More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3840 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_3840  putative diguanylate cyclase  100 
 
 
338 aa  683    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.93592  normal  0.905889 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1599  diguanylate cyclase with GAF sensor  54.63 
 
 
343 aa  339  4e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0071  diguanylate cyclase with GAF sensor  51.35 
 
 
336 aa  324  1e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1659  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.31 
 
 
342 aa  289  5.0000000000000004e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1350  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.77 
 
 
348 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1397  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  41.57 
 
 
341 aa  263  4e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.210623  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1849  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.27 
 
 
341 aa  262  8e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1839  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.27 
 
 
341 aa  261  1e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.730013  normal  0.326474 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2518  GAF domain/diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  41.27 
 
 
384 aa  261  1e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2018  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  41.27 
 
 
384 aa  261  2e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000229251  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1880  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  41.27 
 
 
384 aa  261  2e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01763  predicted diguanylate cyclase  40.96 
 
 
341 aa  259  4e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.623306  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01751  hypothetical protein  40.96 
 
 
341 aa  259  4e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.479957  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0175  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.09 
 
 
352 aa  258  1e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.14726  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.14 
 
 
325 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0530  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.61 
 
 
784 aa  114  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.99 
 
 
577 aa  114  3e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.94 
 
 
737 aa  112  8.000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2678  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.02 
 
 
515 aa  112  9e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1504  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40 
 
 
944 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.628866  normal  0.0653987 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  38.67 
 
 
581 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0015  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.21 
 
 
847 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  31.39 
 
 
343 aa  110  3e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02131  GGDEF domain-containing PAS signal transduction protein  34.55 
 
 
794 aa  110  4.0000000000000004e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04999  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.71 
 
 
775 aa  109  6e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.86 
 
 
821 aa  108  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000585262  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  40.23 
 
 
480 aa  107  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3231  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.58 
 
 
313 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.458607 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  38.95 
 
 
301 aa  106  5e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.11 
 
 
461 aa  106  6e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1073  7TM domain sensor diguanylate cyclase  38.14 
 
 
596 aa  106  6e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.494808  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1707  sensory box-containing diguanylate cyclase, putative  32.03 
 
 
1057 aa  105  8e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.67 
 
 
694 aa  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1153  diguanylate cyclase  37.17 
 
 
596 aa  105  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.442479  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.29 
 
 
458 aa  105  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  35.27 
 
 
758 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.07 
 
 
862 aa  104  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.525156  hitchhiker  0.0000167572 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2820  hypothetical protein  27.99 
 
 
332 aa  104  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3734  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.86 
 
 
582 aa  104  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.598305  normal  0.143234 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3373  diguanylate cyclase  35.96 
 
 
505 aa  104  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.19 
 
 
1107 aa  104  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.269581  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3471  diguanylate cyclase  37.37 
 
 
618 aa  103  3e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.19 
 
 
781 aa  103  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.015368  normal  0.142992 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  36.67 
 
 
601 aa  103  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0060  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
815 aa  103  5e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2778  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.87 
 
 
1010 aa  103  5e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3337  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.57 
 
 
1020 aa  103  5e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.5 
 
 
568 aa  103  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.179735  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.56 
 
 
869 aa  102  7e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  31.89 
 
 
458 aa  102  8e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  32.48 
 
 
417 aa  102  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3532  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.5 
 
 
744 aa  102  8e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.543005 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3694  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.93 
 
 
664 aa  102  9e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0894  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  27.79 
 
 
482 aa  102  9e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.156047 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4670  GGDEF domain-containing protein  36.08 
 
 
423 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.406009 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.94 
 
 
689 aa  102  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0693  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.93 
 
 
664 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3623  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.78 
 
 
583 aa  102  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0877329 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.93 
 
 
664 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.09 
 
 
323 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2220  diguanylate cyclase  30.77 
 
 
362 aa  102  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001211  sensory box/GGDEF family protein ScrC (involved in swarmer cell regulation)  40.11 
 
 
776 aa  102  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1004  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.33 
 
 
555 aa  102  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.356957  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3018  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.06 
 
 
475 aa  102  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2469  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.51 
 
 
747 aa  102  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.93 
 
 
664 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0914  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.24 
 
 
656 aa  102  1e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0360964 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1237  sensory box protein  35.56 
 
 
712 aa  101  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.267434  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.31 
 
 
892 aa  101  2e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3057  sensory box-containing diguanylate cyclase, putative  39.62 
 
 
841 aa  101  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4550  diguanylate cyclase  38.1 
 
 
496 aa  101  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.06 
 
 
693 aa  101  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.166514  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4331  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.86 
 
 
921 aa  101  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.153837  normal  0.0586924 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.61 
 
 
905 aa  101  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2151  ammonium transporter  36.82 
 
 
611 aa  101  2e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3328  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.62 
 
 
573 aa  101  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2664  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.62 
 
 
874 aa  101  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3617  diguanylate cyclase  35.15 
 
 
422 aa  101  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.26 
 
 
714 aa  101  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  37.29 
 
 
768 aa  100  3e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.71 
 
 
572 aa  100  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  37.29 
 
 
768 aa  100  3e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4348  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  38.46 
 
 
1215 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3022  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.68 
 
 
1015 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0796  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.2 
 
 
765 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.341606 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0818  EAL and GGDEF domain-containing protein  36.96 
 
 
976 aa  100  3e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.68 
 
 
1015 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.595031 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.05 
 
 
947 aa  100  3e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1031  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40 
 
 
769 aa  100  3e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.53 
 
 
796 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2253  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  31.36 
 
 
780 aa  100  3e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2008  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.53 
 
 
491 aa  100  3e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.635303  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3372  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.16 
 
 
659 aa  100  3e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05790  transmembrane signal transduction protein  41.21 
 
 
634 aa  100  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.68 
 
 
1015 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1542  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.7 
 
 
1006 aa  100  4e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.101137 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3286  GGDEF domain-containing protein  34.01 
 
 
595 aa  100  4e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4668  diguanylate cyclase  35.57 
 
 
423 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.665798  normal  0.140275 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3408  GGDEF family protein  34.47 
 
 
449 aa  100  4e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3250  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  35.16 
 
 
1036 aa  100  4e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>