More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0289 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0289  diguanylate cyclase  100 
 
 		 557 aa  1124    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0384  diguanylate cyclase  74.41 
 
 		 559 aa  775    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0283  diguanylate cyclase  68.67 
 
 		 560 aa  761    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.140113 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0437  GGDEF domain-containing protein  76.44 
 
 		 558 aa  821    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0173  diguanylate cyclase  57.79 
 
 		 565 aa  627  1e-178  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0279  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 554 aa  250  6e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171809  normal  0.0530924 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 339 aa  178  3e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  28.64 
 
 		 480 aa  168  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  46.33 
 
 		 346 aa  166  8e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  35.77 
 
 		 591 aa  164  4.0000000000000004e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  45.14 
 
 		 344 aa  162  1e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  40 
 
 		 488 aa  160  4e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 344 aa  160  5e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  30.1 
 
 		 507 aa  157  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.67 
 
 		 345 aa  157  4e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 422 aa  157  4e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  31.01 
 
 		 492 aa  157  6e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 472 aa  157  6e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  40.82 
 
 		 340 aa  156  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  27.84 
 
 		 492 aa  156  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  29.11 
 
 		 492 aa  155  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 327 aa  155  2e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  31.1 
 
 		 492 aa  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  31.1 
 
 		 492 aa  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  28.67 
 
 		 516 aa  155  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  27.84 
 
 		 492 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  42.78 
 
 		 1637 aa  155  2.9999999999999998e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.85 
 
 		 313 aa  154  4e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  42.15 
 
 		 494 aa  154  5e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  27.46 
 
 		 492 aa  154  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 252 aa  154  5.9999999999999996e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 534 aa  153  5.9999999999999996e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.2 
 
 		 357 aa  153  7e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  44.51 
 
 		 536 aa  153  8e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  30.81 
 
 		 502 aa  152  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  42.22 
 
 		 1262 aa  152  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  44.2 
 
 		 357 aa  152  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.6 
 
 		 353 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.3 
 
 		 664 aa  152  2e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  45.6 
 
 		 354 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  45.6 
 
 		 354 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.43 
 
 		 463 aa  152  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.86 
 
 		 357 aa  152  2e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.04 
 
 		 636 aa  151  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 340 aa  151  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 340 aa  151  3e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  43.32 
 
 		 1726 aa  151  4e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.06 
 
 		 341 aa  151  4e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 503 aa  150  7e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.3 
 
 		 355 aa  150  9e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  44.92 
 
 		 518 aa  150  9e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 340 aa  149  1.0000000000000001e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  45.51 
 
 		 367 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.11 
 
 		 622 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  39.8 
 
 		 1643 aa  149  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  41.18 
 
 		 1636 aa  149  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  27.12 
 
 		 522 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4642  serine/threonine protein kinase  41.24 
 
 		 1629 aa  148  3e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1099  response regulator receiver domain-containing protein  43.32 
 
 		 390 aa  148  3e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.076371  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  29.91 
 
 		 512 aa  148  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  42.22 
 
 		 410 aa  148  3e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 340 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  44.21 
 
 		 649 aa  147  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  38.89 
 
 		 489 aa  147  6e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  41.57 
 
 		 317 aa  147  6e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  38.89 
 
 		 489 aa  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  38.89 
 
 		 484 aa  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 338 aa  147  7.0000000000000006e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  38.89 
 
 		 506 aa  146  8.000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  38.89 
 
 		 499 aa  146  1e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 499 aa  146  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  38.89 
 
 		 499 aa  146  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0116  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 398 aa  146  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.864855  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.68 
 
 		 314 aa  145  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  37.19 
 
 		 512 aa  145  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 372 aa  145  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1419  diguanylate cyclase  33.87 
 
 		 581 aa  145  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.337287  normal  0.697858 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.42 
 
 		 960 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  38.89 
 
 		 506 aa  145  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 337 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.69 
 
 		 352 aa  145  2e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2123  diguanylate cyclase  47.46 
 
 		 635 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00833547 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 547 aa  144  4e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  40.64 
 
 		 462 aa  144  4e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 843 aa  144  5e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 308 aa  144  6e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 462 aa  144  6e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  28.14 
 
 		 492 aa  143  7e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.85 
 
 		 359 aa  143  9e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3354  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 667 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4491  diguanylate cyclase  44.74 
 
 		 531 aa  142  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.94 
 
 		 667 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  29.24 
 
 		 569 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  46.71 
 
 		 328 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  29.11 
 
 		 533 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  43.59 
 
 		 498 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 529 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  43.48 
 
 		 335 aa  142  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  42.37 
 
 		 335 aa  141  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>