3e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  34.08 
 
 
356 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  29.28 
 
 
374 aa  146  6e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  28.51 
 
 
456 aa  145  1e-33  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2239  diguanylate cyclase  37.02 
 
 
387 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  38.33 
 
 
732 aa  145  2e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.52 
 
 
322 aa  145  2e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5913  diguanylate cyclase  42.94 
 
 
364 aa  144  3e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.2 
 
 
499 aa  143  8e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1042  two component signal transduction response regulator  28.08 
 
 
465 aa  142  9e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.472622  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.37 
 
 
322 aa  142  9e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  26.6 
 
 
487 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.37 
 
 
322 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.37 
 
 
351 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.71 
 
 
355 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  42.37 
 
 
320 aa  142  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  35.37 
 
 
461 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.13 
 
 
335 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  43.85 
 
 
294 aa  141  1.9999999999999998e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  35.78 
 
 
522 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  31.76 
 
 
681 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6003  diguanylate cyclase  36.4 
 
 
371 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.753958  normal  0.321238 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  43.02 
 
 
334 aa  141  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  26.68 
 
 
498 aa  141  3e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.04 
 
 
314 aa  141  3e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1914  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.35 
 
 
459 aa  141  3e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.943888  hitchhiker  0.00021307 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.31 
 
 
769 aa  140  3e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  33.61 
 
 
663 aa  140  7e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  46.01 
 
 
323 aa  139  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0701  diguanylate cyclase  38.38 
 
 
650 aa  139  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.291224  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  44.32 
 
 
343 aa  139  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  34.78 
 
 
525 aa  139  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1471  diguanylate cyclase  31.44 
 
 
439 aa  138  2e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  34.96 
 
 
578 aa  138  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  34.96 
 
 
578 aa  138  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  44.44 
 
 
278 aa  138  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0185  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.32 
 
 
1125 aa  137  3.0000000000000003e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.95 
 
 
332 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3678  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.25 
 
 
418 aa  137  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.313961 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0842  GGDEF domain-containing protein  42.01 
 
 
391 aa  137  5e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000293697  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  40.57 
 
 
317 aa  137  5e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  32.89 
 
 
680 aa  137  5e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0967  diguanylate cyclase  27.59 
 
 
457 aa  137  5e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0207283 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0931  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.59 
 
 
457 aa  137  5e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.436852  normal  0.104843 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  34.98 
 
 
758 aa  136  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  29.46 
 
 
1774 aa  136  7.000000000000001e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  33.83 
 
 
733 aa  136  7.000000000000001e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1525  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.08 
 
 
316 aa  136  8e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.15223e-23 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  42.33 
 
 
319 aa  136  9e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  42.69 
 
 
555 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4216  diguanylate cyclase  40 
 
 
717 aa  135  9.999999999999999e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.38 
 
 
353 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  39.88 
 
 
308 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  34.96 
 
 
578 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  41.38 
 
 
280 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  37.56 
 
 
291 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.59 
 
 
713 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1528  diguanylate cyclase  38.39 
 
 
1339 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.646539  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  34.34 
 
 
471 aa  135  1.9999999999999998e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  37.67 
 
 
316 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  41.42 
 
 
459 aa  134  1.9999999999999998e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.65 
 
 
469 aa  134  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  37.33 
 
 
548 aa  134  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  39.66 
 
 
354 aa  134  3e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  36.62 
 
 
323 aa  134  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.59 
 
 
772 aa  134  3e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.53 
 
 
710 aa  134  3e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0214  diguanylate cyclase  37.93 
 
 
362 aa  134  3e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  39.01 
 
 
565 aa  134  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.88 
 
 
704 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  36.27 
 
 
516 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  45.61 
 
 
451 aa  133  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  42.33 
 
 
320 aa  134  5e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2842  diguanylate cyclase  31.48 
 
 
785 aa  134  5e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2723  diguanylate cyclase  33.96 
 
 
627 aa  134  5e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000220491  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2470  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.26 
 
 
756 aa  134  5e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.578353  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  41.71 
 
 
327 aa  133  6e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1165  diguanylate cyclase  27.29 
 
 
459 aa  133  6e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000192138 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1243  diguanylate cyclase  36.45 
 
 
419 aa  133  6e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>