More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3981 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3981  diguanylate cyclase  100 
 
 		 520 aa  1060    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2608  GGDEF domain-containing protein  34.35 
 
 		 524 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0201696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3501  diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 526 aa  319  7.999999999999999e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.493056  normal  0.115232 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2953  diguanylate cyclase  32.73 
 
 		 526 aa  311  1e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.216564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3724  diguanylate cyclase  34.14 
 
 		 526 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.892379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1874  GGDEF family protein  27.81 
 
 		 505 aa  181  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2912  diguanylate cyclase  27.52 
 
 		 540 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1662  GGDEF domain-containing protein  25.28 
 
 		 533 aa  154  5.9999999999999996e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  23.49 
 
 		 542 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  41.4 
 
 		 512 aa  129  9.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.79 
 
 		 665 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.162589 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 310 aa  124  4e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  34.08 
 
 		 569 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  37.95 
 
 		 344 aa  121  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 306 aa  121  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0289  diguanylate cyclase  31.95 
 
 		 557 aa  120  6e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 498 aa  120  6e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.94 
 
 		 648 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.334588  normal  0.654105 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0384  diguanylate cyclase  28.67 
 
 		 559 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 346 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 521 aa  117  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 347 aa  117  5e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.61 
 
 		 686 aa  117  5e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 521 aa  117  5e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  39.29 
 
 		 563 aa  117  5e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 521 aa  117  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  37.5 
 
 		 649 aa  117  6.9999999999999995e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 496 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  39.68 
 
 		 488 aa  116  8.999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3334  GGDEF family protein  30.87 
 
 		 574 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 327 aa  116  1.0000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2158  diguanylate cyclase  35.41 
 
 		 417 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.3144  normal  0.735889 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  32.74 
 
 		 578 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  33.82 
 
 		 339 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  32.3 
 
 		 578 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.51 
 
 		 665 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 529 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 498 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.72 
 
 		 483 aa  115  3e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  38.8 
 
 		 505 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 628 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 621 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 516 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 340 aa  114  5e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 340 aa  114  5e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  36.22 
 
 		 310 aa  113  7.000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3840  diguanylate cyclase  33.06 
 
 		 556 aa  113  7.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108967  hitchhiker  0.000986648 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 337 aa  113  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  32.03 
 
 		 578 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 510 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.93 
 
 		 843 aa  113  8.000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 510 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 510 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4104  diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 505 aa  113  9e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3991  diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 505 aa  113  9e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.16 
 
 		 636 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  29.17 
 
 		 553 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  36.6 
 
 		 340 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2249  response regulator/GGDEF domain-containing protein  34.72 
 
 		 400 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 527 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 492 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 520 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3566  diguanylate cyclase  34.47 
 
 		 561 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0665818  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 520 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 538 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  36.6 
 
 		 340 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  34.2 
 
 		 624 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0173  diguanylate cyclase  31.45 
 
 		 565 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3441  hypothetical protein  36.72 
 
 		 401 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3360  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 392 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441275  normal  0.662685 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40570  putative two-component response regulator  36.72 
 
 		 401 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 334 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  39.01 
 
 		 347 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 362 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  35.27 
 
 		 621 aa  111  3e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 510 aa  111  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 496 aa  111  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 308 aa  111  3e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 310 aa  111  3e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 310 aa  111  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 547 aa  111  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4136  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.73 
 
 		 630 aa  111  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.138733  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0437  GGDEF domain-containing protein  31.67 
 
 		 558 aa  111  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 628 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.66 
 
 		 463 aa  110  5e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3143  hypothetical protein  39.08 
 
 		 459 aa  110  5e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 310 aa  110  5e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 522 aa  110  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 340 aa  110  5e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  37.08 
 
 		 548 aa  110  6e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 340 aa  110  6e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 628 aa  110  6e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 641 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  34.23 
 
 		 631 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 362 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 501 aa  110  8.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 395 aa  110  8.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.89 
 
 		 612 aa  110  8.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.46 
 
 		 355 aa  110  9.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  35.83 
 
 		 510 aa  110  9.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>