More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sare_2230 on replicon NC_009953
Organism: Salinispora arenicola CNS-205



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009953  Sare_2230  diguanylate cyclase  100 
 
 
215 aa  425  1e-118  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0737618  normal  0.167136 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2089  diguanylate cyclase  90.23 
 
 
215 aa  363  1e-100  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0541256  normal  0.0273474 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6905  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.36 
 
 
635 aa  116  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5527  sensory box/GGDEF family protein  40 
 
 
604 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.02 
 
 
863 aa  110  1.0000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.180184 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5197  sensory box/GGDEF family protein  40 
 
 
892 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.619616  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5032  hypothetical protein  40 
 
 
892 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5048  sensory box/GGDEF family protein  40 
 
 
892 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  36.93 
 
 
431 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5593  sensory box/GGDEF family protein  40 
 
 
892 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5441  sensory box/GGDEF family protein  40 
 
 
735 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2343  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.44 
 
 
921 aa  108  5e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.762005  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4345  diguanylate cyclase  45.86 
 
 
613 aa  108  7.000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.609147  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.04 
 
 
905 aa  107  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2835  diguanylate cyclase  39.71 
 
 
231 aa  107  1e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.91 
 
 
772 aa  107  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.02 
 
 
774 aa  105  4e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.023979  normal  0.735502 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1779  diguanylate cyclase  37.89 
 
 
215 aa  105  5e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000143574  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.99 
 
 
694 aa  105  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3404  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.16 
 
 
327 aa  105  7e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  41.76 
 
 
892 aa  104  9e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  45.09 
 
 
1245 aa  104  9e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5471  sensory box/GGDEF family protein  40.24 
 
 
814 aa  103  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00599956  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4670  GGDEF domain-containing protein  46.43 
 
 
423 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.406009 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7582  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.38 
 
 
690 aa  104  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.961635 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3590  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.19 
 
 
443 aa  104  1e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3532  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.12 
 
 
744 aa  103  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.543005 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  43.59 
 
 
921 aa  103  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4534  diguanylate cyclase  45.24 
 
 
423 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0836312  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  37.18 
 
 
353 aa  103  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3136  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.33 
 
 
919 aa  103  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  35.75 
 
 
518 aa  103  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5481  sensory box/GGDEF family protein  40.24 
 
 
735 aa  102  3e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0242915  hitchhiker  1.94028e-17 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1923  diguanylate cyclase  39.42 
 
 
356 aa  102  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0213654 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3110  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 
347 aa  102  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00186939  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1693  diguanylate cyclase  46.71 
 
 
527 aa  102  3e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0076  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.9 
 
 
898 aa  103  3e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.695831  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1918  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.9 
 
 
769 aa  102  3e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.18 
 
 
892 aa  102  4e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2841  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.59 
 
 
714 aa  102  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0729826  normal  0.310526 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2577  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.13 
 
 
722 aa  102  4e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  45.09 
 
 
1245 aa  102  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2248  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.51 
 
 
664 aa  102  5e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.626967 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5060  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.72 
 
 
838 aa  102  6e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1983  sensory box protein  43.35 
 
 
1136 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0811196 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4444  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.98 
 
 
765 aa  102  6e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.795065  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.35 
 
 
1098 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4169  diguanylate cyclase  36.68 
 
 
267 aa  102  6e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4668  diguanylate cyclase  45.24 
 
 
423 aa  101  8e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.665798  normal  0.140275 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  41.21 
 
 
436 aa  101  8e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.18 
 
 
1098 aa  101  8e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1546  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.35 
 
 
1098 aa  101  8e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32350  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  40.2 
 
 
628 aa  101  9e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.32989 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1611  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  47.77 
 
 
946 aa  100  1e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.319418  normal  0.0964053 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  36.31 
 
 
499 aa  100  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.25 
 
 
695 aa  101  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1887  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.18 
 
 
1092 aa  101  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0796  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.02 
 
 
765 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.341606 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  39.01 
 
 
565 aa  100  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3694  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.43 
 
 
664 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.43 
 
 
664 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0693  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.43 
 
 
664 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.43 
 
 
664 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.16 
 
 
826 aa  100  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3722  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.48 
 
 
727 aa  100  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  40.62 
 
 
756 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1166  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.75 
 
 
780 aa  100  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0397  diguanylate cyclase  40.51 
 
 
555 aa  100  2e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0502  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.43 
 
 
705 aa  100  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2963  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.22 
 
 
1251 aa  100  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.246733 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.16 
 
 
359 aa  100  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.454902  normal  0.027524 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0619  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.67 
 
 
574 aa  100  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.65 
 
 
842 aa  100  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.223359  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1725  sensory box-containing diguanylate cyclase, putative  44.44 
 
 
709 aa  99.8  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.671328  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1999  diguanylate cyclase  46.25 
 
 
612 aa  99.8  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1078  diguanylate cyclase  38.51 
 
 
283 aa  99.8  3e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.239628  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2043  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 
442 aa  99.8  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0787924  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.11 
 
 
721 aa  99.4  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7031  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.79 
 
 
1327 aa  99.4  4e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.153977  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0521  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  44.74 
 
 
685 aa  99.4  4e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.799608 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3840  putative diguanylate cyclase  43.83 
 
 
338 aa  99.4  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.93592  normal  0.905889 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2300  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.08 
 
 
936 aa  99.4  4e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0665  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.04 
 
 
866 aa  99.4  4e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.550803  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3372  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.41 
 
 
659 aa  99.4  4e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3474  diguanylate cyclase  41.88 
 
 
393 aa  99  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0624369  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  41.82 
 
 
673 aa  99.4  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1889  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.16 
 
 
562 aa  99  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.969395  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0466  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.25 
 
 
696 aa  99  5e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0862739  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.55 
 
 
917 aa  99  5e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3543  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.41 
 
 
659 aa  99  5e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3028  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  40.31 
 
 
694 aa  99  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.01 
 
 
319 aa  99  5e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.208046  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3015  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.48 
 
 
777 aa  99  5e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.392311  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0474  sensory box/GGDEF family protein  40.51 
 
 
792 aa  98.6  6e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.71 
 
 
1045 aa  98.6  6e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2133  YbaK  35.76 
 
 
1361 aa  98.6  6e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0128  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.67 
 
 
1077 aa  98.6  6e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.184244 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1077  sensory box/GGDEF family protein  44.44 
 
 
808 aa  98.2  7e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0330  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.45 
 
 
679 aa  98.6  7e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0581  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.82 
 
 
659 aa  98.6  7e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>