More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0173 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_0173  diguanylate cyclase  100 
 
 		 565 aa  1147    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0289  diguanylate cyclase  57.79 
 
 		 557 aa  615  1e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0283  diguanylate cyclase  56.6 
 
 		 560 aa  609  1e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.140113 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0384  diguanylate cyclase  57.25 
 
 		 559 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0437  GGDEF domain-containing protein  54.53 
 
 		 558 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0279  diguanylate cyclase  32.01 
 
 		 554 aa  231  3e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171809  normal  0.0530924 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 339 aa  172  2e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  51.11 
 
 		 345 aa  168  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 422 aa  164  3e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  30.52 
 
 		 480 aa  162  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  31.68 
 
 		 507 aa  161  3e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  46.59 
 
 		 534 aa  158  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 472 aa  159  2e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 344 aa  158  3e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  46.56 
 
 		 488 aa  157  7e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  47.25 
 
 		 354 aa  156  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.25 
 
 		 353 aa  156  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  47.25 
 
 		 354 aa  156  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  43.16 
 
 		 1643 aa  155  2e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.76 
 
 		 463 aa  155  2e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.41 
 
 		 357 aa  155  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  43.39 
 
 		 1637 aa  155  2e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  43.33 
 
 		 1262 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  46.41 
 
 		 357 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.96 
 
 		 355 aa  154  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  27.32 
 
 		 574 aa  154  4e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 338 aa  154  4e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.81 
 
 		 622 aa  154  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  40.6 
 
 		 528 aa  154  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 346 aa  153  7e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  40.6 
 
 		 487 aa  153  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  42.19 
 
 		 252 aa  153  7e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  40.6 
 
 		 487 aa  153  8e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  40.6 
 
 		 487 aa  153  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  40.6 
 
 		 487 aa  153  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  40.6 
 
 		 487 aa  153  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  43.85 
 
 		 327 aa  153  8.999999999999999e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  40.6 
 
 		 487 aa  153  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  28.31 
 
 		 512 aa  153  8.999999999999999e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  34.07 
 
 		 591 aa  153  1e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.37 
 
 		 636 aa  152  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  44.57 
 
 		 649 aa  152  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  41.71 
 
 		 1636 aa  152  2e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  41.24 
 
 		 344 aa  151  3e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  44.75 
 
 		 317 aa  151  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 340 aa  151  4e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  42.78 
 
 		 1726 aa  150  5e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 340 aa  150  5e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 340 aa  150  5e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 313 aa  150  6e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  45.05 
 
 		 536 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  39.66 
 
 		 987 aa  149  2.0000000000000003e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 340 aa  148  3e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  25.76 
 
 		 553 aa  147  5e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 492 aa  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2158  diguanylate cyclase  44.74 
 
 		 417 aa  147  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.3144  normal  0.735889 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.49 
 
 		 341 aa  147  7.0000000000000006e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 492 aa  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  47.34 
 
 		 494 aa  146  1e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  45.4 
 
 		 555 aa  146  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 492 aa  146  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 455 aa  146  1e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.62 
 
 		 340 aa  146  1e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.19 
 
 		 337 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  38.05 
 
 		 492 aa  145  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5143  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.62 
 
 		 643 aa  145  2e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.248831  normal  0.87155 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 453 aa  145  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  43.92 
 
 		 516 aa  145  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  28.67 
 
 		 505 aa  145  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  29.75 
 
 		 492 aa  144  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 507 aa  144  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 322 aa  144  5e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  43.78 
 
 		 518 aa  144  5e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  29.75 
 
 		 492 aa  144  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4642  serine/threonine protein kinase  41.62 
 
 		 1629 aa  144  6e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  41.8 
 
 		 410 aa  144  6e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 334 aa  144  6e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  28.28 
 
 		 492 aa  144  6e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  39.46 
 
 		 546 aa  143  7e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3310  diguanylate cyclase  41.9 
 
 		 396 aa  143  7e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2123  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 635 aa  143  8e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00833547 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.22 
 
 		 960 aa  143  9e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  26.9 
 
 		 533 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  44.38 
 
 		 367 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  37.61 
 
 		 529 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45 
 
 		 308 aa  142  9.999999999999999e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  40.89 
 
 		 452 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  34.68 
 
 		 547 aa  142  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2785  diguanylate cyclase  38.84 
 
 		 519 aa  141  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 522 aa  141  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  25.32 
 
 		 516 aa  141  3e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.62 
 
 		 372 aa  141  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 503 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0116  diguanylate cyclase  46.55 
 
 		 398 aa  141  3.9999999999999997e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.864855  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  40.18 
 
 		 452 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0766  ammonium transporter  40.39 
 
 		 644 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2473  diguanylate cyclase  45.98 
 
 		 415 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.172353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3991  diguanylate cyclase  29.6 
 
 		 505 aa  140  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4104  diguanylate cyclase  29.6 
 
 		 505 aa  140  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2195  diguanylate cyclase  46.55 
 
 		 415 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>