More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1155 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1155  diguanylate cyclase  100 
 
 		 357 aa  731    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149088  normal  0.131446 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4260  diguanylate cyclase  93 
 
 		 360 aa  666    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1189  diguanylate cyclase  95.24 
 
 		 357 aa  699    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0106637  normal  0.54324 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1172  diguanylate cyclase  79.66 
 
 		 361 aa  570  1e-161  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00821476  hitchhiker  0.00260233 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4307  diguanylate cyclase  62.79 
 
 		 350 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.896568  normal  0.748721 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2049  diguanylate cyclase  58.06 
 
 		 357 aa  383  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1616  GGDEF domain protein  48.31 
 
 		 358 aa  334  1e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.515769  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1193  diguanylate cyclase  47.09 
 
 		 353 aa  331  1e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3763  GGDEF  48.97 
 
 		 358 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.199974 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1205  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 371 aa  313  3.9999999999999997e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1329  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 353 aa  278  1e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.681295  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0422  diguanylate cyclase AdrA  41.28 
 
 		 370 aa  274  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.143029 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0482  diguanylate cyclase AdrA  41.28 
 
 		 370 aa  274  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0427  diguanylate cyclase AdrA  41.28 
 
 		 370 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0421  diguanylate cyclase AdrA  41.28 
 
 		 370 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0440  diguanylate cyclase AdrA  40.99 
 
 		 370 aa  273  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0412  diguanylate cyclase AdrA  38.17 
 
 		 371 aa  270  2e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0453  diguanylate cyclase AdrA  38.17 
 
 		 371 aa  270  2e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3007  diguanylate cyclase  39.35 
 
 		 353 aa  270  4e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0459  diguanylate cyclase AdrA  37.87 
 
 		 371 aa  268  8e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00332  predicted diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 371 aa  268  1e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3223  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 371 aa  268  1e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00336  hypothetical protein  37.87 
 
 		 371 aa  268  1e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0415  diguanylate cyclase AdrA  37.87 
 
 		 371 aa  268  1e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3247  diguanylate cyclase AdrA  37.87 
 
 		 371 aa  268  1e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0905888 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0856  diguanylate cyclase AdrA  39.65 
 
 		 371 aa  268  1e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0674918 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0302  diguanylate cyclase AdrA  38.46 
 
 		 366 aa  267  2e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3853  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 359 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2010  diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 351 aa  212  7e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379687  normal  0.0370672 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1224  diguanylate cyclase  29.6 
 
 		 359 aa  188  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.988641  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5901  diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 386 aa  188  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1051  diguanylate cyclase  35 
 
 		 350 aa  172  5.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0154093  normal  0.979636 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  41.28 
 
 		 320 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.61 
 
 		 332 aa  140  3e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  41.86 
 
 		 280 aa  140  4.999999999999999e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  41.48 
 
 		 322 aa  134  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 322 aa  132  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 320 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.87 
 
 		 550 aa  130  3e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 388 aa  130  3e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 324 aa  130  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 388 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 369 aa  130  4.0000000000000003e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 324 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 324 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  37.82 
 
 		 325 aa  129  5.0000000000000004e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 569 aa  129  6e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 320 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  34.09 
 
 		 498 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  41.76 
 
 		 459 aa  128  2.0000000000000002e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  38.92 
 
 		 1644 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 323 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  40.46 
 
 		 485 aa  127  3e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 540 aa  127  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  34.77 
 
 		 377 aa  127  3e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 732 aa  127  3e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  35.45 
 
 		 316 aa  126  5e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.07 
 
 		 586 aa  126  5e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 323 aa  126  6e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  40.99 
 
 		 457 aa  126  6e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 402 aa  126  7e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1150  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 547 aa  125  8.000000000000001e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  34.18 
 
 		 321 aa  125  9e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 631 aa  125  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 539 aa  125  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.677434  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  38.15 
 
 		 485 aa  125  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 318 aa  124  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 499 aa  124  2e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3638  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 378 aa  124  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.882001  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1039  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.77 
 
 		 393 aa  124  3e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0950507  normal  0.205042 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3509  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 384 aa  124  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.604082  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0843  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 384 aa  124  3e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 564 aa  124  3e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  30.86 
 
 		 498 aa  124  4e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2326  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.97 
 
 		 536 aa  123  5e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 492 aa  123  5e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  38.05 
 
 		 525 aa  123  5e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 517 aa  123  6e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  35.41 
 
 		 381 aa  122  7e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.37 
 
 		 792 aa  122  7e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 674 aa  122  9e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 381 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 485 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  40.72 
 
 		 324 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  37.64 
 
 		 354 aa  121  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 632 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3563  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 386 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178663  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 764 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 628 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 764 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 764 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 381 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 532 aa  120  3e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  36.09 
 
 		 487 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 328 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  36.04 
 
 		 381 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 328 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 328 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.47 
 
 		 499 aa  120  4.9999999999999996e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>