More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_3012 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_3012  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 		 833 aa  1707    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2489  diguanylate cyclase  36.06 
 
 		 836 aa  509  1e-143  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.01 
 
 		 833 aa  466  9.999999999999999e-131  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3190  diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 852 aa  420  1e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.43423  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 471 aa  126  1e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 432 aa  126  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.55 
 
 		 469 aa  126  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 357 aa  126  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 432 aa  125  3e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.98 
 
 		 505 aa  124  5e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 492 aa  124  9.999999999999999e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  39.51 
 
 		 689 aa  123  1.9999999999999998e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 410 aa  122  3e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 451 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  25.96 
 
 		 425 aa  119  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0619  response regulator receiver protein  38.59 
 
 		 378 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 494 aa  118  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 624 aa  118  5e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3581  GGDEF domain-containing protein  29.45 
 
 		 312 aa  118  5e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 620 aa  118  6e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.55 
 
 		 564 aa  118  6e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 337 aa  117  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 494 aa  117  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  37.64 
 
 		 342 aa  117  7.999999999999999e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.71 
 
 		 301 aa  117  8.999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 291 aa  117  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.29 
 
 		 352 aa  116  1.0000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  35.83 
 
 		 328 aa  117  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 460 aa  117  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.14 
 
 		 612 aa  117  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 459 aa  117  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  36.31 
 
 		 355 aa  117  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  37.3 
 
 		 466 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  39.64 
 
 		 457 aa  117  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.75 
 
 		 791 aa  116  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.82 
 
 		 728 aa  116  2.0000000000000002e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  41.48 
 
 		 625 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3353  GGDEF family protein  33.97 
 
 		 626 aa  116  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.374674  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 507 aa  116  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0440  hypothetical protein  35.79 
 
 		 356 aa  115  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.83 
 
 		 355 aa  116  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 621 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1449  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.77 
 
 		 332 aa  116  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 342 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.01 
 
 		 353 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 483 aa  116  2.0000000000000002e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 457 aa  116  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 628 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  35.22 
 
 		 455 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.78 
 
 		 610 aa  115  3e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  32.97 
 
 		 316 aa  115  4.0000000000000004e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.21 
 
 		 772 aa  115  4.0000000000000004e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  32.74 
 
 		 510 aa  115  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 307 aa  115  4.0000000000000004e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 355 aa  115  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2650  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 347 aa  115  4.0000000000000004e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.556547 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 348 aa  115  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 646 aa  115  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  32.74 
 
 		 510 aa  114  5e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  27.04 
 
 		 420 aa  114  5e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1484  diguanylate cyclase  32.16 
 
 		 615 aa  115  5e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  32.74 
 
 		 510 aa  114  5e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  32.52 
 
 		 709 aa  114  6e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 498 aa  114  6e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2314  sensory box/GGDEF family protein  29.63 
 
 		 912 aa  114  7.000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.6229  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 465 aa  114  7.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 335 aa  114  7.000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 495 aa  114  8.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  35.87 
 
 		 368 aa  114  8.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 491 aa  114  9e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4405  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.2 
 
 		 332 aa  114  9e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.382822 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  32.52 
 
 		 609 aa  114  9e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  31.65 
 
 		 334 aa  113  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0416  hypothetical protein  35.79 
 
 		 356 aa  113  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  26.15 
 
 		 418 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1177  two component signal transduction response regulator  39.63 
 
 		 470 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.3 
 
 		 1021 aa  113  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30 
 
 		 424 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 625 aa  114  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 625 aa  114  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  37.65 
 
 		 355 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  35.47 
 
 		 493 aa  113  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  34.25 
 
 		 319 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 516 aa  113  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  36.67 
 
 		 565 aa  112  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 628 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 373 aa  112  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 312 aa  113  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  35.23 
 
 		 768 aa  113  2.0000000000000002e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 503 aa  113  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  33.7 
 
 		 342 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 378 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2188  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 362 aa  113  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  33.7 
 
 		 368 aa  112  3e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  38.55 
 
 		 335 aa  112  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 510 aa  112  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 622 aa  112  4.0000000000000004e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 529 aa  111  4.0000000000000004e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 342 aa  112  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 342 aa  112  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>