More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_3901 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_3901  diguanylate cyclase  100 
 
 		 380 aa  780    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.288073  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  37 
 
 		 353 aa  196  7e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  40.38 
 
 		 499 aa  154  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.16 
 
 		 457 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  43.78 
 
 		 483 aa  149  6e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  46.2 
 
 		 721 aa  149  7e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 		 675 aa  146  6e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.79 
 
 		 355 aa  146  6e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 487 aa  145  1e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  44.32 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  42.19 
 
 		 243 aa  144  2e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  40.28 
 
 		 498 aa  144  3e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 624 aa  143  5e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.36 
 
 		 457 aa  143  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 631 aa  143  6e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 628 aa  143  6e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 625 aa  143  6e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 625 aa  142  7e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 625 aa  142  7e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  46.2 
 
 		 385 aa  142  8e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  42.46 
 
 		 457 aa  142  9e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  48.47 
 
 		 457 aa  142  9e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  45.12 
 
 		 457 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 628 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  42.46 
 
 		 457 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  45.78 
 
 		 460 aa  142  9.999999999999999e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  39.2 
 
 		 625 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 622 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  44.63 
 
 		 499 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  44.63 
 
 		 489 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  44.63 
 
 		 484 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  44.63 
 
 		 489 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  44.63 
 
 		 499 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  44.63 
 
 		 499 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  42.27 
 
 		 319 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  39.5 
 
 		 525 aa  139  6e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  44.79 
 
 		 466 aa  139  6e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  42.54 
 
 		 563 aa  139  7e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 628 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  44.07 
 
 		 506 aa  139  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5913  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 364 aa  139  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  42.46 
 
 		 457 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  44.62 
 
 		 736 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.02 
 
 		 628 aa  139  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 621 aa  139  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42 
 
 		 407 aa  138  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 638 aa  138  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 681 aa  138  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 758 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  39.3 
 
 		 733 aa  137  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  40.5 
 
 		 680 aa  137  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 610 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 363 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 565 aa  137  4e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 353 aa  137  4e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  44.51 
 
 		 457 aa  136  5e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 405 aa  136  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.34 
 
 		 415 aa  136  6.0000000000000005e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.78 
 
 		 586 aa  136  6.0000000000000005e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 314 aa  136  7.000000000000001e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  41.75 
 
 		 247 aa  136  8e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  44.51 
 
 		 457 aa  135  9e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1511  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.96 
 
 		 557 aa  135  9e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00005186  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  39.91 
 
 		 342 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.33 
 
 		 512 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.01 
 
 		 710 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  46.29 
 
 		 443 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  38.16 
 
 		 1073 aa  135  9.999999999999999e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  37.14 
 
 		 485 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  42.22 
 
 		 764 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  42.22 
 
 		 764 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 732 aa  135  1.9999999999999998e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  40.8 
 
 		 506 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  40 
 
 		 521 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  46.34 
 
 		 457 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  45.73 
 
 		 457 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3833  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.2 
 
 		 732 aa  134  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  34.39 
 
 		 1774 aa  134  1.9999999999999998e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  40.54 
 
 		 412 aa  134  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0219  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 303 aa  134  3e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 305 aa  134  3e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  39.68 
 
 		 325 aa  134  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 369 aa  134  3e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1814  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 267 aa  134  3e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.02 
 
 		 563 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 459 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  44.15 
 
 		 398 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  42.22 
 
 		 764 aa  134  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 485 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.63 
 
 		 642 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  39.9 
 
 		 493 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.13 
 
 		 353 aa  133  5e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  39.58 
 
 		 510 aa  133  6.999999999999999e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  36.19 
 
 		 486 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  36.19 
 
 		 486 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 564 aa  132  7.999999999999999e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  36.19 
 
 		 486 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  36.19 
 
 		 486 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.76 
 
 		 916 aa  132  7.999999999999999e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>